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本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和她们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱地变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。
青烟罩日，书娟和女学生们在炮火中跑进教堂。咖啡厅里有一男一女。男人衣冠楚楚，女人优雅美丽。有爱情的地方，好像跟外面的战火隔绝。突然一颗炮弹落在附近。两人躲下桌子，仍不忘海誓山盟。这是孟繁明和赵玉墨。一名穿着神父袍的中国男人骂骂咧咧，他的车陷进坑里。正巧一位军官的军用卡车抛锚。男人上前求助军人推车，被那教官视为无物。男人还想纠缠，那教官不胜其烦，拿枪一顶，男人一下子挺直腰杆，先前的痞劲不见了。“你怎么不打日本人。”这是法比与戴涛戴教官的第一次相遇。
孟繁明家里，女儿书娟离家出走，在跟爸爸怄气。老母亲愤愤数落儿子，道出南京城顶有名的赵玉墨的真人真相。孟繁明震惊，不愿相信。藏玉楼里，赵玉墨收拾好东西，提着箱子要走。被一名军人拉住。硬扯着她跳舞，牛嚼牡丹一般地野蛮。赵玉墨挣脱跑出，军人追出来，外面是戴教官。他的教导总队专门处理逃兵。这两个军人对峙，身上都带着军人特有的坚定刚毅。原来，这军官知道横竖是死，所以带弟兄们来这里最后狂欢。言罢，叫上弟兄们离开藏玉楼，悲壮地奔赴战场。
法比守在下面，看着赵玉墨回来，嘻嘻笑笑插科打诨，就是不让她上楼。玉墨以为遇到神经了，只好绕道走。法比松了口气。孟繁明和书娟都没有等到赵玉墨。孟繁明为玉墨弄离开南京的船票。如今一票难求。对方老徐，也知道这赵玉墨。她可是南京城里最有名的妓女。他劝孟繁明别在这个女人上栽跟头，不值得。孟繁明沉默。法比的车没油了。书娟聪明地带着他去交通部弄汽油。所有人都在搬走，急急忙忙。但听到孟司长千金的名号，还是妥妥当当地把油给他们加好了。书娟办完事掉头就走，也不找他爸爸。
日军在距离南京城的一些村庄实施大屠杀，一个叫汛生的年轻小伙在村庄里面寻找亲人，亲人已经在屠杀中遇害，汛生藏到一块石堆后面躲避日军，日军士兵在一堆毛草外面发现草中有人，所有士兵举起刺刀向毛草扎刺，扎完毛草士兵们点火焚烧毛草，藏在不远处的汛生忍着心中悲痛偷看日军士兵惨无人道的行为。毛草烧光日军士兵发现一个年轻女子还活着，年轻女子是汛生的妹妹，汛生眼睁睁看着妹妹日本人轮流侵犯。法比与同伴们商量是否逃出南京城，所有人忧心忡忡意识到大难将至。汛生背着受伤的妹妹来到一片芦苇地，一伙日军忽然来到芦苇地清点中国百姓尸体数量。
法比跟洋人神父喝酒的时候在酒中放入少量麻醉药，洋人神父喝醉酒被法比抬出教堂，女学生们见洋人神父昏迷不醒，所有人焦急不安跟在法比身边，法比见学生们担心洋人神父，只得谎称洋人神父是因为喝了很多酒才醉倒，女学们相信了法比的话没有再一窝蜂跟过来，法比扶着洋人神父来到一辆车上，洋人神父苏醒过来猜到法比在酒中放入一些不知名的麻醉药，法比在酒中放入麻醉药其实是想送洋人神父离开南京，洋人神父不愿意离开南京城，法比只得先帮女学生们搬行李准备乘车出城。孟司长想带着家人逃离南京城，结果停在家门外面的汽车被人破坏，孟司长焦急不安回到家中带着母亲和女儿到街上想办法坐车，街上已经一片混乱人人顾着逃命，孟司长拉住一个黄包车夫愿意支付五倍价钱，黄包车夫顾着逃命没有功夫做生意。
