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宝可梦
这片地域或许熟悉，但即便是小智和小刚也能在故乡关都地区发现不少惊喜——比如一位正紧追两只传说宝可梦案件的宝可梦巡护员！ 小遥重返华丽大赛征程，为通往关都大型庆典开辟道路，而小智则在寻找对战开拓区的隐秘设施。 即便发现这些设施已属不易，他还需迎战开拓之脑——这些对手远比他以往面对的任何道馆馆主都更为强悍。
小智一行人深夜在山中迷路了。跟著察觉到异动的皮卡丘，一行人来到了一座空无一人的小镇，镇中有一座矿道。矿道中一只突然出现的幽灵将众人吓得到处逃窜。一旁疲倦的火箭队看到小智一行人喊著鬼逃窜，决定去矿洞一探究竟，结果被幽灵吓昏。外面突然下起了雨，醒来的火箭队为了壮胆在矿洞中唱歌，把幽灵再次吵了出来。惊慌之下，武藏扔出喵喵无意中撞开了矿道灯的开关，幽灵被吓跑了……另外，在废弃的房中羽栖的小遥听到了音乐，害怕的她将众人叫醒，小智决定调查音乐的来源……
旅途中，小遥的小卡比兽看上去很难受，而且没有如何食欲。众人所在地附近也没有宝可梦中心。就在一筹莫展的时候，一对带著魔尼尼的路过的老两口向他们伸出了援手，让众人把小卡比兽带到他们家中照顾。与此同时，小次郎的风铃铃也似乎病了，急著寻找宝可梦中心的小次郎看见了不远处的城堡，似乎他找到了熟人。原来这里是小次郎家的一座别墅。帮助小智的老两口是小次郎家的佣人……
小智在旅途中和小刚正在进行对战练习，小刚的水跃鱼在战斗中进化成了沼跃鱼，并用新学的招式进行攻击，却打中了草丛中的一只茸茸羊。茸茸羊的训练家桃子并没有责怪一行人，众人随她来到一间药铺，很快就治好了茸茸羊的伤。这是一间宝可梦中药铺，里面的师傅使用雷电绝招制作中药。觊觎药铺的妙药的火箭队又想出了诡计来抢药……
小智一行人终于来到了对战竞技场，小智即将迎来夺取第二枚象征的挑战。通过亚希达先生，小智了解了黄瓜香是擅长使用格斗属性宝可梦的训练家，于是特意取回了以力量见长的卡比兽。进入对战竞技场，竞技场主将黄瓜香让小智用轮盘选择对战形式，结果比赛选为二对二的比赛。小黄瓜派出了她最得意的铁掌力士和恰雷姆，小智则派出了森林蜥蜴和刚传送来的卡比兽。面对格斗属性的宝可梦，小智为何特意选择了属性上占下风的卡比兽，比赛会朝何方向发展？
正前往对战巨蛋挑战第三位开拓之脑的小智一行人路过了一座农场。小遥误入了农场而被守卫的霹雳电球攻击，同时也惊动了农场的主人。幸好农场的代美认出了在金黄大会获胜的小遥，招待一行人来农场做客。这个农场是负责抚养宝可梦的农场。农场的代美也想成为一名宝可梦协调训练家，她看见了小遥的小卡比兽，立刻就要求和小卡比兽进行华丽大赛的对决。然而小遥的小卡比兽从未进行过任何对战，战斗的结果却出乎小遥的预料。
在旅行途中得知吉鲁巴镇有举办华丽大赛的小智一行人赶到了镇上，小遥急忙报名参赛。她准备让从未参赛的杰尼龟进行首轮表演。比赛开始前，所有参赛选手登台亮相，一位叫绪方的训练家却迟迟没有出现。等待许久，一名穿著正装手提公文包的中年上班族跑上了舞台，他就是绪方，他的慌张引得观众一片大笑。第一轮的审查中，小遥的杰尼龟表现的相当亮眼，得到了很高的评价。之后，绪方先生一改开始拘谨的上班族形象，以一身摇滚乐手的打扮出场，并伴随著巴大蝶做出了惊人的表演，得到了大好评。然而表演尚未结束，一对母子冲上舞台硬要把绪方带走，这是怎么一回事呢？
小智一行人来到了一个十分冷清的垂钓胜地，虽然没有看见工作人员，但他们在看到告示上的垂钓许可后就开始尝试垂钓。小智钓上了一只体型较大的铁螯龙虾，他试图用龙虾小兵与之对战。然而面对自己的进化形，龙虾小兵的所有进攻都显得无力。铁螯龙虾将龙虾小兵打退，破坏了众人的鱼竿后就逃跑了。随后赶来的朝雾告诉了众人泪桥产业对这个湖泊的觊觎以及之后就有了铁螯龙虾的大肆破坏，于是小智一行人决定帮助朝露赶走铁螯龙虾。
小智一行人终于抵达对战巨蛋。此地的开拓之脑希尔斯是广受群众喜爱的超级巨星。其华丽的登场所带来的狂热气氛，令小智大吃一惊。面对希尔斯火属性的风速狗和水属性的巨沼怪，小智决定用龙虾小兵与大王燕来应战。但是，在希尔斯精妙的战术之下，小智还是陷入了危机…
