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历史车轮滚滚，碾过无数人的生命，终于进入了朱明王朝。然而酱缸般礼教并未随着历史的前进而走向文明，反而更加严苛地禁锢着人性的自由。尤其是女性，她们不仅身体受到束缚，连灵魂也被深深压抑着。美丽少女谭允贤（刘诗诗 饰）祖上世代从医侍奉皇上，但因奸人陷害而遭遇灭顶之灾。历经苦难 ，谭家传下“永不从医”的家训。但允贤天资聪颖，而且热爱医学，在奶奶的默许下，她得以专心研习医术。在此期间，她偶然邂逅纨绔公子哥元宝，殊不知此人正是当今皇上明英宗朱祁镇（霍建华 饰）。几经周转，允贤进入皇宫内院，由此也踏上一条充满凶险和挑战的从医之路。回首望去，已无归途，这位传奇女医注定要在历史上书写浓重的一笔…… 本片取材自真实的历史人物创作。
大明中期，程朱理学兴盛，礼教苛严，女子地位低下，贵族女子不得抛头露面，即使生病，也要谨遵男女有别，以致于隐疾难治，而女子从医则更是容易被世人议论为“三姑六婆”，名声不雅。明英宗朱祁镇继为皇位，孙太后辅政，英宗年少荒诞，亲信东厂太监头目曹吉祥，孙太后以此为由迟迟不肯归政。徐侍郎家大摆寿筵为太夫人贺寿，实则是以贺寿为由为徐家公子挑选儿媳，各家小姐争相展现才艺，安和郡主汪美麟才艺出众，赢得众人喝彩，只有谭允贤一人不为所动。代父送礼的允贤被徐府院子里的一株药草铁皮石斛吸引，在采摘药草的时候，婢女紫苏被陌生男子挟持，允贤发现对方身中剧毒，性命垂危，不但不计前嫌，反而施以援手，将铁皮石斛赠给对方解毒。原来这名陌生男子是铖王朱祁玉，孙太后想将铖王立为新君，曹吉祥唯恐东厂地位因此受到撼动，遂背着皇上派人追杀铖王。东厂的人闯入徐府搜捕，混乱中，徐太夫人突然中风，众人皆手足无措，唯有通于医理的允贤镇定施救，施针放血，及时救回徐太夫人的性命。汪美麟在其父汪国公的授意下假装晕倒避人耳目，随后偷偷找到铖王，将其藏在自己的轿中带出徐府。救了人受到众人高度赞扬的允贤回到家却招来父亲的一顿家法，因允贤违反了“族人不得从医”的家训——谭家祖上为御医，却因被奸人陷害而遭遇灭顶之灾，允贤的爷爷为了庇护家人上吊自杀，以此谢罪，允贤的哥哥也在逃亡的途中不治丧命。谭家从此改名换姓，换为杭姓，允贤的父亲也因此入军职，以期立下军功早日晋升，在朝堂上为家族洗清冤屈。虽有家训如此，但允贤天资聪颖且热衷学医，允贤的奶奶亦不忍谭家医学自此失传，遂默许允贤自幼随其学习医理。
奶奶得知允贤不但在俆府擅自施针救人，还给徐太夫人开了药方，奶奶让允贤背药方，发现允贤用药有所偏差，急忙示意紫苏到徐府，让徐府换掉药方，好在徐府早已采用新药方，允贤得以逃过一难。虽然并未铸成大错，但允贤还是为徐太夫人的病许久未好利索而感到自责。允贤到永庆庵祈福，教庵内尼姑以燕子窝和油帮人治恶疮，住持静慈师太见其妙手仁心邀其内坛进香。于家夫人小产，于大人虽与夫人情深意重，但却拘泥于男女有别而不肯为其夫人请男大夫看诊，于夫人的婢女遂来到永庆庵求救，得知前来进香的允贤懂医理便求允贤随她去救人，允贤不仅医者仁心，且十分敬重于大人的官品为人，欲前往救人，但又碍于父亲的训诫不敢贸然行事，纠结不已。这时，突然出现在庵内的纨绔公子元宝，却毅然决定出手相助，鼓动允贤同其驾马车前往于家救人。允贤一开始并不信任元宝为人，且碍于规矩礼节有所犹豫，静慈师太说服两人一同前往。见元宝一路嬉戏调笑，允贤点了他的麻经，元宝生气之下让随从停下马车，好似忘了要去救人，允贤愤而下了马车，打算徒步去救人。允贤用一番正义之辞指责元宝，被允贤的善良和正义打动的元宝更加坚定了去救人的决心，强行将允贤扛上马车。允贤为于夫人施针止血之后，开出药方，两袖清风的于大人因为其中的一味药材“阿胶”颇为昂贵而苦恼，见此情形，元宝随手给出一个金元宝让其解燃眉之急，而刚直不阿的于大人却一昧拘于旧礼，不但不受反而要开门送客。元宝、允贤同于大人这个“老顽固”据理力争，最终说服了于大人接受二人的帮助。 返回的途中，元宝为于大人受到孙太后最宠幸的太监压制打击而打抱不平，允贤误以为元宝是因犯了事而得罪了孙太后，建议元宝去请求汪国公这样的太后亲信去为其说情，元宝听了却异常愤怒。此时的允贤并不知道眼前的这个纨绔公子元宝就是那个世人眼中荒唐的皇帝，更不明白元宝心中对于太后的不满和厌恶。
