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宝可梦
小智成功赢得最后两枚徽章，确保了自己在丰缘联盟锦标赛的参赛资格，而小遥则惊险万分地差点错失最后一条缎带——这为她在大型庆典上与两位劲敌的巅峰对决埋下伏笔。 小智在赛事过程中邂逅两位训练家，他们将成为小智在丰缘地区的新对手，并与他们展开激烈交锋。 当小智重返关都地区与老友重聚时，他受邀接受全新挑战——对战开拓区！
在前往下一个岛屿的船上，小智一行人遇到曾经见过面的跳跳猪。跳跳猪一不小心又把头顶的真珠弄丢了，而且还是掉进了海中。小智和小刚派出水属性宝可梦去寻找真珠，可是怎么也找不到。就在他们苦恼的时候，一名叫做伊崎的珍珠贝研究员告诉他们可以用珍珠贝的珍珠代替跳跳猪的真珠。小智能够找到长有珍珠的珍珠贝吗？
小智一行人乘船途径瓦滋瓦岛，看见一名叫草也的男子拿着包袱从海里冒出来，这是纪念品店的老板草也第一次在海中捞到了好的东西。老板向小智一行人讲述了沉船的传说以及古空棘鱼与宝藏的传闻，这让大伙儿对寻宝充满了好奇。第二天，草也决定带着小智一行人乘潜水艇下海寻宝。他们能找到多少宝贝呢？
小智等人来到伊吕波三岛。一行人来到了伊岛上的宝可梦中心，意外偶遇小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化的秘密的关键，在于“深海之牙”与“深海鳞片”上头。小智等人为了解开海底谜题，与波岛上的少女奈美子和吕岛上的少男菊间一起前往古老传说中的洞窟，他们能解开这个海底谜题吗?
小智一行人来到刚迦岛。为了搭上岛的另一边的码头前往绿岭市，他们朝着码头的方向出发迈进。在途中，遇到了一群为了获得格斗胜利，努力于肌肉锻练的一群人，并被拖下去一起练习。在那里，岛上最强的训练家岩清水向小智挑战双打比赛。面对水属性的沼王与帝牙海狮，小智决定用皮卡丘与森林蜥蜴对战，但又陷入意料不到的危机之中……
小智一行人搭船前往绿岭市的旅行途中，小智的皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中，皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智等人与火箭队都被弹飞到海中。这时熔岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓起来。想利用超古代宝可梦固拉多的力量征服世界的他们，终于发现了盖欧卡，可是……
为了得到超古代宝可梦，熔岩队与海洋队对决的时刻终于来临。海洋队的老大水梧桐利用朱红色宝珠让盖欧卡清醒。另一方面，熔岩队握有的可以控制固拉多的靛蓝色宝珠却跟皮卡丘融合为一体。被邪恶之心所控制，失控发狂的盖欧卡。火山爆发、与带著蓝色力量的皮卡丘和固拉多果然发生了激烈冲突……
为了得到第七个徽章，小智一行人终于抵达绿岭市，前往位于本市的宇宙中心。在中心里面，小智等人迷路了，遇到在地下训练室做宝可梦对战的双胞胎，枫与南。他们使用天秤偶的念力，正在无重力状态中战斗。在他们的带路下，小智等人在中心玩得很愉快。此时，枫与南的父亲，太空人基恩搭乘的火箭发射升空了。火箭队的人知道此事，不知又打起了什么鬼主意……
枫与南在绿岭道馆接受了小智的挑战，派出了太阳岩和月石进行双打比赛。小智随即派上了皮卡丘和大王燕。然而，本应该默契合作的双胞胎却在比赛中起了争执，这让一开始处于下风的小智的宝可梦有了还手之机。就在此时，火箭队出现破坏了道馆并且企图抢走月石和太阳岩……
以第八个徽章为目标的小智一行人在前往目的地琉璃市的途中，路过了一座岛屿，正想在其中一家店用餐，偶然遇见四天王之一的源治，一行人兴奋不已。源治的身份是船长。在他带领下小智见识了巨大的帆船，并受邀做一场宝可梦对战比赛。面对这场与四天王的对决，小智摩拳擦掌，正想大显身手，然而…