正前往对战水管的小智一行人，途径森林，看见一只电击怪真在和森林中的草属性宝可梦战斗。小智为了阻止战斗，让皮卡丘对阵电击怪。由于没有学会伏特攻击外加对手的实力很强，皮卡丘被打倒。小小象拦住了电击怪并试图和其战斗，但却造成了一片混乱。在混乱中，小遥的宝可梦的蛋被卡在电击怪头上带走了。小智一行人开始在森林搜寻电击怪。
目标是浅红市的对战水管的小智一行人决定租单车，走单车路前往。但由于降雨导致的山崩使得单车路封闭，众人只好走旁道前往。途中，皮卡丘突然钻进了森林。小智为了寻找正要进入森林，却被宝可梦保育家日向拦了下来。在得到批准进入后，小智发现森林的深处满是荆棘，而且从日向口中得知森林中有传说中的宝可梦时拉比……
小智等人前往浅红市的途中，在森林里认识了忍者学园的学生比久，在比久的邀约下，一行人决定到宝可梦忍者学园参加为期一天的体验课程。而学园里的学生们则因为栽种的橙橙果被偷走，所以开始怀疑突然出现在校园里的盆才怪，认为它的嫌疑最大……
小智一行人抵达浅红市。小遥寻找走失的杰尼龟时，在旧车站偶然认识了阿国嫂。阿国嫂没办法接受丈夫阿勇死于他乡的事实，至今仍在旧车站月台痴痴等待。据说二人是在几十年前分开的。偶然之下小遥与喵喵时光旅行回到了那个时代，他们想救阿勇，但是……
小智来到第四个对战设施对战水管，可是这个设施看起来好像有点奇怪。有两个奇怪的人迎接了小智，然后一位自称是开拓之脑——水管皇后小蓟的女子出现。而此时，小遥和小刚却见到小蓟的弟子们，她们说没有见到小智，这到底是怎么一回事呢？
由于下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施“对战宫殿”，小智一行人便搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与宝可梦感情的例行活动“宝可梦定向越野竞赛”，小智一行人也兴致勃勃地报名参加。而且连火箭队的小次郎也跑来参赛了。为了让小次郎赢得胜利，武藏和喵喵拼命地干扰小智他们……
为了得到第三个缎带奖章，小遥即将参加在藻玉镇举行的华丽大赛。小遥决定派出小卡比兽参赛。在赛场外，一行人偶遇了小遥的一位劲敌哈利，而哈利将成为这次小遥比赛的最大对手。
小智一行人前往即将举办下一场华丽大赛的地点让叶岛。中途路过甘菊岛时，森林蜥蜴因为意外事件与水果宝可梦热带龙打了起来，但却落败负伤。这时出来搭救它的，是乔伊小姐的宝可梦大竺葵。接受大竺葵治疗的森林蜥蜴，却爱上了大竺葵。为了找热带龙再战一场，又再度站了起来……
小智一行人来到了即将举办下一场华丽大赛的地点让叶岛。他们遇见了小瞬却得知小遥之前收到的华丽大赛邀请函不是他写的，而且小瞬不想参加这次的华丽大赛。赛前训练时，小遥遇到了写信给她的人若菜。若菜将小瞬和小遥都视为自己的目标，并成为了小遥新的竞争对手。
小智一行人来到了对战宫殿的所在地金属岛，小智开始了对战前的特训，但是蜥蜴王还是无法使出招式。蜥蜴王想尽办法还是无法使用招式，不甘心的它跑进了森林，却和随后赶来的小智一起遭遇了成群的大针蜂。蜥蜴王受到攻击，和小智、皮卡丘一起落入一旁的小溪。皮卡丘被湍急的水流冲走，受重伤的蜥蜴王被小智救上岸。面对随时可能出现的成群的大针蜂，小智和蜥蜴王开始了在森林中的冒险。
在休整一天后，小智开始了他的对战宫殿挑战赛。由于天气很好，双方同意将对战场地设在丛林中的露天场地。在丛林场地，宇康派出了适应丛林地形的狡猾天狗，小智也让密林宝可梦蜥蜴王打头阵。双方的力量与速度都势均力敌，但狡猾天狗的连续招式似乎让蜥蜴王有些危机。趁着狡猾天狗的破绽，蜥蜴王快速地打败了狡猾天狗。下一场，为了对付宇康的妙蛙花，小智特意从取来了赫拉克罗斯。对于草系宝可梦，虫属性的赫拉克罗斯十分有利，可真的会这么顺利吗？
结束了乘船旅行的小智一行人向第六个对战设施对战塔的所在地美木实镇前进。像往常一样，火箭队今天又来抢小智的皮卡丘了，然而今天因为小遥的小卡比兽利用挥指使出了沙暴，造成了一场混乱，大家和宝可梦们失散了。皮卡丘和小刚的盆才怪跟火箭队的喵喵以及小次郎的魔尼尼被一伙穿黑衣的不明人士追逐，吓得它们四处逃。与此同时，小智在路上跟一只盆才怪和一只魔尼尼相撞，但是它们好像跟他们要找的不太一样……
