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魔法科高校的劣等生
西历2095年的春天，新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高中——通称“魔法科高中”，是由成绩优秀的“一科生”和作为“一科生”替补的“二科生”所构成，他们也各自被冠上了“花冠（bloom）”和“杂草（weed）”之名。就在这样的魔法科高中里，一对兄妹入学了。 兄长是有着缺陷的劣等生，妹妹是完美无缺的优等生。同时也是无论什么事都抱着达观态度的劣等生兄长，和对他抱着血亲以上感情的优等生妹妹。 随着这两人进入这间精英学校的大门，这平稳的学院，也开始了骚乱的日常……
公元2095年，国立魔法大学附属第一高中对比鲜明的兄妹入学了。完成主席入学的司波深雪作为成绩优秀的一科生「优等生」。抱有的缺陷的哥哥司波达也作为二科生「劣等生」。
围绕着深雪的对立，虽然由于达也的机智没有造成什么大事，却让一科生和二科生之间歧视意识浮现出来。第二天，被学生会长七草真由美要求深雪加入学生会，深雪提出了只有在入学考试中取得第一名的达也才适合。
达也在模拟决斗中快速击败了学生会副会长服部刑部，大家都感到惊讶。达也开始作为纪律委员会的一部分工作。同时，美雪开始对她的哥哥表现出更多的喜怒哀乐。
在部员劝诱演武的场合，剑道部的壬生纱耶香和剑术部的桐原武明发生冲突。虽然王牌之间的争斗发展到两部的乱斗，但是达也没有受伤就结束了骚动。纱耶香在一家咖啡馆与达也会面。她感谢他平息了她和桐原武明之间的冲突。她请求达也加入剑道部，但达也怀疑她有别有用心……
为了改善二科生的待遇，以「废除校内歧视」为目标的志愿同盟占据了广播室。他们要求废除歧视，但是由于达也和社团活动联盟的会长十文字克人而占据失败。真由美对此提议公开讨论。第二天，举行了约定的讨论会，对呼吁克服歧视意识的主张，学生们都鼓掌。然而，暗中操纵同盟的「Blanche」却发动了了奇袭……
达也和其他人追捕入侵者。他们被告知入侵者在图书馆中，沙耶香和他们在一起。他们将能够阻止他们并找出正在发生的事情吗？
纱耶香被催眠术篡改了过去的记忆，被用于Blanche的间谍活动。达也为了驱除所有损害自己和深雪日常生活的东西，打算摧毁Blanche。听说达也要前往敌人的巢穴，深雪、十文字等人和因纱耶香的事愤怒的桐原同行。在达也的指挥下，大家进入了基地。在那里武装了的Blanche的成员和那个领导人·司一等候着。
全国的魔法大学附属高中，一年一度的体育系魔法竞争的「九校战」的时期接近了。为工程师人才不足而头疼的真由美，关注着擅长CAD知识、能进行调整的达也。作为工程师，推荐给二科生中第一次参加九校战的成员。可是，因为从一科生的选手和工程师们的一部分涌起了不满的声音，真由美在大家面前，打算证明达也的实力。
作为工程师正式加入了九校战成员的达也。九校战出发式结束后，正式开始准备之后，与深雪和光井穗香、北山雫等担当的选手们一起，开始了CAD的调整和训练。面向九校战校内变得慌张中，达也的同级生·柴田美月，在人气没有的放学后的校舍发现不自然的灵子放射光。在意的美月，脚朝向发生源的实验栋迈去。
载着学生去第九学校比赛的公共汽车遭到未知部队的攻击。达也怀疑这是内部人员的操作。在比赛开始前的宴会上，学生们会见了魔术协会主席。
九校比赛最终开始，所有人的目光都集中在第一高中。达也得知前一天晚上的入侵者是无头龙。比赛会继续进行吗？
在大会第三天，进入了战斗板半决赛的，在女子战役中，渡边摩利出事了，被带到了基地医院，达也用魔法帮助她康复。尽管如此，她仍必须从比赛中退出。达也怀疑事故根本不是意外！
