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宝可梦
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区，这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的精灵宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！
小智和皮卡丘前往阿罗拉地区旅行，自然资源丰富的阿罗拉地区也极具魅力。在那里，小智与新的宝可梦们相遇，并且了解到了宝可梦学校。兴奋不已的小智在夜晚被一个不可思议的声音所引导...
因为被阿罗拉地区所吸引，小智和皮卡丘选择留宿在库库伊博士家，并且进入宝可梦学校学习。有一天，小智的同班同学为小智举办了一场秘密欢迎会。在热闹的欢迎会上，阿罗拉地区的守护神卡璞・鸣鸣来访了...？
小智从库库伊博士那儿得到了一只被称为“洛托姆图鉴”的会说话的宝可梦图鉴，拿到图鉴后，小智带着皮卡丘和洛托姆图鉴与他的同学们一起兴高采烈地前往森林捕捉野生宝可梦。另一方面，火箭队三人组收到坂木的指令，也来到了阿罗拉。
小智一边在宝可梦学校上学，一边见识着阿罗拉地区的宝可梦。一天，小智遇到了一只饿着肚子的木木枭，为了收服木木枭而前往森林的小智一行人，在森林深处发现了小笃儿的巢穴！正当他们在观察木木枭与小笃儿的时候，火箭队突然出现了。
小智在宝可梦学校上学，这次课的内容是了解海洋中的宝可梦。库库伊博士作为特别讲师，宣布上课内容是钓鱼，可是小智没有钓竿。这时水莲提出可以到家里拿一支鱼竿借给小智，于是小智就跟着她走了。半路上，水莲突然在一个地方停了下来。
周末到了，库库伊博士要出门一趟，让小智一个人在家。因为木木枭害得小智的衣服被打湿了，小智试图顺便帮博士洗衣服，可是却弄得一团糟，自己做出来的料理也黑暗得吃不下。把冰箱的食物都用完的小智决定买点东西回去，于是小智来到了购物街，偶然看见了马玛内与托戈德玛尔。
在前往宝可梦学校上学的途中，小智遇到了野生的火猫宝可梦的火斑喵。这只火斑喵在抢走了小智的便当后逃走了。前去寻找火斑喵的小智，碰巧看到了火斑喵在与阿罗拉宝可梦猫老大冲突后伤痕累累的样子并立即决定将火斑喵带回家处理伤口。然而，这只不亲近人类的火斑喵再一次逃了出去。小智紧随其后追了过去，这时...
小智等宝可梦学校的学生从大木校长那里接到了，照顾并观察在拉纳基拉山发现的宝可梦蛋的课题。夜间照顾蛋的任务被交由无法接触宝可梦的同学莉莉艾担当，小智决定到莉莉艾家里陪她一起照顾宝可梦蛋。原来莉莉艾的家居然是连对战场地都有的大豪宅。非常兴奋的小智与莉莉艾的管家进行了宝可梦对战。
阿罗拉地区流传着，要想成为独当一面的宝可梦训练家孩子们就要进行“诸岛巡礼”，小智也想要挑战诸岛巡礼。岛上的田地发生了因拉达和小拉达而荒芜的事件，小智因此前去与岛上颇有声望，同时也是自己将要挑战的诸岛巡礼的关键人物——哈拉见面。小智很快向哈拉提出了挑战诸岛巡礼的请求，却被哈拉回绝道：“在此之前需要试试看是否有挑战诸岛巡礼的资格。
小智迎来了与岛屿之王哈拉的大考验。擅长使用格斗属性宝可梦的哈拉，其充满力量的战斗风格让小智感到棘手。另一方面，小智派出了皮卡丘和木木枭的组合迎战。在对战中，哈拉与铁掌力士使出了Z招式，小智也用Z招式还击。战斗的结果是？
宝可梦学校放假的日子来临了，小智一大早就和库库伊博士一起努力地进行Z招式的特训。之后偶然遇到了在父母家的牧场帮忙的卡奇，于是，小智为了与卡奇进行对战，决定去卡奇家帮忙，在那里遇到了各式各样的宝可梦！
在阿罗拉地区过着懒散又沉长的生活的火箭队，一天突然接到了本部的来电，被问到如今在阿罗拉地区的活动是否顺利。虽然勉强蒙混过关，但他们也深感如此下去不妙，于是决定要去捕捉新的宝可梦。于是火箭队来到了海边，而小智一行人恰好因为上课也来到了海边...
小智从同学玛奥那里得知附近将要举行宝可梦松饼竞速大赛，这是训练家与宝可梦协力在不弄倒的前提下以最快速度搬运堆积在盘子上的松饼的赛跑。颇有兴趣的小智与皮卡丘一同参加了比赛。可是，卫冕冠军诺雅的雷丘却似乎和皮卡丘较上了劲，处处挑衅皮卡丘，加上火箭队三人组前来捣乱，小智能顺利完成比赛么？
在大家的悉心照料之下，宝可梦蛋终于孵化了。小智等人非常兴奋。作为管理人一直努力至今的莉莉艾更是感动。但由于自己无法接触宝可梦，莉莉艾很快又消沉了下来。这天放学回家路上，火箭队盯上了带着白晃晃的莉莉艾...
一天晚上，回到家中的小智发现看家的岩狗狗居然受了伤。小智和库库伊博士对此十分吃惊，无人在家的时候岩狗狗是怎样行动的呢？为了找出它受伤的原因，小智在家中安装了监控，秘密监视着岩狗狗的动向。监控中的岩狗狗居然跑到了外面。慌忙追赶的小智，亲眼目睹了意外的景象。
这天，小智一行人与宝可梦们在海边玩耍。正当小智的木木枭与水莲的球球海狮一起进入水气球里玩闹时，突然一阵狂风吹来，木木枭与球球海狮连同气球一起被吹向了远方。两只宝可梦正因迷路困惑不已，这时野生的火斑喵出现了。看样子，火斑喵似乎能把两只带回原来的地方，只是这个时候火箭队出现了...
有一天，小智去了宝可梦学校后，发现了很麻烦的事情，贵重的电Z突然不见了，就在小智慌忙的寻找时，看到侦探剧阿罗拉侦探拉奇的洛托姆决定化身成侦探去寻找小智的电Z，然而电Z却出现在了...
小智等人受到了同班同学玛奥德邀请，去玛奥家里品尝玛奥家里所经营的餐厅的新菜单。然而，玛奥却为制作炖菜的特殊材料感到为难。在小智一行人的帮助下，玛奥找到了金黄色花蜜作为炖菜的材料，成功做出了新的菜品。
放学后，小智去了马玛内的家里。在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予Z手环的不可思议的宝可梦再次出现了！为了测试小智的能力，第二次的对战马上就要开始了，小智的复仇即将开始。
有一天，小智听说了附近有一个俗称“宝岛”的小岛后，便和皮卡丘一起前往小岛探险。难得拥有了和皮卡丘两人共处的时间，小智和皮卡丘的牵绊也进一步加深了。在黄昏的时候，出现了悬浮在空中闪耀着光芒的宝可梦！？
