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花千骨（赵丽颖 饰）曾经被长留上仙白子画（霍建华 饰）所救，因此芳心暗许，长大之后，她千里迢迢前往长留仙山，想要找到当年的恩人。经过重重的考验和比试，花千骨终于成为了白子画的座下弟子，然而她并不知道的是，自己命格诡异，注定要成为白子画的生死劫，而花千骨和白子画两人在相处的过程中，早已经产生了超越了师徒的感情。堕仙夏紫薰（蒋欣 饰）亦深爱着白子画，不愿看到爱人为花千骨白白送死的她企图下毒杀死花千骨，没想到最后中毒的却是白子画。为了挽救白子画的性命，花千骨想尽了一切方法，并且在无意之中获得了洪荒之力，为日后的悲剧埋下了伏笔。
花千骨天生身体所带的香气能吸引周围的妖怪，因此没有朋友，更被花莲村民厌恶。在父亲过世的那一天，她被化名为墨冰的白子画拯救。不久后，她前往蜀山之路，以完成父亲遗愿，也希望能够再遇墨冰。在路途上，她遇见异朽阁阁主，异朽君告诉了花千骨进入蜀山之法。
蜀山派弟子云翳背叛清虚道长，杀掉了他。他和七杀派合作。白子画拯救了花千骨，但发现了她对自己的影响。在长留派，白子画聚集各门派的掌门，商议神器之事。他接着得知自己的命运和花千骨有关。
深夜，花千骨的天水滴突然发光裂开，竟破出一晶莹剔透灵虫，她开口便唤东方彧卿和花千骨为爹娘。花千骨惊魂未定又啼笑皆非，但那灵虫实在是可爱至极，花千骨为她取名糖宝。紫熏对白子画的薄情愤恨不已，发誓要杀尽天下负心汉，白子画却不为所动。魔教愈发猖獗，白子画、摩严、笙箫默，是为长留三尊。笙箫默提议长留提前招收新弟子，以增实力。花千骨得到消息决定前去闯关，便留下书信给东方。花千骨带着糖宝来到考试的长留客栈，遇见了同来考核的霓漫天、轻水、朔风等人。第一关是考生们在魍魉森林顺利待一晚就算过关，但是森林里有食人花，可能危及生命。负责考核之人是长留的大弟子落十一，落十一对糖宝很是喜爱，所以对花千骨也格外照顾。白子画看到考核名单上有花千骨的名字心情复杂，便暗地里观察她。花千骨没有武功，眼看要被淘汰却被霓漫天所救，并与她结为朋友。花千骨受宠若惊，但又怕自己连累漫天故不想跟她一块走，霓漫天深感不解。就在这时，食人花突然出现。
面对食人花，从不认输的霓漫天也束手无策，混乱中花千骨割破了手指用一滴血战胜了食人花。东方彧卿担心花千骨，一路跟了过来也报名参加了长留考核，花千骨十分感动。然而考核并没有相像的那么简单，夜深人静时，一阵迷烟让大家进入了须弥幻境。在此幻境中，人会看到自己最想要的东西，而无法摆脱离开。花千骨在幻境中回到了花琏村，有爹爹，还有墨冰，她迟迟不肯醒来，眼看考核结束时间马上就到，东方彧卿最后不惜割伤自己，终于将花千骨唤醒，在最后关头通过了第一关考试。东方彧卿以受伤为由在客栈休息，不再参加第二关考核。第二关是要通过悬崖上的铁链抵达对岸，花千骨自小恐高，但最终凭借毅力顺利通过。回到客栈，花千骨发现东方彧卿已不辞而别，只留书信一封。第三关考试是过长留山的三生池水，三生池水分别为绝贪、绝嗔和绝痴，如果执念太重，便会苦不堪言。花千骨心无杂念，顺利通过，她与霓漫天、轻水、朔风等人终于成为了长留山的正式弟子。