救完于夫人，允贤同郑齐乘马车返回永庆庵，途中允贤的一番“劝解之辞”竟意外惹怒郑齐，郑齐不顾允贤弃马车而去，允贤只好打定主意自己架马车回去，不料马却突然受惊失控，允贤陷入险境，正巧路过的祁钰出手相助，蹿上马背，抱住马脖子，用手蒙住马的眼睛，使马镇静下来，助允贤脱离了险境。允贤欲谢救命之恩，祁钰却率先发现自己救的正是当日赠药草相助的善良女子，允贤也从祁钰手中的那株“铁皮石斛”记起当日情形。二人正巧都要前往永庆庵遂同行，允贤发现祁钰碰到伤口，于是将自己的丝帕赠予祁钰擦拭伤口。祁钰临时改变行程，与允贤别过，得知允贤姓“杭”，推测允贤是杭将军的女儿，并从丝帕上知道允贤名中有一“贤”字。祁钰拾到允贤摔坏的玉簪，问了随从京城中最好的珠宝铺子，打算送去修理或仿制。于大人携于夫人到访杭府，欲谢允贤救命之恩，允贤本担心于大人向父亲言明她再次私自行医救人的事实，非常紧张，但于大人此次竟比当日豁达开明得多，不仅帮允贤隐瞒了真相，还向杭父坦言想要认允贤为义女的意向，杭父应允，于杭两家自此结为通家之好。于夫人请允贤到于府做客，并将允贤以义女身份介绍给其闺阁好友，得知允贤懂得岐黄之术，众夫人小姐竟一番讥讽，但允贤心思聪颖，不仅不生气，反而巧用美容养颜的“七白膏”化解了尴尬，并答应给各位夫人小姐制作七白膏相赠。祁钰派小厮给允贤送回玉簪和丝帕，紫苏见此情形拿允贤与那位朱祁钰朱公子打趣，见祁钰如此赤诚，允贤也不免芳心萌动。太后私下见祁钰，并示明欲立他为新君的意图，而祁钰却感念于与皇兄朱祁镇的情谊以及恪守为人臣子的本分断然拒绝，太后因此大为恼怒，当即命人对祁钰施加了一顿皮肉之苦。
郕王的耿直与坚持终于激怒了太后，她一气之下派人将郕王关了起来。 一旁的汪美麟见此情形心痛不已，万分焦急之下意欲去向太后求情。然而老谋深算的汪国公却拦住了她的去路。为了女儿的皇后之位更为了汪家的富贵前程，在他看来，此时关一关郕王并非不是一件好事。此时，这一切纷乱的幕后黑手王振虽在永庆庵门前扑了空，未能如愿捕获本应前往与英宗会面的郕王。但是贼心不死的他可不会就此罢手，满面的阴毒笑容都透露着他欲将这池夺嫡之水搅得更浑的心思另一边的允贤也平白遭遇了一场小祸。只说这一日，紫苏忽然慌慌张张地跑来向允贤报告徐侍郎上门为儿子提亲的消息。震惊的允贤急忙赶到正厅，毫不犹豫便拒绝了徐大人的请求，感到脸面大失的徐侍郎勃然大怒。甩手便走的徐侍郎立刻点燃了杭纲心中的一腔怒火，他毫不留情地便将所有愤怒通通发泄在了女儿身上。委屈的允贤望着对她永远只有责骂而无理解的父亲，终于难过地流下了泪水。几日后，允贤便在义母家中偶遇了徐侍郎夫人。出乎她意料的是，善解人意的徐夫人非但没有怪罪她那日的拒婚之事，反而大大地安慰了她一番。难以推却盛情，也是在自己行医救人的小小愿望推动之下，允贤又暂时忘却了奶奶的叮嘱，为咳嗽不止的徐夫人开下了一剂甘草干姜水。让允贤没有想到的是，这无心之下的善举却为自己招来了一桩大祸。半月之后的一天深夜，杭府大门忽然被人拍得震天响，而闯门的竟是带着火把家丁的徐侍郎 。甫一见面，徐侍郎便厉声指责允贤害死了自己的夫人。这晴天霹雳般的消息瞬时让在场的所有人惊呆了。被震怒击昏了头脑的杭纲狠狠地扇了允贤一个巴掌，他真的不懂自己这个女儿为何如此不守妇道，时时都要惹是生非。其实年幼允贤的无心之失始终折磨着杭纲的心，那份怨恨与不甘随着时间的推移日日累积，已经彻底侵占了他的心。
牢狱之中，众多犯人都身患疾病而无从医治，善良的允贤虽然身陷囹圄自身难保，仍然忍不住为她们把脉诊病。小马子借送饭的契机向还在软禁中的郕王传递消息，郕王得知允贤的遭遇，坚信允贤一定是蒙冤入狱，并派小马子带着他的玉佩去刑部找他的旧识，传话一定要查明事情真相，尽力还允贤清白。皇上发现郕王没有如约去永庆庵，怀疑又是王振在其中动了手脚，王振否认，皇上遂派人去寻找郕王下落。允贤托狱卒去家里拿药，好为狱中的病人治病，狱卒收了允贤的东西却言而无信，不但没有给允贤送药，反而讥笑允贤身为大家闺秀却即将公堂受审。莽撞的宫女冲撞了王振，王振的手下正要重罚宫女，却被路过的钱皇后看见并阻挠，王振仗着皇上对他的信任与依赖，即便对待皇后也是怠慢轻视，而贤淑的钱皇后对时常挑唆皇上的王振也多有不满但又无可奈何。允贤在狱中医治的大姐突然昏死过去，允贤以为自己拼尽全力救人却仍然于是无补，正伤心不已，狱中送饭的罗大娘将一桶冷水浇到已经昏死过去的病人身上，允贤疑惑不解，罗大娘又叫允贤就地取材制药给病人服用，这以指甲、蚯蚓等看似污秽之物制成的药，给病人服用之后竟大有成效，允贤心中大为惊异，原来罗大娘竟是一名药婆，允贤想向罗大娘学习看病救人的本事 ，罗大娘见允贤心地善且立志成为一名女医，一口气教给允贤不少实用的治病“土”方。郕王以答应考虑太后的安排作为交换条件请求母亲吴太妃对允贤施以援手。公审时，允贤请求传唤徐夫人的侍女询问，得知徐夫人此前早因身子不舒服而服用过惠民药局的万大夫万宁开的药，二人开的药一个滋阴，一个振阳，这两批药会否相冲呢？下了公审之后，太医院的村霞将公审情形说与叔叔即太医院陈院判分析，二人发现，徐夫人的死与允贤其实并无多大干系，而恰恰要归咎于惠明药局的万宁，但这个万宁是由陈院判亲自推荐到惠民药局的，如今归罪于他就是砸了自己的招牌，于是，为了保住自己的声誉，陈院判决心包庇万宁，而不准侄子村霞在公堂之上为允贤说话。
