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マクロスΔ（デルタ）
公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。 另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中，超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。
在行星艾尔·沙哈尔的港口打工中的少年疾风，与潜入集装箱偷渡过来的少女芙蕾雅相遇。据说她为了接受战术音乐组合“Walküre”的试音选拔，千里迢迢从故乡的行星飞过来。
多亏了Δ小队与Walküre的活跃，暴动被镇压。袭击艾尔·沙哈尔的谜之可变战斗机部队撤退了。下定新的决心的芙蕾雅，为了接受Walküre的最终试音，与疾风一同来到了拉格纳行星的会场，但——
反对疾风入队Δ小队的米拉吉，被任命为疾风的训练教官。但是，疾风对米拉吉所说的完全听不进去，在飞行技巧以外的训练时偷懒，自由随意地去追逐海猫。等得不耐烦的米拉吉——
芙蕾雅加入Walküre正式出道，决定在行星兰道尔举行疫苗演唱会。面临第一次的演唱会，芙蕾雅坐立不安。正式演出就要到来，“你是抱着什么想法去唱歌的？”被美云这样问的芙蕾雅——
靠传说中的“风之歌手”的力量，自由操纵Var感染者的空中骑士团的气势是压倒性的，瞬间将两颗行星攻陷了。然而芙蕾雅也被怀疑是否为敌人的间谍，不过她比任何时候都要坚强地打起精神。只是，这勉强的举动让谁也无法清除心中的疑惑——
在Var化被操纵的士兵们面前，凯厄斯和新统合军都被逐步压制着。在实战中不击中驾驶舱而净是击中敌机的机翼的疾风，被梅瑟严厉的指责道，“抱着那种甜美的想法会丧命的”。
疾风一行人Δ小队和Walküre，为了调查在温德米尔的占领下发生了什么事，尝试潜入行星博尔多进行调查。借住蕾娜的黑客穿过绝对防御网的监视网络，在降落之前看到的东西是——？
空中骑士团的身体能力太强，疾风和米拉吉完全敌不过。疾风想要保护芙蕾雅，但是却被敌人打得体无完肤。在芙蕾雅悲痛的呼喊下，博格等人搬出了温德米尔的大义。
知道梅瑟到现在为止一直与伴随着的恐怖战斗着，疾风和米拉吉无法掩饰困惑。知道秘密的人，两人的距离便自然而然地逐渐靠近着。芙蕾雅看到了那样的疾风和米拉吉的样子，开始心神不定起来。
正值拉格纳星一年一度热闹的水母祭。Δ小队和Walküre，也都忘了战争的紧张，享受这短暂的时光。据说在水母祭的夜晚，于水母之下，为爱发誓的恋人将永远在一起。
在白骑士吉斯的正确无比的攻击下，Δ小队受到的伤痕非常深，大家各自都无法掩饰受到的打击。那个时候，在温德米尔，通过艾普西隆财团的贝加的协助，普罗多文明的遗产阐明正稳步前进。
温德米尔发掘的普罗多文明的古代战舰“西居尔・瓦伦斯”复苏了。由于其力量十分巨大，新统合军的宇宙舰队瞬间沉默了。行星拉格纳也成为了其目标，于是凯厄斯从各支部集合军力对抗。
格拉米亚王亲自率领温德米尔的旗舰Sigur Valens，迫近行星拉格纳。追逐梦想而从乡下飞出来的芙蕾雅，被托付为Δ小队的副官的米拉洁，还有在飞行中开始感到生存意义的疾风，在保卫第二个故乡拉格纳的战争中，他们紧握着的东西是……
宇宙战舰发生了纷争。就这样下去，电力和氧气的供给即将结束。被卷进能源回路的爆炸，只剩下两人的疾风和米拉吉，赶赴发生问题的区块进行修理，但——
继承已故的格拉米亚的踪迹，海因茨·涅里希·温德米尔成为了新的王。温德米尔的历史，自古流传着“风之歌手”就任宝座，已经是约150年前的事情了。为了确立制风圏，取回温德米尔之空的现在，海因茨到底会想出什么——
後天就是芙蕾雅的15岁生日。为芙蕾雅鼓舞一下，在玛基娜的主意下，决定开一个惊喜派对。但是，疾风要选什么作生日礼物好呢，完全没有计划。看不下去的米拉洁只好跟他一同去买礼物，但……
“普罗多文明系统”，正是打乱温德米尔的制风圏的线索。但是，为了那个解析，潜入严格警备的有遗迹的行星，必须用Walküre的歌声来让系统启动。到底凯厄斯的秘策是……？
空中骑士团赶赴执行原始文化系统启动实验的防卫任务。尽管战略上必要，对不被明确揭露目的的实验，空中骑士团的卡西姆却抱有不祥的预感。在降落的地方，出现在他眼前的人是——
从凯厄斯本部派遣来的医疗队伍，把美云隔离到医疗船中，阿拉德等人没有办法。在那样的他们面前，某个人的身姿出现。被解明的“歌”之力，那不只是瓦尔症候群，还要追溯到遥远的时代——
疾风的感觉扩张，只要走错一步，就会有瓦尔化的可能性和邻加的危险。为了分析，开始进行芙蕾雅的歌和疾风的共鸣实验。另一方面，玛基娜和蕾娜担心一直被隔离的美云，两人想发起什么行动——
内田雄马
Hayate Immelman (voice)
铃木实里
Freyja Wion (voice)
濑户麻沙美
Mirage Farina Jenius (voice)
小清水亚美
Mikumo Guynemer (voice)
安野希世乃
Kaname Buccaneer (voice)
西田望见
Makina Nakajima (voice)
东山奈央
Reina Prowler (voice)
内山昂辉
Messer Ihlefeld (voice)
川田绅司
Chuck Mustang (voice)
森川智之
Arad Mölders (voice)
石冢运升
Ernest Johnson (voice)
石川界人
Roid Brehm (voice)
