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MOZU
15点08分，日比谷熙熙攘攘的街头突然发生爆炸。街道顷刻间被破碎的瓦砾掩埋，尘土中惨叫时起彼伏。警方认为这很可能是恐怖组织所为并展开了调查。警视厅公安部特务第一课警部仓木尚武来到了监察医学院确认遇害者尸体。虽已被炸得体无完肤，他依旧立刻认出那是他的妻子千寻。为他带路的搜查一课警部补大杉良太虽然对其言辞谨慎，仓木却不喜不悲，反而像讯问一般让大杉告诉他案件的详情。“为何自己的妻子会成为牺牲品”仓木急切地想要找出真相。案发数日后，大杉在公园叫住了晨跑的公安部公安二课巡查部长明星美希，询问案发时其就在现场附近是巧合还是有所图。另一方面，山崖之上，新谷和彦被枪抵着，对身旁男子说完“你定将被百舌钉于树上”便被人从崖上踹了下去。案件的真相究竟是什么？爆炸与坠崖又有何关联？
突如其来的一场震撼人心的街头爆炸案，让警察仓木失去妻子千寻，被排除在调查小组外的仓木也无法亲自缉凶，不过他仍然暗中追查真相，和同样只能在边缘进行调查的搜查一课的大杉暗中较劲，而爆炸当时也在现场附近的女性警察明星美希，则是亦敌亦友地成为唯一能帮仓木的人。另一方面疑似引爆这场爆炸案的关键人物新谷，被同党赤井推落山崖后奇迹获救，却失去记忆，让这桩爆炸案更加陷入疑云重重的恐怖之中。
由于爆炸案附近的监视器的关键影像都被洗掉，在爆炸案失去妻子的仓木警部为了追查出真相，盯上两条线，一是可能是雇用诈弹客新谷的阿西娜保全高层东和夫，以及当时在现场的警察明星美希，而明星则是再次追查到新谷的行踪并且伪装成新谷妹妹家的邻居和他交谈，确定新谷真的丧失记忆之后，原本想利用他追查幕后黑手，却被新谷识破反而被问出目前爆炸案的侦办情况。
由于仓木一再骚扰阿西娜保全的高层东，让东受不了，要手下中神给纠缠不清的仓木一点教训，结果就在仓木去找女警察明星美希时，东的人马出动让仓木中弹受伤，但是仓木却不顾伤势急着问出关于新谷妹妹的真相；另一方面失去记忆的新谷找上了记者中岛葵美，表示愿意出钱请她帮忙调查他的身世背景，于是葵美先到了新谷的小学拿到他的毕业纪代念册，又找到了新谷的老家，没想到竟然意外地发现，他的妹妹有一本关于百舌鸟的绘本。
大杉出现在深夜未归的少女惠面前，父女之间的关系并不好，因为大杉因警务工作忙碌和妻子分居，而成功袭击仓木的中神受到东的奖励，更加积极地准备活抓新谷；另一方面全身是伤的仓木总算住院治疗，大杉前往探视时，仓木告诉大杉美希和津城俊辅有所关连一事。
同意和津城连手的仓木和大杉，造访爆炸案时在现场附近的高中生南贯之，身为电影研究社员的南用自己的相机拍到，在瓦矶堆中哭泣的女孩和她眼前看到的景象，由于这段影像原本被警察隐藏起来，仓木他们认为这是很重要的证据，于是去疗养中心找那个女孩，结果那个女孩还是埋头画画，其中仓木发现其中一张画呈现出令人不寒而栗的光景。
仍然想不出IC芯片在哪里的新谷，持续受到中神的严刑拷问，新谷在葵美的面前受到激烈刺激渐渐地意识朦胧，就在此时他的眼前出现了葵美从他的老家带来的绘本，封面上有着不可思议的标志；另一方面，津城拿了一份报告书给仓木、大杉和美希看，津城表示他们似乎犯下很大的错误，因为报告书里呈现出一个谁都料想不到的事实。
新谷宏美恢复所有的记忆同时也苏醒了，仓木他们的面前出现好几具被残杀的尸体更加证明这一点，从杀人现场逃走的百舌首先来到从前的小学，回想起小时候哥哥对他的呵护，又想到哥哥已经遇害，于是发誓要杀光所有人。
大杉、美希和津城暗中跟踪负责指挥调查爆炸案的若松，来到一间看似无人的工作室，黑暗中若松和一个看不见人影的人会面，不枓后来又出现一个大杉他们都认识的人；另一方面，仓木告诉室井原来放置炸弹到笕包包里的神秘女子就是他的妻子千寻。
仓木为了查出千寻为何引爆炸弹再一次来到爆炸现场，结果在那里出现可疑人影，追下去后发现东在等他，东说出他的“建言”，是一个看不见天日禁闭的地下室的理想国的故事；另一方面被隔离在个人监狱的百舌新谷宏美的冲动已濒临界限，处于极限状态的百舌，像野兽一般不断威吓四周发出怒吼，就在此时某人出现。
萨尔多尼亚共和国总统访日的日子终于到来，负责指挥维安工作的，竟然就是暗地里要暗杀总统的公安部室井，仓木他们猜测到室井会在警备计划书中无法变更的地点发动炸弹恐怖攻击，然而津城已经被公安控制无法行动，于是大杉说明搜查一课课长村濑，带领搜查一课赶往机场等待总统到来，同时受到室井枪击受伤的美希，还有仓木也都摆脱警察的监视赶到机场，不料在旅客蜂拥而至的多的机场之中，百舌新谷宏美也出现了。