允贤在狱中继续向罗大娘学习治病救人的知识。皇上因找不到祁钰而心情郁闷，到宫外喝得酩酊大醉，正要回宫之时，遇见来城隍庙为允贤祈福的紫苏，得知允贤因替人诊病而入狱。开庭再审时，徐夫人婢女突然不承认是徐夫人自己未说清病症，一口咬定允贤明知徐夫人全部病情还是开错了药方。还好有王夫人出面为允贤作证，说明徐夫人当日确实没有向允贤提及腹泻之事，可太医院村霞不但不说明实情，反而在公堂之上暗指允贤没有问清楚病人全部病症及之前用过什么药就随意开药方才让徐夫人白白丧命，允贤还是难逃被判有罪的命运。山穷水尽之时，王振突然出现在顺天府，言语中好像与允贤相识，并说自己吃了允贤的药几十年的老毛病都好了。村霞慑于王振的威望有所松口，说允贤不是大夫，“开错药”的事尚且算情有可原，徐侍郎亦不敢不给王振面子，改口称其夫人是死于自己胡乱吃药，与允贤无关，并为自己告错了人向允贤赔礼道歉。在王振的帮助下，允贤被当庭释放。可允贤一介闺阁小姐，怎么会和王振这个东厂头目扯上关系呢？杭纲也因此心存疑虑且大为懊恼，生怕朝廷中人因此而怀疑他与东厂来往密切。至于王夫人之所以出庭为允贤作证则是因为听了允贤的建议，认真找大夫换了方子吃药后，怀上了身孕，遂对允贤心存感激，为其出庭作证。村霞在公审之上是非不分恶意陷害允贤的事被其师父知道后，其师命他长跪反省——是要与其叔父程十三长袖善舞，还是继续跟随师父努力磨炼，踏实学医。太后得知王振公堂之上欺辱命官，责怪钱皇后对皇上劝谏失责。而受了王振的气颜面扫地的徐侍郎竟将怒气撒到了与允贤关系密切却又身份卑微的罗大娘身上，将其一顿乱棍打死，允贤到罗大娘坟前祭拜，认为自己真是天生不祥之人，当初因为自己受了小人教唆无意害了谭家，使祖父蒙冤，哥哥丧命，如今又因徐夫人的事牵连了罗大娘致其惨死，允贤悲痛不已。
祁钰为了与皇上取得联系，生出妙计——让汪美麟代他宫绦传信。允贤因为罗大娘惨死的事茶饭不思，终日将自己关在房间念经祈祷。皇上再次出宫希望见允贤一面，又从紫苏口中得知允贤因罗大娘惨死的事悲伤不已，因而为允贤打抱不平并大骂徐侍郎，紫苏联想到上次就是这位“郑公子”请动王振为允贤公堂之上说情，问郑齐是不是看上了她家小姐，郑齐虽嘲笑紫苏自作多情，却又不禁反问自己是否真的喜欢那个“臭丫头”。皇上得信后派人救出祁钰，祁钰不解为何上次他回京之时，皇上与太后尚且母慈子孝，如今却势同水火，皇上遂向祁钰道出，孙太后曾经为了夺子继而当上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后对他的养育之恩，原本打算息事宁人，等亲政后放她入冷宫养老，可如今太后竟欲夺权篡位，皇上再也无法视若无睹。撇开烦心事，皇上转而想到祁钰让汪美麟代他“宫绦传信”的事，误以为祁钰对汪美麟有情义，祁钰急忙否认，情急之下道出自己早有心上人。皇上追问祁钰的心上人是哪家“美女”，还要为祁钰做主促成姻缘，皇上并没有想到，祁钰的心上人正是他口中那个多管闲事的“臭丫头”。祁钰再次劝谏太后放弃扶立新君的念头，说此等夺权篡位的事终是难逃百姓史官的悠悠之口，也请太后念及皇上的一片孝心，认清王振等奸人的挑拨，太后亦决定重新考虑此事。静慈师太写信到杭家请允贤到永庆庵做客，可为何静慈师太的一封信就能让杭纲放女儿出家门呢？允贤只知静慈师太与皇室大有渊源，父亲当是对师太颇为敬畏。而静慈师太之所以请允贤前来，是想让允贤为庵中收留的难民们治病，可此时的允贤还未能走出自己“治死过人”以及间接牵连罗大娘惨死的阴影，崩溃痛哭。就在这时，郑齐又出现在永庆庵，对允贤一顿当头棒喝，才让允贤打开心结，重拾信心，为庵内难民医治伤病。次日，允贤为了此事向郑齐当面道谢，二人谈及朝政，允贤暗指当今皇上昏庸，郑齐遂将女子行医治病贬作青楼女子亦嫌弃的职业，一对冤家又不欢而散。
