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99.9 -刑事专业律师-
深山大翔是一个净是承接那些得不到报酬的刑事案件的贫穷律师。某天，他受到了无数次帮助委托人洗刷罪名、赢得无罪成果的日本四大法律事务所之一的“斑目法律事务所”的所长·斑目春彦的挖角。深山和律师助理·明石达也一起移籍到以社会贡献为名义新设立的斑目法律事务所的刑事事件专门组，但是理应结成搭档的室长佐田笃弘却是一个担任大企业的顾问律师、给公司带来巨额利益的民事案件的顶级律师。虽然从斑目那里得到了一年之后可以升为执行合伙人的条件，不情愿地接受了调动，但是佐田表现出了对于得不到报酬的刑事事件完全没有兴趣的样子。再者，队伍中的另外一个律师立花彩乃是一个受到斑目的命令，不情愿地加入了与此前所做的业务完全不同的刑事事件组的律师。
深山大翔是个一味接受赚不了钱的刑事案件的贫穷律师。某一天，他因为多次为委托人赢得无罪裁定的实绩，而被日本四大律师事务所之一斑目法律事务所的所长斑目春彦挖到自己旗下。杀人事件的辩护委托突如其来。委托人赤木义男是运输业的经营者，因为涉嫌杀害一家作为运输业的风云儿，使媒体大为活跃的网络商店的社长而被逮捕。但当事人却因为当时喝醉了酒，对事件当天发生的事完全没有记忆，只是否认自己与事件相关，正为自己辩白。但是，根据检察厅的调查，加上发现了附着其指纹的凶器、监控视频等证据，嫌疑人赤木被受害人一方中断了合约因而也拥有动机。赤木是犯人的条件似乎都具备了。检察官只起诉确实有罪的案件，因此日本的刑事案件如果被起诉，则99.9%都会被判有罪。检察官出身的佐田，认为应该让嫌疑人认罪、在表示反省的基础上探寻酌情从轻处罚的道路才是律师的工作，并以此催促深山。但是，深山认为“比起笔录，更重要的是事实。就算99.9%被确定有罪，也可能有0.1%的事实正在被掩埋”而毫不放弃。然后，在谨慎验证了事件情况了的深山的头脑中，浮现出了某种可能性。为了探寻这个可能性，必须借助佐田的力量。
深山成为了在推挤之中用刀杀害了与自己发生口角的人的嫌疑人山下的辩护律师。山下说自己是偶然顺路去了那间小酒馆，因为提醒一位因为喝醉酒而制造出大骚动的名为木内的男人而被对方带到了外面。在那里，木内火上心头而拿出了小刀，两人在争执之中，山下夺过了小刀并刺杀了对方。因此，山下主张自己是正当防卫。但是，深山却对山下的证言感到有违和感，于是开始了自己的搜查。而被他这样的搜查方法折腾的佐田、彩乃和其他刑事案件组的成员们。
当深山在用"My调味料"给藤野的便当一边调味一边品尝的时候，新的案件来了。这次的案件是，川口建设的金库中常备的1000万円非常用资金被盗的事件。经理果步被逮捕，想要帮助女儿的妈妈冴子对刑事专门组进行委托。因为被告人是女性，同时想展示自身实力的彩乃申请成为这次案件的负责人，并得到了佐田的允许。金库的密码，只有社长、专务和作为经理的果步知道。案件当天，社长和专务都在因为各自的工作外出。而且，在搜查家里的时候，在果步的包里发现了装有金库里的现金的信封，并在她家的壁橱中发现了1500万円的现金。尽管是这种状况下，果步仍然主张自己是无罪的。彩乃想要听果步的解释，与深山一起来到了拘留所，并说明自己是收到了冴子的委托来进行辩护，果步的脸色却变了。“我没有母亲，请允许我拒绝。”
深山所在的斑目律师事务所·刑事专门组迎来了新的委托。 太阳光发电相关的世界性的发明者菊池被以前工作上的伙伴井原宏子以猥亵罪起诉，因此委托辩护。菊池强烈地主张自己无罪，但是这次的事件，除了当事人的证言之外缺乏证据，要证明清白是很困难的。在这期间，菊池工作的武藤UDO光学研究所的社长鹈堂提出想要由公司准备和解金的提案。当下，菊池正在推进研究的专利技术即将完成，如果因为审判而延迟开发，就太不值了。高兴的菊池以不希望再继续为研究团队添麻烦为由，想要让和解成立。