法比带着几个女学生向码头赶去，女学生们气喘吁吁没有力气再奔跑，法比连拉带哄提醒女学生们不能停止奔跑，如果停在码头的轮船开走，女学生们将会跟南京一起沦陷。孟司长下船寻找玉墨，孟书娟赌气悄悄离开奶奶，孟司长回到船上的时候孟书娟已经失踪不见，孟奶奶急得失声痛哭，孟司长赶紧下船寻找女儿。法比带着几个女学生来到码头上，码头旁边是一望无尽的江水没有一艘船，一些逃难的百姓无精打采坐在码头旁边的集装箱下面，法比认为还有轮船会开到码头来。日军飞行员开着飞机来到南京上空，法比与女学生们看到日军飞机洒下宣传单，数以千计的传单落到地面，苏菲拾起一张传单念读内容。日军在传单上写了一些中日友好的话语，提醒中国百姓们无需慌张，只要日军攻入南京一定优待所有百姓。
日本人攻入南京城，南京市民以为日本人会友好对待中国人，岂料日本人进到南京城就开始屠杀，许多百姓死在了日军的屠杀中，一些跑得快的市民向安全区跑去，赵玉墨在路上遇到了许多逃难的百姓，其中一个百姓见赵玉墨站在当场发呆不懂得跑，赶紧拉起赵玉墨边跑边提醒赵玉墨留在原地只有一死，赵玉墨经百姓提醒回过神来冲着其它百姓指引逃跑路线，许多百姓顾不上跟赵玉墨说话，人人面色恐慌快步向前跑。
夜幕降临，唐生智搭乘一辆军车匆匆出城，困在城中的士兵们认出了唐生智的专车，唐生智悄悄出行扔下全城的百姓不管，士兵们挤到军车外面拍打车窗，齐声要求唐生智下车与南京人民一起存亡。唐生智坐在军车里面一声不吭，士兵们用力拍打车窗想逼出唐生智。
赵玉墨与几个女伴一路奔逃来到一处河边，后方出现几个日军士兵，赵玉墨与几个女伴不顾天寒地冻跳入河水藏在河堤下面，两个日军士兵来到河堤上追到一对逃跑的夫妻，男方被日军士兵开枪打死，女方被日军士兵拖到房中。赵玉墨与几个女伴浸泡在冰冷的河水中不敢动弹，女人凄惨的哭声传了出来，赵玉墨与女伴们只得屏气凝神忍住心中恐慌不敢乱动，日军士兵强暴完女人向前继续寻找中国人，赵玉墨与几个女伴趁机从河水中爬到岸上继续逃命。孟书娟惊恐失措在城中逃难，法比赶了过来拉着孟书娟逃跑，一名日军士兵举起步枪喝令法停止奔跑，法比面色惊恐与孟书娟站在当场不敢乱动，日军士兵以为步枪没有子弹只得装填子弹，藏在不远年的戴涛趁机开枪打死日军士兵。
日军进入南京城烧杀抢掠无恶不作，赵玉墨带着几个女伴逃到教堂外面，洋人神父不愿意收留从事妓女行业的赵玉墨等人，赵玉墨跪在地上哀求洋人神父，洋人神父最终心软同意赵玉墨与其它几个妓女暂时到教堂里面避难。教堂里面的女学生们对赵玉墨等人产生好奇心，一些女学生不知道赵玉墨等人从事的职业，个别女学生知道赵玉墨等人是妓女，妓女行业低下被人轻视，女学生们视赵玉墨等人为瘟疫一样避之不及。赵玉墨与几个女伴在洋人神父安排的房间休息，红绫与赵玉墨一向不和，赵玉墨点燃一只蜡烛照亮房间，红绫趁机嘲讽赵玉墨想借蜡烛的光明驱散肮脏的身体，赵玉墨面对红绫的嘲讽一声不吭，红绫不可一世涛涛不绝嘲讽赵玉墨，赵玉墨忍无可忍冲着红绫大吼，红绫先是吃了一惊，接着怒气冲天与赵玉墨吵了起来，站在旁边的女伴们一见情况不妙赶紧上前劝架。