郑齐知道自己口不择言得罪了允贤，又不知道该怎样向允贤赔礼道歉，于是托静慈师太将一套银针转交给允贤，银针可以帮助允贤给庵内的病人治病，郑齐希望能借此让允贤心里舒畅些。允贤听静慈师太说起郑齐自幼失去生母，其母是一个同允贤一样懂得许多医术的女子，因此郑齐对允贤格外有一种亲近感，允贤顿时觉得他与郑齐都自幼丧母也算同病相怜。为了给郑齐回礼，允贤亲自做了桂花蜜送给郑齐，郑齐高兴不已。黄河发大水，二十四县受灾，灾情严重。因为发大水而流离失所的灾民来到永庆庵请求静慈师太收留，静慈师太将他们收留庵中，一部分灾民身体不适，允贤见他们的病症多为眼窝深陷，腹泻呕吐，秽物还如同水一样，初步诊断这些灾民是感染了霍乱。霍乱是大疫，静慈师太将情况传递给有关部门希望得到更加妥善的应对。太医院亦快速判断出流民中霍乱病症横行，并果断将大量流民集中到太医院进行诊治。京城百姓得知城中流民感染霍乱，都到药铺疯抢治泻肚子的药材。顺天府的人为了片面安抚城中百姓，竟下令关城门，阻止流民进入城中避难，允贤义父于东洋于大人极力阻挠，但亦无济于事，关键时刻，皇上赶到现场，当众杀死滥杀百姓的官兵，下令开城门迎接百姓，并命于东洋统筹治理黄河水灾。惠民药局的人到永庆庵帮忙，万宁见允贤给病人治病的法子有违寻常医理，遂与允贤辩论，辩论之余，万宁认出紫苏曾将他带到公堂之上使他遭受非议，而允贤虽然已做男儿打扮，亦惊惧万宁识出自己，幸好静慈师太及时出面打断二人的谈话，但事情并没有就此结束。
朝堂之上，几个小官“供认”黄河毁堤之事确是受太后指使，太后反驳，说皇上让几个鸡毛小官诬陷于她，于是皇上命人将范弘——这个太后最倚重的太监带上殿来，并将范弘认罪画押的供纸放到太后面前，太后无可辩驳，但范弘大喊自己是屈打成招，后气绝，死前喊冤，百官也心存疑虑，但仍有众多官员支持皇上。皇上通过“毁堤事件”几乎扳倒太后，拿回玉玺，到永庆庵向静慈师太“报喜”，并带来大量医治霍乱的药材，但静慈师太一眼就看出皇上此行还另有心思。郑齐正与允贤聊天，小厮前来报告其夫人得知他前往重疫区，心急如焚，催他回去，允贤因此而知道郑齐已经成婚。万宁对允贤怀有偏见，故意道出允贤的女子身份，灾民因此而误解允贤，不但不感激允贤的救命之恩，反而将她指作医婆，大加唾弃，不愿再让允贤医治，允贤百口莫辩。而这时来路不明的“朝鲜商人”（瓦剌人）却愿意让允贤医治，但惠民药局的人却针对允贤不肯给让允贤抓药，无奈之下，允贤就地取材制成偏方，竟真的治好了“朝鲜商人”。灾民知悉此事，又一窝蜂地去请允贤为他们诊病，允贤面对大起大落，不骄不躁，说惠民药局的大夫医术高明，也一定能治好大家的病，于是一半灾民又自动分流到惠民药局的大夫们那边去，这些大夫们也因此对允贤有所改观。允贤煎药时扇子着了火，差点烧到自己，万宁及时提醒允贤当心，并为自己曾经误解针对允贤道歉，还虚心向允贤讨教治病“偏方”，二人自此化干戈为玉帛。祁钰受皇上诏令运送粮食进京赈灾，并临时调整计划率先送粮食到永庆庵救急。听说永庆庵外有一位公子正在分发粮食，紫苏和允贤以为是郑齐又来输送物资，遂跑去看看热闹，到了之后，才发现原来这次来的是朱公子朱祁钰，祁钰见允贤戴着他送的珠花，心内欢喜。祁钰与允贤约定再见，并将自己的随身香包赠送给允贤。面对祁钰和郑齐两个人分别赠送的香包，允贤将郑齐送的香包收进了柜子，而将祁钰的香包拿在手中，少女情怀悸动着。
杭纲听说了“活观音”的事，担心允贤名誉受损，赶到永庆庵将允贤带回家中，不许她再出家门，允贤因上次顺天府公堂受审的的事情已经闺誉受损，这次在永庆庵医治霍乱，被灾民美誉为“活观音”的事又闹得沸沸扬扬，杭纲唯恐太后因此将目光放到允贤身上，继而察觉杭家的真实背景。允贤被父亲关进绣楼，不得出闺房半步，祁钰不得已“夜访”杭府，潜入允贤闺阁，祁钰并非苟且猥琐之辈，只因母亲吴太妃意外感染霍乱后连日治疗仍不见效，祁钰遂想“夜请”允贤到其家中为母亲诊病。返回时，二人同乘马车，第一次互诉衷肠。允贤回到家中，正巧被父亲发现彻夜外出，女子彻夜未归是有失名节的大事，杭纲一怒之下将允贤关入地牢，不给饭食。祁钰得知允贤因他而被父亲重罚，隐藏身份到杭府，向杭纲解释允贤昨晚是受王公公邀请进宫为贵人医治急症，杭纲这才将允贤放出地牢。杭纲见允贤缕出纰漏，担心允贤名节再受损，决心将允贤嫁出去。奶奶与允贤谈话，说允贤既受陌生男子邀请去其家中彻夜方归，那么该男子若是重情重义就应三媒六聘迎娶允贤，方可为允贤保住名节。放心不下允贤，来允贤家中探听情况的祁钰，在窗外听到奶奶对允贤说的一番话，遂向允贤示明心意，称同意奶奶的说法，愿意三书六聘娶允贤为妻，允贤若是同意，就将“红巾”挂到绣楼外让他看见。祁钰与祈镇商议，太后既有意扶他为新君，他便不好再与皇上过分亲近，当着外人最好刻意保持距离，假装不和，而实际上却相互帮衬。
