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境界触发者
三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。 就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。 被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲的熟人，并认识了三云修。 修为了解近界民的真相，决定指引及监视人生路不熟的游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。
某一天，三门市出现了通往异世界的“门”。从那扇“门”中，出现了后来被称为近界民的侵略者，蹂躏着街道，人们陷入了恐惧之中。但是突然出现的神秘团体击退了侵略者，说道“这些家伙就交给我们吧。我们为了这一天一直在做准备。”
三轮队接到大型近界民出现的消息后赶往现场，却目击到已经被某人击破，变得惨不忍睹的残骸。三轮队正感到困惑时，三云修被自称是近界民的空闲游真耍得团团转。游真毫无防备地拿出一百万日圆的钞票，害他们被不良集团包围……
尽管基地内引导装置将传送门的开启位置限定在基地周边，传送门却在警戒区域外的三云修他们所在的学校开启，战斗用的三离子兵开始袭击。修甩开阻止他的游真，为了拯救学生们，明知自己无力却仍试图与战斗用三离子兵莫尔默德战斗……
为了保护身为近界民的空闲游真，三云修打倒了三离子兵莫尔默德。身为C级队员的修，不被允许在训练以外的情况下使用扳机。A级队员木虎指责他违反了规定。与冷淡的态度相反，木虎的精英意识很强，她不相信修打倒了莫尔默德……
新品种的三离子兵伊鲁加在市区上空盘旋，一边投下炸弹。木虎果敢地骑上伊鲁加的后背。伊鲁加上下咬合嘴巴的瞬间，后背左右两侧出现了诡异的突起物，开始发光。伊鲁加进入自爆模式，朝市区飞去。面对出乎意料的事态，木虎……
迅被指示去查明异常之门的原因。修对迅为自己与高层交涉感到安心，但对时间紧迫的任务却难掩不安。另一方面，游真听从复制品的建议，在深夜的学校里调查异常之门的原因。隔天早上，三人像是被吸引般相遇了。
根据修的说法，千佳似乎是会吸引近界民的人类。她不想把别人卷入的念头非常强烈，至今为止都没有依靠过任何人。游真告诉千佳和修，近界民为何会来到这边的世界，以及会被怎样的人类盯上。就在这时，被追着人型近界民的A级队员三轮和米屋发现了。
三轮和米屋不由分说地攻击游真。再加上两名狙击手，游真同时与四人战斗。A级第七位的部队三轮队的攻击十分猛烈，修见游真陷入苦战，便联络迅请求帮助。然而，迅只回答「游真是特别的」，要他放心看着。这时，三轮队……
围绕着游真独自一人击破三轮队的黑色邻人，BORDER高层的意见产生了分歧。城户司令命令迅捕获黑色邻人，而修则担心游真与迅发生冲突。游真隐藏的谜团也逐渐揭晓。
迅邀请身为近界民的游真加入BORDER，还问他愿不愿意来玉狛支部。游真表示如果修和千佳也在一起的话，他就愿意加入。于是迅带着三人前往水上玉狛支部。玉狛支部是队员全员都是实力派，少数精锐的集团，修对此感到紧张……
游真坦白了自己从异世界来到这边的理由。千佳为了去另一边的世界寻找哥哥和朋友，下定决心要加入BORDER。得知游真隐藏的秘密和千佳的真正意图后，修采取的行动是……
加入玉狛支部的修、游真和千佳为了被选入远征部队，以升格为A级为目标。但是为了升格，必须在在BORDER内部举行的排名战中胜出。在迅的斡旋下，他们拜玉狛支部的前辈A级队员木崎怜士、乌丸京介、小南桐绘为师，开始了严格的训练。
拥有黑色触发器的游真和迅握手言和……城户司令担心力量会集中在玉狛支部，于是命令远征归来的本部精锐部队夺取游真的黑色触发器。在试图袭击的他们面前，实力派精英迅悠一挡住了去路！
太刀川率领的A级袭击部队和迅悠一的战斗，就此打响！迅打算打持久战。就在袭击部队的其中一人・菊地原避开迅，打算直接袭击玉狛的时候，迅发动了黑色触发器！
迅的黑色触发器・风刃终于揭开神秘面纱。在太刀川、风间等人与敌军的激战中，赶来救援的岚山队和三轮队之间的战斗也愈发激烈。究竟哪一方能够取得胜利呢……
在岚山队的救援下，迅悠一击退了太刀川率领的A级云集的袭击部队。接到顶级队伍溃败的消息，让BORDER本部紧张起来。这时，迅出现在会议室，向城户司令提出了一个交易。
游真和千佳的正式入队日到了。修说要陪同她们一起来，但游真和千佳却无视他的紧张，吸引了周围的目光。这时，A级第三部队的队长・风间苍也向修提出了决斗……
修与A级第三位的风间苍也进行模拟战。面对展现出压倒性实力的风间，修一次都没能攻击到他。修对实力差距感到愕然。然而，模拟战即将结束时，风间的一句话点燃了修的心！
与A级第三位的风间苍也平分秋色的传闻不胫而走，让修感到很困惑。就在这时，有人向他提出了正规队员之间的级别战申请。在众多观众的注视下，级别战开始了……
游真与绿川的级别外对战十场决胜负开始了。游真察觉到绿川是故意在大批观众面前痛宰修，内心燃起静静的怒火。另一方面，为了防备近界民可能的大规模进攻，身为BORDER最高负责人的城户召开了会议。