除了此次考核过关的十一人，众多弟子中还出现了免考的特招生，他名叫孟玄朗。轻水对孟玄朗一见钟情。十二人在验生石上滴上血的时候，花千骨的却出现异常，白子画进行掩饰，以免被摩严发现她是自己的生死劫而动杀机。花千骨终于考进长留开始了新的生活，心中自是无比喜悦，轻水跟她同住一屋很快成为好友。她拜托落十一寻找墨冰，却始终没有下落。这日她在课堂上闯下大祸，教历史的桃翁师尊提问时，她把六界全书里所述当成众人皆知的事说了出来，被摩严当做魔界奸细施以杖刑。花千骨不敢说出六界全书，还有自己蜀山掌门的身份，怕被逐出长留。摩严见他终是有所隐瞒，下令将她关入大牢。若说出真相会被赶出长留，不说也会也将遭受同样结局，花千骨犹豫再三，此时白子画却发现了她的掌门宫羽，知道了其身份。摩严觉得有失颜面，笙箫默却帮其求情。白子画也劝她离开长留回到蜀山，花千骨难过至极。
白子画、夏紫薰、东华、檀梵、无垢等五人义结金兰，常行侠仗义，被尊称为“五上仙”。是日般若门东觉大师金身被盗，五人追查至异朽阁，争斗中东华误杀老异朽阁主。老异朽阁主临死前道出，魔教赤炎魔为探得神器下落抓了他的儿子，威胁他盗取金身。东华内疚万分，独闯魔教七杀殿救出小异朽君。小异朽君得知父亲被杀悲痛欲绝，责问五上仙。白子画坚称，对错自有公理，犯错必受惩罚。小异朽君怀恨在心。花千骨始终不会御剑，孟玄朗也是掉车尾，二人一起练剑成为好友。这日花千骨从飞剑上摔下来，幸得白子画相救。这时云隐收到白子画传信赶来长留，接花千骨回蜀山。花千骨想起清虚道长嘱托，只得答应回蜀山平定一切。白子画见她还不会御剑，深夜还在拼命练习，便出手教她，并将将师父原本送给他诛杀生死劫的断念剑，赠送给了花千骨。花千骨感动莫名，随云隐回到了蜀山。蜀山清风清扬两位长老对她诸多刁难，要她跟清扬比试，如果输了就让出掌门之位，花千骨只得应战。
花千骨功力大大不足，发愁为难之际东方彧卿出现。东方彧卿表示要赢清扬也不是完全不可能，他在古籍上看过一种“逆转剑法”，可以让人瞬间提升功力。花千骨靠着东方彧卿所教的“逆转剑法”打赢了清扬长老，准备在清虚葬礼之后，正式继任蜀山掌门。而原本毁容的云翳在杀阡陌的帮助下，恢复了容貌。没想到，他竟然与云隐长得一模一样，原来二人是孪生兄弟，但按家规，云翳只能一辈子作为云隐的影子存在，替他伤替他痛，故而心中憎恨日深。云翳假扮云隐引出花千骨，不料却被花千骨途中识破，但花千骨不是云翳的对手，危急关头一个美人从天而降。花千骨将对方误认作姐姐，却不知此人就是魔君杀阡陌，只因花千骨与他死去的妹妹琉夏十分相似，杀阡陌对花千骨十分友好，还赠给她骨哨，嘱咐花千骨，但凡陷入困境便可吹响哨子，他定会随即赶来。花千骨安全回到蜀山，却不料单春秋下了战帖，要花千骨交出掌门宫羽，否则再屠蜀山。花千骨宁死不从，在她的鼓舞下，蜀山上下弟子终于团结一致，誓死保卫蜀山。
东方彧卿也不愿意抛下花千骨离开，说要同生共死。他帮助蜀山弟子布置陷阱与攻防，设下阵法。但魔教攻来，魔徒旷野天特别擅长机关术，一一 破解东方彧卿设下的阵法，蜀山还是节节退败。花千骨不愿看到涂炭生灵，要单春秋跟自己单打独斗，若能接下三掌，单春秋就必须撤兵，若不能，就将宫羽拱手相让。花千骨受伤硬撑，接连接了两掌，在最后一掌的危急关头，白子画突然赶到，解救了蜀山之危。然而这时众人却发现，清虚道长的遗体突然失踪，同时传来神器不归砚被夺的消息。白子画猜到是异朽阁在暗中捣鬼，花千骨一同前去，恳请异朽君交还清虚。异朽君却道不知。白子画着急离开去解决不归砚被盗之事，花千骨回到蜀山，却发现清虚的遗体已被送还。