皇上在朝堂之上主持重修大堤之事，并打算将监察使一职指派给王振，太后坚决反对，称王振现已身兼数职，若再担任监察使重任，难免分身乏术，顾此失彼，汪国公了解太后意图，举荐郕王朱祁钰担任监察使，而自认为与祁钰亲近的太后亦同意此提议，皇上假意反抗，赌气将杭纲封为四品将军。其实皇上正想给祁钰谋个好差事，太后此举只不过好让他顺手推舟。下朝后，程十三故意挑拨，说武官中参与抗灾的并非只有杭纲一人，但偏只有他一人升官，恐怕是得益于他那个被称为“活观音”的女儿，还说兴许皇上在永庆庵见了允贤一面就看上了她也不一定，杭纲羞愤不已，回到家更加坚决地要将允贤早日嫁出去，还请了媒婆给允贤说媒。几个小孩在允贤家门口唱起“活观音，救人命”的歌谣，紫苏知道老爷听了之后一定会更加生气，赶忙制止，后询问得知他们之所以唱此歌谣，是希望允贤听到后继续去治病救人。杭父竟气急败坏到想将允贤随意嫁出家门，允贤绝不愿意就此嫁与自己甚至都没有见过的人，将“红巾”挂到绣楼外，祁钰见到“红巾”以为允贤已经答应了他们之间的婚事，到杭家与允贤偷偷会面，允贤一时不敢袒露自己的心思，只说是受父亲四处请人做媒所逼，实在无可奈何，于是想与祁钰一起商量对策，祁钰则告诉允贤他早已私下将杭父请人说媒的事情摆平，允贤不必为此忧心。祁钰问允贤自己是否是她的无奈之选，允贤立即否认，并向祁钰坦诚她早在祁钰将自己从惊马上救下之时就已对他芳心暗许，如今之所以不敢草率答应祁钰的“求婚”，则是害怕祁钰受自己现在名声恶劣所累，更担心祁钰转而后悔，祁钰再次向允贤坚定地表明心意，两情相悦的两人就此私定终身。汪美麟私下拜访吴太妃，吴太妃本就因汪美麟是太后唯一的亲侄女，其父汪国公又是朝廷重臣而对她格外抱有好感，看出汪美麟对郕王的一片情谊，吴太妃便想促成祁钰和汪美麟之间的姻缘。汪美麟将允贤在永庆庵给病人治病，罔顾男女大防，并且遭受众人议论的事告诉吴太妃，吴太妃为此对允贤心生排斥。
与允贤的感情渐入佳境，郕王浑身上下都散发着甜蜜的恋爱气息，连英宗都看出了他的春风得意。只是此时朝局震荡不安，一切尚未尘埃落定。为了等待一个合适的时机，更为了给允贤一个安稳的未来，郕王婉言谢绝了皇兄的指婚。可是英宗给他的元宵灯节约会爱人的提议还是让郕王如获至宝，他立刻迫不及待地向允贤递出了邀约。收到心上人递上的信笺，允贤忍不住扬起了嘴角，心中暗暗期待着即将到来的甜蜜约会。新春夜宴之上，英宗与郕王刻意营造的不合之态轻轻松松便骗过了众人。这一举动更是恰好帮郕王解了太后突然赐婚的危局。已然撕破了脸面的英宗与太后毫无顾忌地相互嘲讽起来。可是姜到底还是老的辣，太后的一番言语狠狠地击中了英宗心中最大的痛点，无言以对的他愤然离场，将目瞪口呆的众人抛在了当场。这偌大的皇宫，偌大的京城，英宗却仿佛无处可去。不知不觉间，竟已是走到了杭府门口。允贤望着那个平日里飞扬跋扈的少年今日却无比孤独落寞的身影，不知为何心中竟是一痛，满心想的都是如何抚去那人眼中的寂寥。允贤搬出酒水吃食，静静陪在了英宗身旁。她可能不会想到，对英宗来说，这独属于他们二人的新春之夜将是他一生中最美的回忆。口中微凉的食物在他眼中却是比任何一道珍馐佳肴都要温热，都要美味的。在漫天飞雪之中，他们依偎相伴的身影映得两旁艳丽的梅花都仿佛失去了颜色。只是望着天空中斑斓绚丽的烟火，英宗不禁忆起了自己过世的母妃。这伤感的气氛让一旁的允贤也不禁湿了眼眶。她不忍看英宗沉浸于悲伤之中，绞尽脑汁地想要劝慰。最后，天性乐观的她用一番好人好报的理论成功逗笑了英宗，更让英宗对眼前这个可爱的小女子的情意加深了一分。郕王与允贤翘首以盼的元宵灯节终于到来。可是夜幕降临，郕王却被郡主一家缠住了脚步。难以推脱的盛情让郕王进退两难，心中对允贤的惦念更是将他折磨得坐立难安。终于寻了一个机会的郕王匆匆想要脱身，谁料执着的郡主汪美麟却巴巴地追了出来。 最终，难耐纠缠的郕王终于对郡主挑明了心思，将伤心欲绝的汪美麟抛在了当场，决绝离去。另一边，对此一无所知的允贤还在两人约定的地点苦苦等候着心上人的到来。然而，时间的缘分就是如此奇妙，虽然迟迟不见郕王的身影，与英宗的巧遇却也带给了允贤一个充满惊喜的元宵之夜。临别之时，英宗更是将两人猜灯谜赢来的玉镯强硬地戴在了允贤腕间。虽然心中早已对允贤情根深种，但爱面子的英宗还是不愿吐露一丝爱意，反而口是心非地让允贤不要自作多情。
