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宝可梦
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦、新的伙伴、以及新的经历……
今天宝可梦学校的日程是、在体育馆进行舞台剧发表会。小智和宝可梦学校的伙伴们在紧张的同时在大家的家人面前表演了戏剧。在那里，捡到小智掉落的戏剧剧本的火箭队闯入了…。发表会到底会变成什么样呢！？
某一日的水莲家。诗婷和诗涵告诉水莲她们想去鬼屋。在宝可梦学校里，水莲向大家提到了此事，偶然从乌拉乌拉岛来的阿塞萝拉提出了一个想法，在宝可梦学校建立一座破旧的宅邸！到底能做什么样的鬼屋呢！？
以维拉火山为中心产生了强烈的磁异常！因为可能会对侦测究极异兽出现的系统产生影响，究极防卫队前往调查原因。最终，小智等人能够查明磁异常的原因吗！？
小智等人来到了以太乐园。正好在同一时候，火箭队也偶然来到了以太乐园。火箭队的目的是把乐园中被保护的宝可梦们全部窃取过来。在那样的情况下，却不知为何出现了一只死缠不放的童偶熊…！？
在森林中，小智偶然遇到了国王·哈拉的孙子·哈乌。哈乌知道了小智是为了迎接考验而前往森林进行特训后，决定和小智展开对战。木木枭和投羽枭，到底赢的是哪一方！
小智等人来到了人气电视剧《阿罗拉侦探拉奇》的拍摄现场，在那里他们偶然获得了节目制作人的喜爱，就这样被邀请出演节目的新角色，洛托姆很高兴…。
在海边独自吃果实的伊布。好像谁在大街上看见了它。但是正在被坏心眼的猫老大追赶！伊布的命运究竟是！？
一天，小智在前往宝可梦学校的途中与阿罗拉的守护神——卡璞・鸣鸣再会。小智立刻向卡璞・鸣鸣提出挑战。在战斗中皮卡丘和卡璞・鸣鸣的电击激烈碰撞的那个瞬间，醒来后的小智和皮卡丘在一个陌生的地方…。在那里，他们遇见的是一个青年，和那个青年在一起的宝可梦捷拉奥拉！
以某件事为契机，小智和皮卡丘被放飞到了一个陌生的地方。那个地方没有人影，街道也荒废了…。小智和皮卡丘得知其原因是被某位强大的宝可梦破坏了，小智决心与迪亚共同战斗！小智与孤独作战的迪亚能拯救吗！？
宝可梦学校上完课后，小刚和小霞带着惊喜来到了学校。为了第一次来到阿罗拉地区的2人，学校的大家决定做观光向导。到底会是怎样的观光呢？
阿罗拉迎来了小刚和小霞。今天小刚怀着希望，去阿卡拉岛见岛屿女王丽姿。丽姿知道小刚原来是道馆馆主，就向小刚挑战！热烈战斗的结局到底是…。
小智一行人前往波尼岛。马玛内准备让虫电宝进化。小智从旁人口中得知目前波尼岛没有岛屿之王而无法进行大考验，因为前任岛屿之王在不久前告老退休了。小智首次遇见了哈普乌，被误以为是偷萝卜的小偷。并与她对战，最终败给她。
当哈普乌在进行的研究项目的时候，来到波尼岛游玩的莉莉艾观察着生活在那里的各种各样的宝可梦。突然，她的哥哥格拉吉欧出现在她的面前。莉莉艾非常开心能够跟她许久不见的哥哥团聚，但是之后小智和格拉吉欧就用各自的鬃岩狼人展开了一场对战！
马玛内想要让他的蓄电池宝可梦虫电宝进化成锹农炮虫。在发现波尼大峡谷里存在一种神秘的力量后，他就带着虫电宝去了峡谷。与此同时，水莲和她的海狮宝可梦球球海狮异乎寻常地热衷于学习她的师父伊雅和她的独唱者宝可梦西狮海壬的招式。
据说波尼岛的守护神卡璞・鳍鳍出现在岛上的圣地彼岸遗迹里。不出所料，当小智在这片神圣的土地上和卡奇进行对战时，小智引起了卡璞・鳍鳍的愤怒，最终小智被抓走。为了解救他，卡奇必须在一个限定时间内奔跑，并从阿卡拉岛的守护神卡璞・蝶蝶手中拿回鳞粉。
格拉吉欧来到波尼岛的理由是因卡璞・鳍鳍拥有能够让他们见到已经过世的人的不可思议的力量，然后听到了这个的玛奥…
哈普乌成为了波尼岛的岛屿女王，然后小智在她那里接受了大考验，到底小智能不能突破大考验呢？
小智一行人去参加阿罗拉地区很受欢迎的和宝可梦一起玩的宝可高尔夫。
小智一行人在结束了波尼岛的自由研究之后乘船返回了美乐美乐岛。然而却有一个不明的生命体(美录坦)跟着他们上了船。等到他们抵达港口的时候，那些美录坦就开始恶作剧。最终连小次郎放在火箭队的秘密基地的收藏品、学生们的工具还有宝可梦学校都被它吃掉。
小智一行人请求大木博士进行调查。博士调查后的结果证明这个不可思议的生命形态是命名为"美录坦"的新种宝可梦。然而，当火箭队快要接近捕获美录坦时，麻烦出现了。
