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宝可梦
这是一个很大很大的世界，但你知道在哪里可以找到小智和小豪--从关东到加拉尔的战斗和捕捉小精灵! 在皮卡丘、灰灰和其他神奇宝贝的陪伴下，我们的英雄们继续在世界各地旅行，为樱木博士实验室研究小精灵。一路上，艾希在世界加冕赛的排名中不断攀升，而戈在他的口袋妖怪手册中增加了更多的小精灵，以寻求捕获擢。同时，小春在遇到神秘的伊布时，迈出了她作为宠物小精灵训练师的第一步。新的朋友、回归的对手和激动人心的冒险都在等待着，因为旅程还在继续。
枯叶市的“伊布进化研究所”是研究伊布及其8种进化形的特别研究机构。在那里，有一只跟水伊布、雷伊布、火伊布等8种进化形生活在一起的“特别的伊布”。这样的伊布偶然遇到了小春的来电汪，从研究所走了出来，好不容易到达的地方竟然是小春所在的学校！
小智和小豪以及小春收到科学博物馆的馆长的委托，来到了伽勒尔调查珍贵的化石。他们在当地研究员的协助下挖掘出了各式各样的化石…
为了宝可梦世界锦标赛而干劲十足的小智和大葱鸭来到出现大量小拳石的岩山隧道进行特训。在那里，他们偶然遇见训练家玄场和他的搭档铁骨土人并进行了正式比赛。大葱与钢骨火花四溅的超力量对决会如何发展？然后，大葱鸭面临的考验又是什么呢!?
樱木研究所收到了大量的蔬菜和一封来信，这是樱木博士的学生，现从事农业的园藤所赠。据信中所说，最近突然出现地鼠和三地鼠开始糟蹋园藤的田地，所以让他感到非常困扰。地鼠它们为什么要做那种事呢，小智、小豪、小春来到园藤的田地展开调查。
传说的宝可梦水君周游世界，净化污水。小智等人得知那个水君停留在了某个湖上的情报。面对收服传说的宝可梦的机会，小豪突然卯足干劲。立刻赶往湖边的小智和小豪看到的是邪恶的宝可梦猎人集团以及即便受伤也在守护湖的野生宝可梦和水君。
一直都很胆小的小豪的泪眼蜥在跟小豪以及小智一起到访的人气电影的拍摄现场遇到了饰演特工的千面避役。千面避役将突然闯入拍摄现场的火箭队，宛如电影一般华丽地击退。泪眼蜥对自己的最终进化形的身姿抱有强烈的憧憬。这时，发生了宝可梦诱拐事件，泪眼蜥鼓起了小小的勇气。
小春和伊布在樱木研究所找到了一本名叫《与你在迷光森林的故事》的书，那本书里描绘了伽勒尔地区的小火马和烈焰马的故事。对这两只宝可梦十分感兴趣的小春决定跟小智与小豪一同前往伽勒尔地区的迷光森林。在森林中探索的时候，小火马在小春和伊布的面前现身了…!?
正在为大葱鸭进行特训的小智从樱木研究所的助手莲司那里得到情报，据说卡洛斯地区的四天王雁铠会对追求真正强大力量的宝可梦和训练家进行热血指导。于是，小智与大葱鸭以及小豪与飞天螳螂一同前往了位于卡洛斯地区的骑士精神之馆。等待着小智和小豪的四天王雁铠的热血指导究竟是什么呢？
小春和伊布因为意外在樱木研究所的助手菊菜家里参加留宿过夜女子会，买完家常菜和蛋糕而开始的女子会非常热闹。在这样的情况下，小春在菊菜家里看到一张照片，上面拍到了菊菜和一位青年以及一只围着围巾的可达鸭。菊菜看上去对这名青年和可达鸭抱有特别的情感，小春因此为菊菜的恋情而奔走。
火箭队的各位都玩累睡着了，这时，大嘴鸥来了。他们转动火箭队的专用扭蛋机·火箭扭蛋机，溶食兽一只接一只地出来。由于溶食兽的特性“黏着”，小智、小豪以及街上的宝可梦全都黏在了一切，引发了一场大骚动!? 在刚刚睡醒的喵喵和果然翁面前，不知为何出现了气氛紧张的咬咬龟和草苗龟。看起来有点相似的两只宝可梦之间的激烈竞赛，现在开始。
小豪梦见变成轰擂金刚猩的父母将弟弟敲音猴托付给他。小豪惊醒后发现，敲音猴竟真像梦里一样睡在他的手臂上！这只敲音猴看上去似乎已经被谁收服了，小智和小豪于是便开始寻找敲音猴的搭档。他们借助来电汪的嗅觉寻找敲音猴的痕迹，发现了冲击性的事实…!?