与英宗暂时分别的允贤心中依然惦念着迟迟没有出现的郕王，而此时，郕王也正快马加鞭地向着她们的约定之地赶来。终于会面的二人都欣喜不已。 献宝一般拿出了自己精心准备的礼物，郕王如愿在爱人脸上看到了笑容。他轻轻将发簪插入允贤的发鬓，也仿佛把自己的一颗心交到了允贤手中。情意绵绵的一对爱侣完成了他们有些迟到的花灯之旅。站在斑斓的彩桥之上，执手相看的两人郑重地许下了一生的誓言——执子之手，与子偕老。可是他们不会想到，这温情脉脉的一幕竟被复而归来的英宗全然收入了眼底。望着远处心爱的女子与最亲的弟弟紧紧相偎的侧影，英宗的心也仿佛被这彻骨的寒夜冻结了。他竟不知该如何面对眼前的一切，自己平生第一次付出的真心成了一个天大的笑话，原来所有一切的甜蜜温情都只是自己自作多情的假象。此时他唯一所剩的也许就只有那份皇帝的尊严了，不愿丢掉这最后一份颜面的英宗拂袖而去。只是回到宫中，留给他的也依然只有无边的寂寞。无处诉说苦痛的英宗唯有借酒消愁。另一边，郡主的委屈也激怒了汪国公与太后。从吴太妃那里，他们终于得知了允贤与郕王的关系。心思阴沉的汪国公制止了太后的冲动，决定暗地里收拾杭氏一门。很快，杭纲便接到了紧急调往杭州的命令，尚未来得及通知郕王，一家人便被迫乘船离开。最后时刻，郕王终于一路追到了岸边，执着的他更是奋不顾身地跳上了船舷。亮出了身份的郕王立时将众人惊在了当场。而他的正式求娶也总算得到了杭纲的首肯，一家人皆大欢喜。安定下来的允贤与郕王终于得以互表心意。他们将自己最深的秘密坦露在了对方面前。
皇上向钱皇后讲述他与允贤之间的的相识经过，并因允贤“早逝”的事情伤心不已，钱皇后提醒皇上说不信徐侍郎一人就能如此周全地谋划追杀杭纲一家的事情，此事应当有人背后指使，皇上听了皇后的劝解，打起精神开始调查此事，并将嫌疑放到了汪国公身上，但又苦于缺乏证据而不能将汪国公定罪。祁钰因允贤的意外“身亡”卧病在床，汪美麟听说祁钰生病来祁钰府上探望，祁钰心知肚明，杭家的事定与汪美麟等人脱不了干系，于是让人赶她出去。吴太妃为了让祁钰喝药跪在祁钰床前磕头，祁钰只得将药喝了下去，但就算身上的病能用药医，心病却不是一碗药就能喝好的。允贤落水后随着水流漂到了淮阴，被南戏班从河上救起，花旦陈碧娘及戏班里的王道士对允贤悉心照料，为了给允贤看病，王道士当掉了允贤身上的细软，幸好还留下了那支祁钰送的“灵芝钗”。允贤自觉前途未卜，请王道士给自己算了一卦，卦象显示允贤家中的祸事皆因一个女子而起，并说此女日后还会有断子之痛，其亲人若要解祸当要远离此女，该女自己则须心智坚定才能自我解祸。允贤请求碧娘将她收留在戏班子里，碧娘见允贤身世可怜就一力应允了下来，并让允贤在戏班子里帮忙做些杂事。王道士几句话直戳允贤痛处，将允贤惹哭，碧娘则向允贤解释，王道士本就是要故意惹哭允贤，好让允贤开开食欲多吃些东西，不仅如此，碧娘还告诉允贤，上次在刘员外家，王道士之所以戏弄允贤将允贤弄成花脸，其实是为了防止允贤的花容月貌被那些风流好色的公子哥觊觎，不想允贤惹祸上身。听了碧娘的解释，允贤才明白王道士其实是个刀子嘴豆腐心的大好人，于是去向王道士道谢。允贤在戏班里做厨娘，却苦于厨艺不精，而平日里见王道士对于饮食颇有见解，遂请求王道士教她做菜，王道士看似不耐烦，却还是认真地授艺于允贤。
允贤跟着王道士学做菜，发现王道士擅做药膳，想让王道士教她，王道士不答应。程十三向太后禀报郕王祁钰因心爱之人谭允贤意外“身亡”而相思成疾，汪国公亦推测祁钰因杭家之事必定对他及太后怀恨在心，于是太后与汪国公均认为原本要扶立郕王为新君的计划恐难以实现了，便开始商量寻求新君“候补”——皇孙。可眼下英宗祈镇尚无子嗣，而皇上也近一个月未召幸任何嫔妃，于是太后竟示意御膳房在皇上的膳食里添加了滋补阳气的食物，太医刘安平在检查皇上的膳食时发现了这些非同寻常的食材并如实禀告给皇上。皇上气愤不已去找太后对质，二人争执间，皇上失手将太后攘倒在地，太后的后脑撞上了木榻受了伤，昏迷不醒。皇上虽因生母被太后害死而对太后恨之入骨，但现如今太后突然昏迷不醒，皇上却又念起太后对他的养育之恩，心中苦闷。王振到皇上面前进言，说如今太后昏迷正是一举除掉太后拿回皇权的大好时机，可皇上不但不想暗中了结太后性命，反而决定如若此番太后能够醒来，今后就不再想将她置于死地。王道士在外“卖符求财”，允贤心思耿直，悄悄劝大家不要相信王道士的“法术”，王道士知道后非常气恼，要将允贤赶出戏班子。允贤为了请求王道士原谅，在院子里跪着，王道士责问允贤何为——医者父母心。责问过后，王道士拂袖而去，允贤则在雨中跪了快一夜。天亮前，王道士打伞出去再次向允贤发问，并给允贤出了抓蛇拜师的难题，没有想到，允贤居然真的抓到了蛇，王道士不得不心服口服，收允贤为徒。允贤开始跟随王道士学医，并了解到其师父其实是常常借做法事给人治病，即“祝由术”，还渐渐知道给人治病要先治心，要跟病人之间建立信任和联系，即“信则医”。
