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魔法科高校的劣等生
魔法，作为现实中的技术已经确立约一个世纪。在国立魔法大学附属第一高中，简称“第一高中”，一对兄妹入学了。身为魔法师却有致命缺陷的劣等生哥哥达也，和完美无缺的优等生妹妹深雪。两人的学生生活充满了接连不断的激动日子。 政治结社《Blanche》的袭击，九校战中香港系国际犯罪集团《无头龙》的介入，大亚联合军对横滨的进攻，附在人类精神上并改变其性的魔物寄生虫的出现，以及USNA军魔法师部队总队长安吉·西里乌斯，即安洁莉娜·库道·希尔兹的来访。 动荡的一年结束了，成为二年级生的两人的生活也逐渐发生变化。四叶家派来的樱井水波将与达也同住，达也转到了新设的魔法工学科，简称《魔工科》。本应与深雪一起度过平静的校园生活，但世界并不会允许这种平静。 于是，波澜再起的日子，再次拉开帷幕。
2096年4月到来，升入二年级的达也周围发生了许多变化。达也和美月转入了新设立的魔法工学科。干比古从两个科目转到了一个科目。此外，达也和深雪开始与被派遣到四叶家当仆人的水波同住，三人的共同生活开始了。尽管达也希望今年能过上平静的学生生活，但新生包括七草家的双胞胎香澄和泉美，以及新生代表七宝琢磨，都是七草家的竞争对手，人人都各有特色，令人琢磨不透……
第一高中进入社团招生周，招生过程风平浪静，风纪委员会的香澄却和社团联盟执行部的琢磨产生摩擦。另一方面，反魔法师的舆论逐渐高涨，幕后似乎有着七草家的影子……
为了对抗在野党神田议员的作秀行动，达也决定挑战加重系魔法三大难题之一，在第一高中公开进行热核融合魔法反应炉的实验。真夜收到实验成功的消息，也回想起当时横滨事变结束之后，和达也进行的那段对话。
恒星炉实验成功，参与实验的学生备受赞赏，琢磨却以为七草家藉此打响名号，和香澄吵到差点以魔法对打。为了解决这场纷争，学生会决定让七宝琢磨和七草双胞胎进行魔法比试。
九校战将近，第一高中也摩拳擦掌以连霸为目标，营运委员会却宣布更换三项竞赛项目，其中包括军事色彩强烈的「越野障碍赛跑」。九岛家前任当家「宗师」九岛烈这么指使的用意，是要进行「寄生人偶」的实战测试。
达也收到九校战相关的内部文件，得知九岛家要在越野障碍赛跑进行「P兵器」的实验，因而前往奈良的前第九研进行调查。 另一方面，掌握情报的四叶家，也联系101旅的佐伯旅长要求协助。
九校战正式开始，达也一边辅助选手们拿下佳绩，一边还要忙于调查比赛背后的阴谋。就在达也终于得到线索准备外出时，深雪却一脸愁容挡住他的去路。
越野障碍赛跑比赛当天，达也预先来到赛场要除掉所有寄生人偶。借由八云先前的指点，达也顺利逐一封印人偶内部的寄生物，在最后对上最强的四具个体「Prime Four」。
第一高中新年度的学生会，由深雪担任会长正式开始运作，校内也开始准备今年的论文竞赛。某天，文弥与亚夜子来到达也家转交真夜的信，内容是委托达也协助逮捕周公瑾。
九岛烈为了促成周公瑾的捕获，达也、深雪和水波前往奈良拜访九岛烈。九岛烈愉快地接受了达也的提议，并介绍了他的孙子光宣。光宣比达也低一年级，虽然身体虚弱，但拥有强大的魔法力量。在餐桌上听到达也他们正在寻找传统派的术者时，光宣主动提出愿意协助。次日，在光宣的带领下，达也他们在奈良游览传统派的据点时，在奈良公园遭到了传统派的袭击。
真由美得知自己的护卫名仓遇害，觉得事情并不单纯，请达也协助查明真凶。达也和干比古等人再度来到京都，分头寻找传统派的据点，不意外地遭受传统派魔法师的攻击。
达也等人继续在京都搜索，在清水寺附近获得可靠的情报，可惜光宣身体突然恶化无法继续参与。另一方面，真由美也来到京都和达也前往警局，想从名仓的遗物找出蛛丝马迹。
黑羽姐弟提供情报，达也终于得知周公瑾躲在国防军的基地。为求谨慎，达也向藤林确认情报属实，并且找将辉合作，光宣也自行协助围捕，务必将周公瑾绳之以法。
中村悠一
Tatsuya Shiba (voice)
早见沙织
Miyuki Shiba (voice)
日笠阳子
Angelina Kudou Shields (voice)
内山夕实
Erika Chiba (voice)
寺岛拓笃
Leonhard Saijou (voice)
佐藤聪美
Mizuki Shibata (voice)
田丸笃志
Mikihiko Yoshida (voice)
雨宫天
Honoka Mitsui (voice)
巽悠衣子
Shizuku Kitayama (voice)
花泽香菜
Mayumi Saegusa (voice)
井上麻里奈
Mari Watanabe (voice)
诹访部顺一
Katsuto Juumonji (voice)