为了让特训疲劳的大葱鸭和巨钳螳螂恢复体力，小智和小豪前往了宝可梦中心。在那里，宝可梦装置·手机洛托姆接收到了宝可梦世界锦标赛官方对战的申请。不料，对手竟是曾经打败过小智的凛斗和艾路雷朵。小智与大葱鸭能否一雪前耻呢？赌上骑士尊严的对战，现在开始了！
“正电拍拍负电拍拍便利屋”的兄妹·楚伊和橙怡来到樱木研究所修理水管。在招牌宝可梦正电拍拍负电拍拍的协助下，自来水管道的故障得以解决！本以为是这样，没想到却因为橙怡的原因而使楚伊受伤了，小智和小豪因此代替楚伊帮助兄妹俩工作。另一方面，负电拍拍似乎对让楚伊受伤的橙怡感到十分生气‥‥‥？
憧憬着千面避役而进行边逃脱边攻击特训的泪眼蜥，在解救了无人知晓的走路草的危机之后，竟然进化成了变涩蜥！但是，深信自己能进化成千面避役的变涩蜥在看到水面上倒映的自己的样子后离开了。变涩蜥躲进洞窟里，疏远了小豪…?
小智和小豪观看了以海为舞台的宝可梦们的障碍赛“宝可梦海上乐园竞泳”的转播。在比赛中获得冠军的水伊布的搭档海利是樱木研究所的助手菊菜的朋友。看到为水伊布着迷的伊布，小春为了让它和憧憬的水伊布见面，决定跟小智和小豪一起去拜访海利。
小智和小豪收到了来自以前和小智对战过的丰缘地区的芳士的委托。不管怎样，芳士的叔叔经营的温泉旅馆的温泉水好像出不来了。镇上的人们都认为这是灾祸宝可梦·阿勃梭鲁的错。真的是因为阿勃梭鲁的原因吗？向丰缘地区出发！
小智收到了一封来信，那是以龙之大师为目标的艾莉丝的对战邀约。小智一行人立刻动身前往了合众地区·双龙道馆。能够感受到龙属性宝可梦心情的艾莉丝察觉到了小智的快龙的心情。小智VS艾莉丝，晋升“宝可梦世界锦标赛”高级级的激烈对战开始了！
有一天，小豪的花蓓蓓们一起进化成了花叶蒂…！不料，小豪发现5只花蓓蓓里，只有白色花蓓蓓不在。他在周围寻找，发现白色花蓓蓓乘着的花朵的花瓣少了一片，导致它无法飞起来。小豪等人为了帮丢失花瓣的白色花蓓蓓寻找新花，来到了当初收服花蓓蓓的卡洛斯地区，展开旅途。
君莎和德克刑警到访樱木研究所。不知为何，枯叶市的住宅连续发生了多起电力被盗案件，他们想要调查研究所里的电属性宝可梦来确认那个犯人。在来电汪等电属性宝可梦被怀疑的情况下，小智的皮卡丘被当作犯人逮捕了
小智和小豪久违地来到位于真新镇的大木研究所。小豪从大木博士那听说正式的探寻梦幻的队伍“梦幻计划”正在招募成员。另一方面，小智得知寄放在研究所里的烈焰猴最近都没有露面，于是便跟小豪一起去寻找。在途中，他们竟然遇见了小智的童年玩伴兼劲敌的小茂。
