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故事发生在战国末年，荆轲将儿子荆天明（蒋劲夫 饰）托付给了天下第一剑客盖聂（陆毅 饰），希望后者能够保护自己的儿子不遭残暴的秦始皇的毒手。盖聂带着荆天明一路逃亡，途中竟然将秦始皇派出的三百铁骑打得落花流水，于是，丞相李斯出马，谣言蛊惑了盖聂的同门卫庄（孙艺洲 饰），希望借卫庄之手，除掉盖聂。一路上，盖聂和荆天明结识了项少羽（秦俊杰 饰）和高月（胡冰卿 饰）等反秦能人志士，一行人最终来到了墨家机关城，这是他们最后的堡垒。很快，卫庄就带着大批此刻杀了过来，他甚至找到了墨家的死敌公输仇，想要一举拿下机关城。面对敌人猛烈的袭击，盖聂等人能够获得最终的胜利吗？
荆轲行刺嬴政却反被盖聂刺死，十六年后荆天明突然发狂杀了官兵，他的身份被嬴政得知。少司命奉东皇太一之命暗中保护天明，盖聂因救天明而受重伤。本想找盖聂报兄仇的医仙端木蓉在天明的恳求下救了盖聂，端木蓉确定了天明正是荆轲之子。天明担心端木蓉会杀了盖聂，他带着盖聂偷偷离开。
天明和盖聂意外落入项府手中，少羽狠狠地戏弄了天明。嬴政得知盖聂叛变，他终于明白当年盖聂刺死荆轲是个局，为的是在他身边安插内线。端木蓉欲救出被少羽关起来的天明和盖聂，却被人发现，项梁等人指责端木蓉引来秦兵。东郭植带人救下项家众人和端木蓉，张良用奇门遁甲设阵阻止了秦兵追赶。天明对端木蓉的徒弟高月一见钟情，东郭植带着众人来到墨家栖地鬼村。
天明是嬴政宠妃丽姬与荆轲之子，东皇太一曾在年幼的天明身上注入邪力。为了抓回天明，东皇太一命大司命去请七杀门的卫庄出手。盖聂坚持见到巨子才肯说出当年真相，端木蓉怀恨在心以残忍的手段为他疗伤。天明讨好心上人却被高月施针麻痹了身体，他只能眼看着少羽向高月大献殷勤。少羽在高月面前力邀天明比武，天明武功不济遂借取渊虹剑参加对决。
天明和少羽在高月面前比武，天明使诈从而反败为胜。盖聂病况稍有起色，天明拜师却被他拒绝。剑圣盖聂的风姿动人，医仙端木蓉逐渐芳心萌动。杀手易容成勇叔欲掳走天明，此时勇叔尸体被人发现，天明逃过一劫却误以为自己遇鬼。鬼村收留的孤女铃儿和假勇叔私会，少羽和天明跟踪偷听。鬼村不断有人离奇死亡，端木蓉怀疑盖聂是凶手遂欲对他狠下杀手，天明和少羽及时赶来阻止。
端木蓉圈禁盖聂，她开棺验尸查出死者是死于蛊虫。铃儿谋害高月被当场揭穿，原来她是杀手蛊娘，蛊娘和鬼村众人大战最终败退。秦兵围剿鬼村，项氏一族助墨家迎敌。卫庄被收买杀死盖聂，然而二人相见却牵出一段纠葛。盖聂和卫庄曾是七杀门的人，卫庄为救盖聂埋身火海并从此对盖聂心怀仇恨。盖聂被卫庄打败，而天明忽然被邪术控制大开杀戒。
天明自幼身怀异能且由阴阳家云中君教导，盖聂希望端木蓉消除天明的异能。众人否认卫庄曾经出现，天明误以为被邪术控制只是梦境。项氏一族不愿遵从墨家号令遂单独离开，少羽独自留墨家。天明一行遇秦兵搜查，他们假扮送葬这才逃出城内。东郭植和天明等人到洛阳后受到巨富金万两热情接待，并被安排住进雪女掌管的妃雪阁，随后天明等人惊悉金万两就是墨家巨子。
高渐离通过雪女的乐师考核，雪女其实早年便倾慕他的才华。卫庄揭穿东皇太一就是中车府令赵高，原来赵高系羲氏一族，当年赵国与秦军一战大败，羲氏一族被赵王怪罪占卜不利而遭灭族，赵高为复兴羲氏而潜伏在秦王身边。为了抢床睡，不懂武功的天明竟与少羽打成平手。少羽将天明曾发狂之事告之，并对天明异能进行测试，谁知竟令天明误打误撞找到了操控异能的方法。
少羽装扮成女人和天明一起教训算命骗子，却不想反而引来官兵的追捕。天明控制不了力量而晕倒，少司命救了天明，却对天明心念高月感到不悦。少司命将天明送回原处，高月用她莫名的灵力救天明醒来。盖聂虽将天明是荆轲之子的身世告诉天明，但他无法说出荆轲是死于自己手中。端木蓉为天明去除邪力，恢复正常的天明感到失落。 端木蓉施针除邪力。
雪女为她的舞蹈表演向洛阳城内的达官贵族散发请柬，连平时不愿露面的雁春君也大驾光临。高渐离在雪女舞蹈表演时行刺雁春君，但被雪女看穿化解危机。高渐离与盖聂相遇，高渐离将雁春君就是当年出卖七杀门的叛徒告诉盖聂。雪女偷偷来见盖聂，原来她也曾是七杀门的人，雪女曾经爱慕七杀门长老高渐离。高渐离劝说雪女帮他复仇，但雪女表示七杀门是她最大的噩梦，她拒绝报仇。