郕王一病不起，此时太后面对的是一个即便废掉了英宗也无人可立的尴尬局面。老谋深算的汪国公想出了一个主意，那就是让太后在英宗的子嗣之上使一把力，到时便可效仿太皇太后，辅佐皇孙上位。对于汪国公的提议，太后深以为然，很快便行动了起来。一日，英宗的御膳恰好被前来诊脉的刘院判瞧见，他的一番忠才令英宗意识到，连日来自己都在进用太后刻意安排的壮阳发热之食。从粥中查出的催情药粉更是让英宗勃然大怒，即刻便抓住了下手的小太监前去太后宫中兴师问罪。争执之中，英宗的一个拂袖竟是无意之下将太后扫倒在地，流血昏迷。迟迟未能苏醒的太后令英宗自责不已。说到底，英宗还是一个善心未泯的少年，面对王震适时的趁乱挑拨，他没有丝毫动起杀念，反而决定待太后醒来，自己就不再执着于与她的弑母之仇。顾念旧情的英宗想要和解。此时的允贤并不知晓宫中的风云诡谲，但她的身上也在爆发着一场巨大的改变，以至于影响了她未来一生的命运。允贤误以为道长为前来求医的病患们开出的药方都是骗人的把戏，却没想到那些看似神神叨叨的治法都是充满了医经内涵的救人良方。读罢医书才恍然大悟的她跪在地上向道长认错，更真诚地求他收自己为徒。因为学医，允贤失去了太多重要的东西，这一切让她束手束脚再不敢行医施药。然而道长的一番质问终于惊醒了允贤，也让她明白，只有穷尽己力普济众生才是一名医者此生最重的使命，最好的归宿。大雨滂沱之中，跪在冰冷地面上的允贤做了深刻的反省，也终于从重重牢笼之中解放出了自己。信步而至的道长欣慰地看到了允贤眼中重新闪现的神采光芒，轻轻将伞遮在允贤头顶，这默默之举已是代表着他的接纳与承认。道长向允贤讲述了他所擅长的祝由之术。那些看似装神弄鬼的灵符神汤，绝不仅仅是愚人使诈的骗术，它们对目不识丁的普通百姓们来说更像是一剂心药。就如医经里所写的，信则医，对于混迹江湖的平民医者们来说，只有先让百姓相信，化解了他们心中的怀疑，再施以实药，才是最有效的医治之法。道长的一番真知灼见令允贤茅塞顿开，也为她开启了一扇通往更广阔世界的崭新大门。
身为女子的允贤相比于其他太医有了许多近身问诊的机会，这也使得允贤对于太后的病情可以作出更为准确详尽的判断。允贤利用自身优势做出的美味药膳令久在病中，成日里尽是食些苦涩汤药的太后食指大动，满意非常。而允贤作出的并无大病的诊断更是大合太后的心意。心情甚佳的太后毫不吝啬地赐下了不少封赏，而允贤也趁机用此顺利收买了太后身边的侍女玉香。温良孝顺的皇后始终陪侍在太后身旁，也见到了允贤为太后诊病的整个过程。对于这个年纪轻轻的女医，皇后并未抱有丝毫成见，反而很是欣赏她的另辟蹊径，更是对允贤给予了厚望。一心想要快点见到郕王的允贤总是想方设法地接近他所居住的北五所。然而宫女玉香却及时地制止了允贤的这种贸然之举，她告诉允贤，只有待她医治好了太后娘娘，她这有违宫规的愿望才有实现的可能。从与玉香的闲谈中允贤得知，太后娘娘虽然表面上脾气不好，实则却是个善良心软轻易不动杀念的人。利用这一点，允贤成功地把握住了太后的脾性，甚至插科打诨地逗笑了太后，将聆听训诫承受怒火的皇后娘娘解救了出来。虽然头痛有所缓解，但太后的眼疾适中未能痊愈。利用祝由之法，允贤将日日操心朝政不肯休息的太后劝得清修静养了三日，一番看似神鬼的施法，竟真的成功医好了太后的眼疾。允贤的稀奇治法被宫人们传得神乎其神，以程十三为首的太医们更将对她的祝由之术视为装神弄鬼，故弄玄虚。
皇上将允贤从御药房救出，允贤这才知道原来自己之前交的那个好朋友“郑齐”竟是当今皇上。皇上派人将允贤还活着的消息通知祁钰，祁钰得知心爱之人历劫生还，立即恢复了精神，健步如飞赶到殿上与允贤相见，二人重逢相拥。皇上早知二人两情相悦，于是召来祁钰的母亲吴太妃，打算给祁钰赐婚，吴太妃以为皇上是要给祁钰和安和君主汪美麟赐婚，喜出望外，连连答应，可见了允贤，吴太妃才明白过来原来皇上这是要给祁钰和允贤赐婚，坚决拒绝，称允贤曾上过公堂，有失清誉，且曾抛头露面给男人诊病，有违妇德，故宁愿抗旨也绝不让允贤成为自己的儿媳。吴太妃因赐婚的事情在殿上晕倒，允贤当即为吴太妃把脉发现太妃的身子并无大碍根本就是假装晕倒，但允贤并未戳破吴太妃的把戏。