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ハイスクール・フリート
生于大海，守护大海，去往大海—— 那就是“蓝色人鱼”！ 距今约100年前，由于板块运动，日本的大部分国土被水淹没而消失。 为了保全国土而接连建成的水上都市不知何时成为了海上都市，随着连结它们的航路增大，需要更多的人员来保护海洋安全。 由此，工作的女性进出海上、守护海洋安全的职业“蓝色人鱼”成为了女学生们憧憬的存在。 在这样的时代，幼时好友的岬明乃和知名萌香，和拥有“成为蓝色人鱼”这一目标的伙伴们一起，进入了横须贺的海洋高中学习。
日本许多国土由于被水淹没而消失。海上交通相较发达，守护海上安全的“蓝色人鱼”不知不觉成为了女学生们憧憬的职业。因为对“蓝色人鱼”的憧憬，入学海洋高中的岬明乃被任命为阳炎型航洋直接教育舰“晴风”的舰长。立刻出发进行初次海洋实习，但…。
在首次的海洋实习中，被污蔑成叛变的舰艇——晴风舰。为了证明自己的无辜，朝着横须贺返航。但在她们前面，一艘德国留学生的舰艇施“佩海军上将”出现了。
晴风，监听了海上安全委员会的广域通信。那个内容是，晴风做出了反叛行为，若有抵抗将允许将其击沉。在此之中，在匆忙地赶回学校的归途中，有什么在水中悄悄接近着晴风…。
为了避免与其他的军舰的接触，晴风急忙朝着横须贺前行。由于长时间的航海，日用品已经不够了，明乃等人计划外出去购物中心采购。
物料的补给和船舰的修理结束了，直到出港前晴风的船员们消遣着各自的时间。大家在集合的地方举办着明娜的欢迎会，但…。
虽然发现了武蔵号，但什么也做不了，就这样晴风从战线离开了。身为船长飞奔出去的明乃回到了舰上，在舰中原因不明的电波障碍事故发生了…。
炮雷科的成员入浴中，突然洗澡的水竟然停了。储水箱里的水看起来见底了，所以在等待补给舰期间，都做着节水措施。在此之中，天气突然发生了变化…。
在迷雾之中航行，晴风遭遇到了变得行踪不明的“比叡”。接受了从学校的指示，直到蓝色人鱼到达为止，需要追踪比叡，但……
晴风决定再次继续搜寻武藏，但是在那里却得到了身份不明的大型舰的目击情报。明确了目标是明娜乘坐的“施佩海军上将”，并前去拯救。
晴风与明石和间宫一起修补中。在此之中，麻仑知道她们穿越到了赤道，并说要举办祭典。
武藏号终于被发现了。晴风为了辅助蓝色人鱼的作战而航行中，但意外地发现离武藏最近。追上来的平贺队为了阻止武藏接近本土，展开了作战行动，但……。
接受了从战线中逃离出来的命令的晴风号成员们，得到了学校的作战行动的许可，试图阻止武藏前进。晴风对抗者强力的武器，但……