几个妓女在厨房与女学生们产生冲突，法比赶了过来厉声警告妓女们不能欺负女学生，几个妓女挨了法比一顿教训一脸委屈，其中一个妓女将在藏玉楼生活情况说了一遍，妓女们每天吃四餐有酒有点心过得非常幸福，自从来到教堂居住，妓女们饿得两眼昏花只想在厨房里面找到食物饱餐一顿。赵玉墨身为妓女头牌为人要稳重很多，为了继续留在教堂里面，赵玉墨带头离开厨房不再跟法比争吵，法比看着几个妓女离去，叮嘱阿顾煮几个土豆给妓女们吃。红绫在教堂大厅寻找物品，物品无故不见不知去了何处，红绫怀疑是女学生们偷走了物品，站在楼上的孟书娟面不改色谎称是自己拿走了红绫的物品，红绫想上楼教训孟书娟，孟书娟拿起石灰冲着楼下撒去，赵玉墨与红绫被石灰洒得灰头土脸，红绫想上楼找孟书娟算账，赵玉墨劝说红绫一起回地窖，红绫奄不下心头怒气不想回地窖，赵玉墨提醒红绫只是在教堂暂住，如果惹怒了法比，法比一定赶走所有妓女。
取水回来。乔治说又有日本人来过。法比知道那告示不够阻拦日本人。当机立断，扯下窗帘，让女学生们就着布料缝出一大面美国国旗。一晚上没睡好的学生们，绷着神经作女工。完成之后，竟是好大一面旗帜。法比高兴地升起大旗，跟大家保证可以睡个安稳觉了，就像在美国人的地盘上一样。此时对他们来说，美国就像天府乐园。日本兵带着3000中国战俘，押往江边一起处理。李全有和王蒲生在其中。士兵被五花大绑，窝在土坳里。李全有盯着外面一圈架好枪的日本士兵，知道情况不妙。其他人似乎还迷迷糊糊。李精神紧绷，在日本人扣动扳机前，带着王蒲生扑倒，滚向低洼处。
几个妓女到教堂的藏书馆取暖，孟书娟带着几个同学来到藏书馆里面赶几个妓女走，几个妓女不愿意离去，玉萧故意激怒几个女学生，在女学生们的注视下坐到一张椅子上，椅子上扎着一颗钉子，玉萧坐在椅子上只觉臀部一阵疼痛赶紧站了起来，椅子上无原无故出现钉子，玉萧猜到是女学们所为，由于臀部非常疼痛，玉萧忍无可忍拿起扎着铁钉的木板来到女学生们面前，喝问是哪个女学生将带着铁钉的木板放到椅子上，女学生们被玉萧吓得不敢吭声，孟书娟面不改色声称是自己把铁钉放在了椅子上，玉萧见状就想教训孟书娟，法比赶了过来喝令妓女们不能跟女学生们吵架。
法比开车搭载洋人神父一起到安全区，孟书娟藏在卡车后面跟着两个大人来到安全区，洋人神父亲下车之后见到孟书娟吃了一惊，法比哭笑不得数落孟书娟跟着大人出来险些被日本人发现。洋人神父顾不上训斥孟书娟，在同伴的带领下洋人神父获取到药物和食品匆匆返回教堂，孟书娟依然藏在汽车后面不敢动弹，如果日本人发现卡车上有一个小姑娘，孟书娟的下场将会非常惨。孟书娟回到教堂沉默不语，几个同伴坐在过道上休息，一见孟书娟回来，其中一个叫苏菲的同伴一脸好奇盘问孟书娟外出的所见所闻，孟书娟想起一路上看到死伤的百姓被日军残杀，心中升起悲痛流下了眼泪，一直以来孟书娟以为战争不可怕，直到亲身经历，她才意识到战争的残酷远远比她想象的还要可怕千万倍。
夜深人静，法比在教堂里面看到赵玉墨在跳舞，赵玉墨旁若无人缓缓起舞，看起来像是在发泄内心的烦恼。乔治已经熟睡过去，红绫来到乔治身边叫醒了乔治，乔治从床上坐起来看着红绫，红绫说服乔治弄到一些食物送给姐妹们享用。法比一边喝酒一边自言自语，教堂外面忽然响起一阵铃铛声，敲响铃铛的人是老沈，老沈全身上下沾着污泥焦急不安呼喊法比，法比提醒老沈降低喊话声音，免得日军闻声赶来找麻烦，老沈趁着运尸的机会悄悄拉走了李全有与浦生，法比打开大门得知老沈拉了两个受伤的中国士兵，心中升起不安提醒老沈将两个中国士兵的到安全区去，如果日本人发现教堂私藏中国士兵，法比等人以及女学生和妓女们将要受到牵连。