花千骨大事办妥，赶回长留，杀阡陌担心她的安危，暗中一路护送。回到长留，眼看就要迎来仙剑大会，花千骨刻苦练剑，立志在仙剑大会上夺得第一，并拜拜白子画为师。白子画却明确告诉她，不论如何，自己将不会收她为徒。花千骨还是锲而不舍地练习。此时孟玄朗在众人面前对花千骨表白，轻水感到难过。花千骨拒绝孟玄朗，表示自己只把他当朋友。而霓漫天因为花千骨突然变为掌门，生气嫉妒，不再理会花千骨。紫熏仍然不肯对白子画死心，她来到长留教新入学的弟子炼香，大家都惊叹于她的美貌。糖宝躲在厨房偷吃被落十一逮个正着，落十一拿来好多吃的警告她不许再偷吃。
仙剑大会即将开始，孟玄朗却被急召离开，原来他的身份是蜀国的二皇子。老皇帝病危，急着见他最后一面，轻水和花千骨依依不舍与孟玄朗惜别。东方彧卿也前来参加仙剑大会，白子画怀疑他的身份，开始调查。然长留新招的弟子里，有一个魔徒奸细，名为尹上漂。尹上漂奉命混入长留，企图成为白子画徒弟，伺机夺取神器流光琴。尹上漂平时一直隐藏实力，只等着仙剑大会一鸣惊人。为万无一失，他还赠给霓漫天毒针，让她暗算朔风，以确保完胜朔风。最后霓漫天果然凭此，但心中却不由内疚。
霓漫天没想到花千骨会成为自己获胜最后决赛的对手，发誓无论如何也要赢她，同时她的父亲霓千丈还赐予她家传宝剑来对敌。杀阡陌担心花千骨安危，深夜潜入，替花千骨疗伤。仙剑大会决赛，一场苦战，花千骨身受重伤，但一直坚持到最后，与霓漫天一同掉下水面。但因为是她先落水，所以在比武中败北，心中难过至极。收徒仪式开始，落十一和桃翁都想收花千骨为徒，花千骨心里只想当白子画的徒弟，可是如今失去了资格，正左右为难，却不料白子画突然出言，收花千骨为徒，众人震惊。霓千丈大怒，白子画拿出霓漫天的剑，道她胜之不武。摩严要他不如把前三甲都收归门下，白子画却断然表明，此生只收一个徒弟。花千骨感动至极。摩严只得让落十一将霓漫天和朔风收归门下，也算三尊直系弟子。霓漫天心中愤恨到极致。而轻水最后拜了桃翁为师。火夕和舞青萝拜了笙箫默为师。
花千骨晕倒醒来，发现自己竟已到了绝情殿，从此开始了和白子画在绝情殿的生活。白子画让花千骨好好疗伤，不能随便使用内力，并将七绝谱传授给她。七绝谱是长留至宝，记载着天底下一切的知识武功，花千骨学得如饥似渴。她终于有了家的感觉，每天擦地浇花，打扫卫生，为白子画端茶做饭。但一次她却惹下大祸，毁了白子画悉心培育很多年的珍贵药材。
霓漫天对花千骨百般欺辱挑衅，糖宝由于她贪吃冰莲，竟然化作人形赶走霓漫天。花千骨这段时日从七绝谱里学了很多东西，白子画还亲自教她弹琴。其间杀阡陌来长留看她，带她出去玩。看着花千骨，杀阡陌仿佛觉得妹妹琉夏再世。花千骨回山途中再遇霓漫天，霓漫天假装向她讨教剑法，实则尹上漂在暗中施放毒针，为了让她失去仙骨，被逐出门去。花千骨没有察觉地回到绝情殿，想到自己如今已是白子画的徒弟，不能让人瞧不起，给师父丢脸。花千骨开始闭关修炼，没想到却因为中毒而走火入魔。危急关头，幸亏白子画及时赶回长留山，为了保住花千骨，白子画不惜浪费修炼很多年的功力，替她打通仙脉，花千骨因祸得福，功力上升。白子画见徒弟被人暗害，愤怒中想要追查，花千骨虽知道是霓漫天暗算自己，却不肯说出实情，但心死的告知霓漫天，两人从此以后不再做朋友。