前往下一个目的地琉璃市的途中，小智一行人来到了一座小岛。小胜在岛上看到“藤壶宝可梦”摇篮百合便追逐在后，因而与大家走散。大伙拼命寻找小胜，途中遇到了名叫诸星博士的男子。他正从事让古代宝可梦复活的研究，并说要让大家看看罕见的古虾宝可梦太古羽虫的进化。这时，火箭队的人又照惯例跑来作怪……
为了在最后的道馆赢得徽章，小智一行人到达召开宝可梦华丽大赛的伊札贝岛的普里加市。小遥带着妙蛙种子挑战第四个奖章，并很幸运地轻松通过第一次审查。另一方面，会场一个穿着绿色衣裳的挑战者哈利，带着恶属性宝可梦梦歌仙人掌连战连胜。不知为何原因，小遥感受到这个人对自己似乎怀有恶意……
以赢得第八个徽章为目标的小智一行人，在横越伊札贝岛的途中，来到了毁灭之谷。在那里，遇到老人重盛，在其带领下前往传说封印巨大力量的巨大精灵球所在的湖泊。此时，闻风而来的火箭队跑出来了。就在火箭队想夺走巨大精灵球的时候，球的封印被解开，巨大的念力土偶清醒了。小智等人依靠着重盛的古文书，挺身对抗巨大念力土偶……
路途中的小智为了训练宝可梦，派出煤炭龟和小刚的莲帽小童对战。但在模拟战中，煤炭龟失手将莲帽小童打飞。在森林中寻找莲帽小童的时候，众人遇见了一位大嘴娃的训练家莎由梨，莎由梨的大嘴娃遇到了莲帽小童，似乎还喜欢上了对方。然而连帽童子却并不领情。火箭队再次出来捣乱，并抓走了大嘴娃。小智一行人帮助救回了大嘴娃。于是众人跟随莎由梨前往她的表演现场观看，可火箭队仍然死性不改地再次出现……
为了前往琉璃市而向著赛罗斯镇的方向穿越伊札贝岛的小智一行人来到了一片遍布大地洞的荒地。在管理员秋子小姐的警告下，小智认识到这里是大颚蚁的地下迷宫的上面。就在小智一行人被秋子带出保护区时，他们遇见了一位被顿甲追赶的研究员平八郎。平八郎希望借助大颚蚁背上的发讯器寻找到童年曾到过的地下迷宫的地底湖。
正在横越伊札贝岛的小智一行人正经过一处山势险峻的山麓，不远前就是利亚多村。可是正在他们正要过一座桥时，桥突然塌了。在救起了差点落水的皮卡丘后，一只阿勃梭鲁出现了。当地的村民都认为阿勃梭鲁就是所有灾难的制造者，并聘请火箭队来村子捕捉阿勃梭鲁。村子里的阿德并不认为阿勃梭鲁是灾难的源泉，小智一行人跟随阿德来到阿勃梭鲁的栖息地，想要一探阿勃梭鲁的究竟。
横越伊札贝岛的小智一行人来到了一处雪原地带。为了躲避暴风雪，他们来到宝可梦中心休整，并且遇到了一只喜欢恶作剧的雪童子。雪童子拿走了小智装徽章的盒子，小智想要强行夺回徽章，但结果却失败了。在追雪童子的时候，小智一行人无意中发现了潜入宝可梦中心偷食物的火箭队。在和雪童子的合力协作下，小智打飞了火箭队，可是雪童子紧接著又跑出了宝可梦中心。小智没有管即将来临的暴风雪，一个劲儿追了上去……
小智一行人在森林中小歇一会儿，看到了身体虚弱倒地不起的感受宝可梦拉鲁拉丝。它似乎是掉到河中全身湿透，而发高烧的样子。小智等人想带拉鲁拉丝到宝可梦中心医治，可是突然出现一位绅士带着沙奈朵跟奇鲁莉安阻挡小智等人。小智被迫应战，只好拜托小胜先带着拉鲁拉丝离开
小智一行人终于抵达了最后一个道馆的所在地琉璃市。巧的是，他们来到琉璃市的时候，琉璃市正在举办一个庆典，庆典上进行表演的就是琉璃市的道馆馆主亚当。在处理了出来捣乱的火箭队后，小智向亚当挑战。亚当答应了并邀请众人前往道馆。这次的道馆战斗时双打比赛，面对这种特殊的比赛形式，小智能否顺利应对呢？
在琉璃道馆的道馆比赛中，小智艰难地打败了亚当的金鱼王和海魔狮的组合。之后小智派出了森林蜥蜴应战亚当的爱心鱼，灵活的森林蜥蜴在中了爱心鱼的天使之吻后陷入了混乱，最终被打败了。面对亚当的爱心鱼，以及还未登场的两只宝可梦，小智还能如何应对。
小智在得到第八枚徽章后，决定和众人前往下一个华丽大赛的举办地暮水镇。就在小智正在训练，其他人在休整的时候，小遥找不到她的妙蛙种子和狩猎凤蝶的精灵球了。而就在放宝可梦的附近出现了一行脚印。正在特训的小智被一只快速跑过的直冲熊撞倒，随后赶到的小遥指出那只直冲熊就是偷走精灵球的罪魁祸首。追寻直冲熊笔直前进的道路，小智一行人找到了一户人家……