盖聂拒绝复兴七杀门，高渐离深感失望。雁春君收下了雪女的拜贴，雪女和高渐离来到雁春君府见到的却是卫庄。卫庄杀了雁春君，他回忆起当年继承了死门的职位，并被当年是鲍长老的雁春君利用害死了掌门，他记恨高渐离当年只救了盖聂，没有救困在火场的自己。高渐离向卫庄道歉，但他并不后悔自己的选择。染坊被易夫子布下阵法，端木蓉和天明等人被困住。
端木蓉火烧染坊救了天明等人，而巨子带人相助盖聂这才逼退卫庄。端木蓉意外解开天明身上的咒印释放出了邪力，天明的身体无法承受邪力濒临崩溃，端木蓉束手无策非常自责。高渐离不告而别，雪女随之远走天涯希望能够找到他。少羽驾驭墨家班大师改造的马车，岂料结局极其惨烈。盖聂说出荆轲刺秦的内幕，荆轲留下遗书希望秦国一统后选定贤良之人统治天下，盖聂认为扶苏就是贤良之人。
端木蓉难以压抑对盖聂的好感，东郭植为失恋而痛心不已。天明总是做着同一个噩梦，梦见父亲荆轲刺秦却死在盖聂的剑下。天明把心事告诉高月，高月将父亲鞠玄和太子丹策划荆轲刺秦一事娓娓道来，而刺秦失败也让鞠玄和太子丹受牵连被追杀而亡。盖聂答应教天明剑法却不打算收他为徒，天明为此愤愤不平，然而端木蓉看出盖聂此举是为了方便日后天明为父报仇。
盖聂制作剑谱交给天明后不告而别，端木蓉追随而去却在途中被卫庄擒获。盖聂和卫庄自小结义却因命运捉弄而互相为敌，他们即将一战。赤练在比武结束后偷袭，端木蓉为救盖聂中毒。盖聂挥剑向赤练逼讨解药，岂料天纵奇才的端木蓉已经施针为自己解毒。卫庄救了遭遇灭门之祸的赤练和白凤并将他们培养成杀手，而赤练也在成长的过程中对卫庄交付痴心。
盖聂说出离开的原因，他不想端木蓉将来在他与天明之间的恩怨中为难。高渐离借酒消愁，雪女一路跟随，高渐离沉浸在痛苦中无法自拔。雪女在屋外吹箫，高渐离这才发现曾经与他琴箫合奏的女子就是雪女。天明在与月儿外出时再度晕倒，在梦里天明的身体分裂成善与恶，天明被告知父亲被盖聂所杀的真相，月儿再度用她的灵力让天明平静下来。
赤练和白凤去杀盖聂，盖聂将其制服却仍旧放两人离去。大司命和少司命出现在天明面前，大司命以寻找盖聂杀荆轲真相为借口骗天明去咸阳。天明答应随大司命去咸阳，月儿发现天明的反常后阻止天明离去却未果。公子扶苏的仁爱令巨子欣赏，巨子特意约其见面，月儿这时面见巨子禀告了天明被劫之事。扶苏对小时候的天明仍有印象，他派人救下天明。
巨子代表墨家同公子扶苏结盟辅佐其登上皇位，扶苏得知墨家参与荆轲刺秦后异常震惊。高月发现巨子送的糕点有幼年家中尝到的味道，而巨子也对她百般怜爱。巨子恳求扶苏为天明解开心结，扶苏遂以兄长身份向天明说出十三年前的往事。少司命找到天明的藏身处，同时发现金万两就是巨子。大司命火烧金府，又以救火的名义查探金府，然而天明早已经被转移。
少司命因为私放天明一事而受到责罚，她将对天明的爱意倾诉给大司命，然而月神点破大司命其实一直深爱着少司命。天明回到别馆后身体逐渐恶化，端木蓉欲设法帮他操控体内邪力。咸阳的金氏商社被官兵和阴阳家灭门，巨子闻讯赶回商社却落入阴阳家的诡谲阵法之中，最终巨子艰难逃离大司命掌控。东皇太一将巨子的身份借胡亥之口告知嬴政，嬴政命令胡亥率兵清剿墨家的金氏商社。
墨家命令弟子离开商社隐匿市井，巨子逃回别馆时已身中无药可解的六离毒术，他隐瞒病情首先为盖聂在墨家首领面前洗清冤屈。墨家决定退守机关城，盖聂拒绝和高渐离、雪女一起加入墨家，他誓言终会带着端木蓉隐居山林。天明无意间知晓墨家祸事是由自己引起，他含怒质问盖聂真相。端木蓉发现巨子身中六离毒术，唯有用至亲之血当解药，随后她揭穿巨子就是高月的父亲鞠玄。
端木蓉将碧华是羲氏圣女一事告诉巨子，因为女儿遗传了圣女的血统，碧华被大司命带走之前偷偷将女儿托给端木蓉。巨子自觉此次中毒难逃一死，他拒绝认女，这一切都被天明偷听到，天明将巨子是月儿父亲之事告诉月儿。班大师带着众人来到机关城，天明与盖聂赌气不听劝引发机关。
巨子组织大竞技，韩信和樊哙接连不敌少羽。耐不住的天明也想上场比武获得众人赞赏，当他一爬上旗杆便引得众人担忧，大家担心天明再度发病。盖聂认为天明的逆反他有责任，但当他向天明道出当年荆轲之死的原因，却令天明更加愤怒。月儿意外得知巨子得了绝症，她借看病试探巨子，巨子有意回避