戴涛与李全有以及浦生想在教堂避难，法比不同意三人在教堂避难，赵玉墨非常同情年纪最小的蒲生，好说歹说终于说服法比收留三个外来者。戴涛想到柴房避难，法比提醒戴涛应该藏到地窖里面，地窖比柴房更隐蔽，日本人如果一旦进入教堂不一定找得到藏在地窖中的三个中国士兵。戴涛同意藏在地窖里面，法比要求戴涛留下手枪，戴涛不愿意交出手枪，法比提醒戴涛已经进入美国人管治的教堂中，因此必须服从教堂的相关规则，赵玉墨觉得法比的要求不过份，说服了戴涛交出手枪，法比得到手枪依然没有罢休，继续要戴涛把身上的手雷也交出来，戴涛不同意法比的要求，手雷是他准备自杀的工具。一旦日本人闯入教堂发现三个中国士兵，戴涛就拉响手雷自杀。
乔治在厨房烧热水，几个妓女来到厨房向乔治讨热水，乔治提醒众人不要浪费水源，之前因为住进了三个中国士兵，其中还有两个是伤员，乔治已经使用了很多热水照顾伤员。妓女们见乔治不愿意提供热水，脸上升起失望离开厨房，红绫留了下来与乔治闲聊，在闲聊过程中红绫亲吻了乔治，乔治还是第一次跟女人接吻，一时之间有些不知所措，红绫察觉到乔治神色异常，脸上升起一丝惊讶盘问乔治是否是初次与女人接吻，乔治没有否认红绫的猜测，红绫哭笑不得嘲笑乔治已是二十几岁的爷们还从没跟女人接吻。
孟书娟从楼上走下来跟父亲孟繁明见面，几个学生站在楼上看到孟繁明手臂上缠着日军国旗，孟书娟听到几个同学低声议论父亲孟繁明佩戴的日军国旗，脸上升起不悦不愿意跟孟繁明说话，孟繁明听到学生们说话声音，赶紧摘下手臂上的日军国旗拎起手中的食物给孟书娟看，孟书娟不愿意理睬父亲孟繁明，孟繁明来到楼上面带笑容跟孟书娟谈话，孟书娟板起脸孔不想理睬父亲孟繁明，孟繁明一脸关怀抚摸孟书娟的脑袋，孟书娟质问孟繁明为何能从日军手中平安来到教堂中，孟繁明一时之间不知如何解释。
法比数落完赵玉墨来到屋外干活，几个女学生站在屋中观看法比干活，法比在干活过程中灰谐有趣，几个女学生站在屋中哄堂大笑，法比冲着女学生们露出笑容骑着三轮车准备出门寻找水源，乔治送法比来到教堂门口，法比一本正经向乔治交待身后事，如果他出门寻找水源没有回教堂，乔治就升职成为神父照顾几个女学生，乔治心知法比不是在开玩笑，脸上升起严肃的神色返回教堂继续处理其它事情。几个女学生依然站在门口哄笑，乔治喝令女学生们回到教堂中，免得日军士兵听到女学生们的笑声来教堂抓人。孟繁明坐在家中休息听到屋外传来声音，一伙日军士兵站在楼下准备枪杀一批中国百姓，孟繁明站在窗户旁边面色惊恐盯着楼下的日军士兵，日军士兵分批枪杀中国百姓，血腥的场景令人不敢直视，在一连窜的枪声中孟繁明吓得离开窗户不敢再观看日军枪杀中国百姓。
避难的日子着实苦闷，几个妓女陪着乔治一起玩耍，乔治手舞足蹈跳舞给妓女们看，法比走了过来训斥众人花天酒地浪费食物，戴涛非常理解妓女们的心思，提醒法比不应该责骂众人，众人在教堂藏得太久心中非常憋屈，所以才想好好放松精神尽情玩乐。入夜，戴涛坐在窗台旁边休息，赵玉墨来到窗台边跟戴涛谈起过节吃汤圆的事情，戴涛一脸感概盘问赵玉墨以后离开教堂会去何处，赵玉墨一脸茫然觉得自己应该依然留在南京。除了留在南京之外，赵玉墨不知道自己有什么地方可去。戴涛的想法跟赵玉墨不一样，如果战争结束，戴涛希望回到老家河北保定。
