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飞跃巅峰!
21世纪人类开始具备了探索和开发宇宙空间的能力，但是受到通称宇宙怪兽（STMC/Space Terrible Monster Crowd）——一种以恒星作载体繁殖的生物来袭，使人类文明受到重大威胁。为了对抗宇宙怪兽消除威胁，人类开发了机甲兵器中被称为最强型决战兵器的Buster机组（Buster Machine）“GunBuster”（钢巴斯塔）。
高屋法子的父亲是和宇宙怪兽作第一次接触而战死的Luxion舰舰长。为了继承父亲防卫宇宙的工作，进入帝国宇宙军付属冲绳女子宇宙高等学校。一天学校来了一位新教练；太田浩一郎。他选了天野和美和高屋法子两位驾驶员代表日本加入对付宇宙怪兽Top部队。但是法子自己也不知道她的技术能否胜任。
天野和美，高屋法子和教练乘坐飞机到了宇宙要塞。TOP部队中来自苏联的天才驾驶员优古立即挑战天野和美。另一方面，宇宙要塞发现了有不明物体以亚光速速度向太阳系飞来，教练派了天野和美和高屋法子调查，郤发现那不明物体是高屋法子父指挥的Luxion。高屋法子不顾安危进入Luxion找寻父亲，教练虽将她找了回来，却因为在接近光速环境下有时间差距，因此他们来回出发虽然只用了一小时，但地球却渡过了六个月。而对宇宙怪兽的第四世代型宇宙战舰Exelion也完成。
完成的Exelion和Top部队向宇宙进发。在Exelion上高屋法子认识了她首位男朋友史密斯。另一方面，Exelion在V64区和宇宙怪兽作战。
因为史密斯之死，法子努力练习。当Exelion舰队快要回到地球之际，郤受到宇宙怪兽攻击。
在人类建造第五世代型宇宙战舰Eltreum作逃离地球之用的时候，宇宙怪兽主动向太阳系进攻。同一时间，教练染上了宇宙放射线病。天野和美希望对教练表白，但随着太阳系绝对防卫线作战一分一秒过去，教练的也一分一秒接近死亡。
太阳系绝对防卫线作战后十五年后，教练已经去世，人类由放弃地球改为对宇宙怪兽作主动反攻。