深山成为了因为对三枝施暴而被逮捕的谷繁的辩护律师。为了了解事件发生时的情况，深山与彩乃一起去了接见，这期间，谷繁嘟囔着“是那家伙杀的……”并倒下了，突然变成了意识不明并生命垂危的状态。没办法从嫌疑人那里了解情况的深山和彩乃，从目击者那里得到了“（谷繁）一边喊着‘是你杀的啊！’一边殴打”的证言。受害者三枝主张自己与谷繁素未谋面却被对方袭击了。得不到满意的证言，深山与彩乃便去拜访了谷繁的妹妹。另一方面，不起诉的判决增加了的检察官丸川受到了检察官大友的忠告。并受到了指示要对过去的案件提出再审请求，让他将相关的资料看一边。而在这些资料里，出现了某个名字。
深山认为，十八年前自杀的谷繁的父亲，其实不是自杀，而是被三枝杀害的可能性很高。彩乃等刑事案件组成员一起进行调查，由此累积得到的结果，好不容易得到了某个事实，深山拿着确切的证据向三枝追问。但是三枝在18年前的那一天，对同一天发生的“杉并区资产家小姐被害事件”做出了“目击了犯人”的证言。同时，因为三枝的重要的目击证言，使得犯人被逮捕，并被确定有罪。 也就是说，三枝拥有了“在谷繁的父亲被杀害的时间，在另一起案件发生地的附近，因此是不可能杀害谷繁的父亲的”这样的不在场证明。深山考虑到三枝可能是为了制造不在场证明，而作出了虚假的目击证言，因此向当时为这份目击证言做笔录的检察官，也就是佐田进行严厉的追问。只有佐田知道的，“18年前的真相”究竟是——同时，深山和彩乃，前往了18年前三枝作证目击了犯人的现场。然后在经过了18年，本应什么都没有留下的现场，发现了令人意想不到的解决事件的线索。
大型游戏会社的社长，被他的儿子、同时也是副社长的河村英树杀害了。但是被逮捕的却是，同公司的常务董事西冈彻。深山、佐田、志贺成为了嫌疑人西冈的辩护人，向他询问当时的情况，西冈却说“没有去见过他”。另一方面，彩乃向西冈的女儿询问，西冈当时跟她一起在家，主张他拥有不在场证明。但是，存在着决定性的证据——“从作为凶器的花瓶上检出了西冈的指纹”，将西冈向有罪的方向穷追不舍。
突然，斑目法律事务所里多位警察造访，对深山以杀人的嫌疑逮捕了。佐田和彩乃还没来得及惊讶，就前往拘留所接见深山，但是深山却完全不正经跟他们讲话。根据警方的调查，深山与名为铃木的男人在饭店见面。铃木在吃了深山用自制调味料进行过调味的料理后，痛苦地倒下，在送院后不就就死去了。而在深山家里被押收的个人电脑里，发现了毒品的购买记录。面对似乎难以动摇的证据，深山在拘留所里开始寻找“真相”。
深山受到佐田的指示，跟彩乃一起前往山城铁道的会长家里拜访。而出现在那里的是被杀害的会长的遗体，以及围绕着遗体的家人们。在询问情况的时候，三男的妻子臯月自己供认了罪状。说自己竭尽全力地照顾患有脑梗塞的公公，但总是过着得不到公公的满意、被责骂的日子，最终忍受不了实行了犯罪。同时在案件当时一起在家里的家人们都供述承认臯月的罪行，认为这是一起能够马上解决的案件。然而，深山感受到了一些违和感。在深挖了众人的证言后，感觉到简直就是“勉强使证言前后一致”的样子。
深山成为了被作为连续杀人案件的嫌疑人逮捕的石川的辩护律师。石川是因为在杀人现场留下了毛发和血迹而被逮捕，在调查过程中他承认了犯罪事实。但是，他坦言自己是受到检察官丸川夜以继日调查询问，在意识模糊的状态下才会在调查书上签名的。在这样的状况下，深山和佐田、彩乃一起展开了调查，但在看到了周刊杂志上的某篇报道后，他再次在众人面前消失了。深山和检察官之间的最终决战，现在开始了。同时，终于跟天敌·大友检察官正面对峙，一切谜题都将揭晓。
