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宝可梦
无印：001~082 居住在《关都地区》《真新镇》的主人公小智十分热爱宝可梦。 在十岁生日那天，小智被允许可以以宝可梦训练家的身份踏上旅程，但非常期待旅程到来的他却在出发当天早上睡过了头！ 虽然在出发的早上可以挑选同伴宝可梦，但留给小智的只剩下“皮卡丘”！而那皮卡丘也完全和小智熟络不起来，它不愿意进精灵球。虽然小智和皮卡丘之间的相处进行得不顺利，但以某件事为契机，他们终于相互承认对方是自己的同伴。
故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，和母亲花子住在真新镇中。在那里，任何人只要一满十岁，就可以成为宝可梦训练家，并从宝可梦博士大木博士手中领取一只宝可梦。小智为了要成为宝可梦大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他人晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和皮卡丘建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤……
小智带着受了重伤的皮卡丘来到常青市的宝可梦中心，却遇到了专门绑架宝可梦的火箭队——武藏与小次郎，以及他们的宝可梦——阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只喵喵。但是小智和小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用自行车发电的皮卡丘终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水……
白天更加漆黑的常青森林，充满了许许多多的虫宝可梦，小智收服的第一只宝可梦——绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只宝可梦——比比鸟之后，火箭队为了夺取皮卡丘的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤，绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。
小智一行人在常青森林前行，小智发现独角虫，派比比鸟击倒它，正要收服时，持剑少年武士现身挑战，独角虫趁机逃走。小智派比比鸟对战少年的凯罗斯，不敌落败；再派铁甲蛹，它用变硬强化防御，致使凯罗斯大角破碎。武士也派出铁甲蛹，因双方都无攻击招式，只用变硬对峙数小时。这时，一群大针蜂突然来袭，抱走小智的铁甲蛹，少年带小智一行人回他家避难。次日早上，小智试图救回铁甲蛹，却遭火箭队阻挠。火箭队的出现引发一群铁壳蛹进化为大针蜂，转而攻击小智一行人。小智的铁甲蛹挡下攻击后进化为巴大蝶，它用催眠粉让大针蜂入睡，众人趁机逃脱。之后，小智一行人告别武士，向深灰道馆进发。
小智和小霞离开常青森林，来到了深灰市，与深灰道馆的馆主小刚进行第一次道馆战，皮卡丘的特训之后，终于赢过了小刚的大岩蛇，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴——小刚，一同踏上成为宝可梦大师之路。
宝可梦研究员——李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月之石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。
为了获得华蓝道馆的徽章，小智与小霞展开了一场对战，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。
小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。
小智一行人意外发现了一群学生在欺负另一个叫小淳的学生。他们都是宝可梦研究学院的学生，这个学校的学生毕业后可以直接获得参加宝可梦联盟的资格。小智等人对那群优等生仗势欺人的行为极为不满，，并去找训练负责人优藤圣代讲理。谁知优藤圣代是个非常漂亮的女孩……
迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的宝可梦村。许多受伤被抛弃的宝可梦就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。
小智一行人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到宝可梦中心，在那里遇见大佑。他就是抛弃小火龙的初训家。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。
杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近……
小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的宝可梦研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的宝可梦。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说的宝可梦真的存在吗？
小智一行人终于来到枯叶市。首先到宝可梦中心填饱肚子，在那里，小智等人目击了好几只身受重伤的宝可梦。原来他们是向枯叶市道馆的道馆馆主挑战而被打伤的。皮卡丘对付进化型的雷丘，看似完全没有胜算。小智他们会成功拿到第三个徽章吗？
小智等人来到停泊国外船只的港口。在那里得到宝可梦训练家派对的招待券，他们不知这是火箭队的阴谋，傻傻上船了，还在那里与人交换宝可梦……
小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，宝可梦的逃亡剧开始了……
小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给轰飞，还与自己的宝可梦们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的宝可梦，这里到底是哪里呢？
渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。
小智一行人来到了鸠羽港 ，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。
小智一行人来到少女峡，那里正在举办夏日祭典。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。宝可梦鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。