吴太妃回到住所，太医刘平安为其诊病亦觉得吴太妃身子并无什么毛病，可就在这时，太后却带着程十三来给吴太妃看病，吴太妃给程十三使眼色，程十三则支开众人借诊病之名，行给太妃出主意之实。太后斥责祁钰“见色忘孝，是为大耻”，祁钰因此而心生愧疚。祁钰听了太妃的贴身太监的建议，想让允贤改名换姓，以此掩饰允贤真实身份，改名换姓原是耻辱之事，可允贤为了不让祁钰为难，勉强答应，祁钰也向允贤保证以后再不会让允贤受一点委屈。允贤求见皇上，虽说了自己或将改名换姓的事情，却并非要为自己叫屈，而是借此说出杭家多年前的那桩旧案，并请求皇上彻查此事，找出真凶，为杭家平反冤情，恢复她谭家旧姓。祁钰带允贤正式拜见母亲，吴太妃表面答应重新看待允贤，见了允贤却又对允贤横加侮辱，说她清白有辱，不守妇德，还禁止允贤以后再研习医术，行医治病，允贤满腹委屈，忍无可忍，说太妃若是看不惯她习医行医，她也不会勉强嫁入郕王府，说完转身离去。祁钰埋怨允贤在母亲面前态度强硬，还表明虽同意允贤继续研习医术，但不愿意允贤以后再出去给人治病，允贤质问祁钰是否忘了当初在绣楼对她说过的话，许下的承诺——支持她的医学梦想。
伤心失望的允贤只能独自疗伤。她没有等来爱人的道歉安慰，反而等来了郕王的一番埋怨。郕王不懂允贤的坚持，更不明白医术对于允贤的重要。他心里所想的只是如何劝住母妃，渡过当下的危机，迎娶允贤入门。面对郕王的不理解，原本就一直在默默承受的允贤终于爆发了。委屈的女人和心烦意乱的男人碰撞在一起，只能制造更大的矛盾。宫女丁香适时地阻止了两人的争吵，只是矛盾虽然搁置，郕王与允贤心上都已有了深深的裂痕。没有了爱人的庇护与牵绊，留在皇宫之中对于允贤也失去了意义，她想到了出宫，只是英宗却不舍得放她离开。为了可以日日见到允贤，更为了助她实现梦想，英宗提议允贤以女医身份加入太医院。开始还有些胆怯犹豫的允贤在英宗的鼓励下终于坚定了信心，决定为自己的医者之梦放手一搏。而刘院判也同意了允贤的请求，只要她能通过考核，便可以进入太医院中拜自己为师，学习医术。此时的郕王对于允贤的决定尚且一无所知。可怜的他也正身陷爱情与孝道的两难选择。来自母亲与爱人的逼迫将他压得快要喘不过气。趁此时机，聪明的汪美麟用她的楚楚可怜之姿，成功地博取了郕王的同情，营造出了自己贤良大度的假象。乍然得知允贤之事，郕王实在不懂，她为何要在此时参加太医院的考核，为二人原本就困难重重的婚事雪上加霜。满腔怒火前来理论的他不仅没能见到允贤，反而被宫女丁香以一句“燕雀焉知鸿鹄之志”顶得哑口无言。另外一边，连日来苦学钻研的允贤顺利地通过了太医院的笔试考核，获得了一等的好评。可是阴险的程十三却不会就这样轻易放过了允贤。卑鄙狡猾的他伙同程村霞对允贤提出了一系列生涩难解的刁难问题。可让这两个卑鄙之徒做梦都不会想到，允贤不仅精通医术，更是个机智冷静的女子，他们准备的诸多难题都没能考倒允贤，反而令在场之人都看到了允贤的高超实力。为了逼允贤放弃，最后一道实症之题，程十三叔侄二人竟将针灸所用的铜人换成了真人男子。他们更是提出了位于两股之间的腰腧之穴，要求允贤施针。这令人尴尬的无理要求令在场的太医们都惊呆了，允贤一时陷入了两难。
允贤荣升司药女官 刁难考核允贤险胜程十三叔侄的下作手段确实难住了允贤，但在最后一刻，正直的刘院判还是为允贤站了出来。在所有太医面前，他郑重地将允贤收作了关门弟子。不论世人对女子持何等偏见，经此一番，刘院判都已经从心底承认了允贤的能力和品格，心甘情愿地想将衣钵传予这个坚强勤勉的小女医。有了刘院判的承认，允贤终于顺理成章地成为了一名宫中女医。英宗更是为她赐下了六品的司药之职，为允贤提供了一个名正言顺的理由留在宫中，实现她的行医之愿。面对英宗无微不至的关怀，允贤也并非没有察觉到他对自己的感情，宫中愈传愈盛的流言蜚语更是让允贤再也无法故意忽视。皇后娘娘待她一直亲如姐妹，她的宽厚照顾给了允贤在皇宫之中为数不多的温暖。也正因为如此，允贤更不想因为自己而影响了帝后的感情。为了表明心迹，允贤郑重地找到了皇后谈心，甚至不惜赌咒发誓，自己对英宗绝无男女之情。大度善良的皇后选择了相信允贤，在她的心中，英宗的幸福是比任何事情都要重要的。另一边的太医院中，程十三的挑拨令程村霞对师父生出了更大的不满。这对以小人之心度君子之腹的叔侄，心中更是认定了刘院判对允贤的认可是缘于他对皇上的讨好奉承。心中的肮脏令他们眼中看到的世界也是同样污秽不堪，为了赶走允贤，二人又是计上心来。