花千骨练习观微之时，还不小心看到白子画洗浴，心中惴惴不安。一直深爱白子画的夏紫薰对花千骨又气又恨，却无可奈何。 落十一带领新弟子下山历练，白子画要他查出陷害花千骨的内奸，并交代花千骨路上小心。众人浩浩荡荡地来到蜀国，虽扮作江湖弟子，还是被烈行云率领的士兵拦路，并要捉拿他们，幸亏东方彧卿及时赶来解围。原来是孟玄朗获知道他们来到，想要请他们住进皇宫，烈行云却闹了误会。
两人都给花千骨发了第二天一起用膳的请帖。不料第二天花千骨却回避两人，来到上街给穷人看病。轻水来到孟玄朗处，却闹了大乌龙。 孟玄朗装病，请花千骨来为其问诊，东方彧卿也不甘落后，假装染恙。花千骨一气之下，给二人开了泻药。二人一时哭笑不得。花千骨拒绝二人，自己只当他们是兄长和好友，两人却表示都不会放弃。 深夜，魔兵里应外合，偷袭营帐，落十一受伤。花千骨想出找出内奸的办法，决定以身作饵。
七杀殿给几大门派同时发出战帖，三尊下令让他们结束历练，赶往太白门支援，防止魔道来袭。花千骨和众同门赶往太白山。 却原来，其他几大门派只是扰乱视听，魔徒最后全力攻击的是太白山。大兵压境，太白力不能敌，还好花千骨身上有白子画的流光琴，可以拖延一二。然而旷野天等人利用毒蚊子靠近花千骨，花千骨被叮中毒，魔教来袭，太白山一时死伤无数，危急关头，杀阡陌和东方彧卿赶来。花千骨此时才知道杀阡陌的真实身份乃是魔君，不由震惊。杀阡陌既想要流光琴，又不想伤花千骨的心。最后东方彧卿提议，双方比试，三局两胜，以流光琴和不归砚为赌注。杀阡陌同意。第三局原本是单春秋对战孟玄朗，未成想到单春秋突然发难，掳走花千骨，想要先杀了她，白子画赶到将花千骨救下。第三局比试，变成白子画对战杀阡陌。
第二天的酒宴上，各派掌门，还有夏紫薰、孟玄朗等人均数到场。轻水对孟玄朗表白，却被拒绝。花千骨作为最大的功臣，深得众人赞誉，霓漫天吃醋嫉妒，故意给花千骨灌酒，然后挑拨她跟夏紫薰斗香。 夏紫薰是仙界顶级的调香高手，根本没将花千骨放在眼中，却没想到三轮比试下来，竟然输给了花千骨。而夏紫薰更是从比试中，发现了花千骨内心深处其实早已对白子画动情。她传音怒斥花千骨，花千骨深感惊讶。
夏紫薰因为在酒宴上出丑，迁怒于霓漫天，霓漫天争辩自己才是最恨花千骨的人，最后跟夏紫薰达成一致，答应帮助夏紫薰监视花千骨。 白子画带花千骨回到长留山，弟子出山历练一趟，都需要再经受三生池水的考验，可是如今，霓漫天心中的贪，轻水心中的痴，花千骨心中的情，都让他们遭受到三生池水的剧烈腐蚀。花千骨强制用内力压下，没有受摩严处罚，却终究还是瞒不过白子画。
夏紫薰用计夺验生石不成，耗费一半功力强闯绝情殿。这才发现花千骨竟然是白子画的生死劫。夏紫薰大怒，不顾白子画的阻拦冲去杀花千骨，却不料东方彧卿突然挡在花千骨身前，替她受下致命一击，性命垂危。白子画说服夏紫薰救东方彧卿，可是夏紫薰也无能为力，这世上只有杀阡陌的武功可以救东方彧卿的命。然而杀阡陌却开出条件，要用流光琴来交换。原来杀阡陌的妹妹琉夏很喜欢古琴，当初也是因流光琴而死，杀阡陌一直想要得到流光琴，以满足妹妹的愿望。
花千骨为情所困，开始逃避白子画，白子画微微失落，见花千骨心有杂念，便出言开导花千骨，并决定带她下山历练，增广见闻，并寻找失踪已久的神器悯生剑。此时轻水也因为思念孟玄朗，偷偷溜下山，到皇宫里找寻。