得益于达也的工程技术，第一中学的选手在讲台上完成了比赛。第三中学的学生知道第一中学的成功归功于达也的技能。他们将如何击败第一中学？
达也会见了一条将辉和吉祥寺真红郎，已经知道他们的背景，这让他们感到惊讶。九校比赛中发生了另一起事故，第一高中认为这是另一种破坏活动。
一高对四高新人战单里斯科尔全高选手负了重伤。运营委员会判定四高违反了恶劣的规则，将剩下的比赛推迟到第二天。被指定为替代真由美的选手的达也，将莱奥和干比古加入队员，一晚尽可能的做好准备。第二天，在障碍物多的森林舞台上，一对二高中的比赛拉开了帷幕。观战达也战斗样子的吉祥寺，惊愕发现了达也陆续放出的魔法。
战胜了单簧管的达也们，与一条带领的三高激战。莱奥和干比古，使用达也为了对抗吉祥寺而设计的设备进行善战，与强校对手展开激烈的战斗。另一方面，达也用术式解体一边打落一条接连发射出的压缩空气弹一边前进。体术也驱使到（连）以后一点点的距离逼近。焦急的一条，连发射出了超过规定威力的压缩空气弹。
镜子·球棒本战第一比赛，是挂上（放上）一高的综合优胜的重要的比赛。然而，一高选手小早川却从高处坠落而退场。从美月警惕地观看比赛这件事情来看，达也推测出了事故的发生，但运营委员会判断这是事故。九校战没有中断，深雪的比赛时间迫近。负责工程师达也，为了接受选手用的CAD的检查，去了大会委员的帐篷…… 九校战第九天，主赛的第一场比赛是取得了一高整体胜利的重要比赛。但是，一高选手小早川却从高处坠落而退场。从美月警惕地观看比赛这件事情来看，达也推测出了事故的发生是人为，但运营委员会判断这是意外事故。九校战没有中断，深雪的比赛时间迫近。负责工程师达也前往锦标赛委员会的帐篷检查选手的CAD。
由于深雪用赢得比赛，不等最后一天一高综合优胜得到确定。真由美一面提前祝贺胜利，另一方面达也向横滨市内走去。目的地是引起一连串事件的国际犯罪集团「无头龙」的基地。使用在日常生活中决不会暴露在外面的能力，消除了对深雪造成危害的干部们。然后迎来了九校战的最后一天，最后的项目——单里斯·代码决赛召开。
继他在九所学校比赛中的成就之后，他被邀请参加另一个重要的活动，即「魔法论文比赛」，他的团队在截止日期前只剩下几天的时间来制作适用的材料。在家里，大冢和宫崎遇到了他们的继母，他们在大冢的帮助下复制了一个难以捉摸的遗迹，可以永远改变魔法的历史，但新的敌人出现了，打算偷走它。 在第二学期，三年级学生从委员会和俱乐部活动中退休。学生会将开始在深雪的领导下运行。同时，达也也加入了论文竞赛的代表成员。起初，达也试图有所忽视，但他了解到铃音的论文的主题是「一个神奇的重力控制热核聚变反应器」时，参加了会议。此外，他还对后妈小百合的圣物进行了分析。然而，大亚联盟的目标是这个圣物……
达也的家中遭到黑客入侵，在为论文收集材料的同时，他也召集了盟友，开始他自己的调查——谁在窃取他和他家人的秘密。
中村悠一
Tatsuya Shiba (voice)
早见沙织
Miyuki Shiba (voice)
日笠阳子
Angelina Kudou Shields (voice)
内山夕实
Erika Chiba (voice)
寺岛拓笃
Leonhard Saijou (voice)
佐藤聪美
Mizuki Shibata (voice)
田丸笃志
Mikihiko Yoshida (voice)
雨宫天
Honoka Mitsui (voice)
巽悠衣子
Shizuku Kitayama (voice)
花泽香菜
Mayumi Saegusa (voice)
井上麻里奈
Mari Watanabe (voice)
诹访部顺一
Katsuto Juumonji (voice)