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杨过（陈晓 饰）是杨康之子，于偶然之中被郭靖（郑国霖 饰）和黄蓉（杨明娜 饰）夫妇收留，然而杨过虽有极高的武学天赋却生性顽劣四处招惹是非闯下大祸，郭靖夫妇无奈之下将他送往全真教，希望师傅能够好好调教。无法忍受苛刻森严的教规和苦不堪言的日子，杨过决定逃跑，却在误打误撞之中闯入了禁地古墓之中，在那里邂逅了恍若天人的小龙女（陈妍希 饰），就这样，杨过成为了小龙女的徒弟，修习古墓派武功，随着时间的推移，杨过和小龙女之间渐渐产生了超越于师徒之上的感情。李莫愁（张馨予 饰）的闯入使杨过和小龙女被卷入了剪不断理还乱的江湖纷争之中，他们所要面对的，不仅是明争暗斗腥风血雨，还有漫长的十六年的别离。
古墓派祖师婆婆林朝英心爱之人王重阳离开了她，林朝英雪中独舞，瞬间白发，割腕自尽。古墓派现任掌门警告李莫愁和小龙女一生留在古墓，这样才能断绝情欲。 李莫愁借机闭关希望能够偷偷逃离古墓去看看外面的世界，小龙女答应帮李莫愁保密。李莫愁借暗道离开了古墓，小龙女留守。 李莫愁对外面的繁华热闹兴奋不已，正好碰上有人比武卖艺，李莫愁识破了卖艺人的伎俩，当面斥责他们骗人。卖艺人眼见生意砸了，和李莫愁大打出手，但这些人根本就不是李莫愁的对手，李莫愁三下五除二就解决了他们。
李莫愁将何沅君抓回来陪陆展元练剑，陆展元劝何沅君离开，何沅君担心陆展元的安全。何沅君劝陆展元一同离开，但是陆展元不愿意，最后何沅君想到一计可使。李莫愁从外面回来，何沅君假装绑架陆展元，李莫愁担心陆展元的安全，便答应了何沅君的要求。 陆展元和何沅君出逃，陆展元决定要娶何沅君。李莫愁追到两人，要杀何沅君。正在李莫愁出手准备杀了何沅君之际，陆展元一箭射向李莫愁。陆展元当着李莫愁的面表白何沅君，李莫愁怒火攻心，准备杀了何沅君，这时候武三通赶到，和李莫愁大打出手。武三通得知何沅君和陆展元已经私定终身时，便要杀了陆展元。
傻姑出现，陆展元与其大打出手。此时武三娘赶到，傻姑眼见不妙，便赶紧离开。武三娘来到陆家庄，提到最近武三通骗自己打开了他的脚镣，此后武三通便离开要去找寻何沅君。何沅君告知最近武三通并没有来过陆家庄，武三娘劝陆展元一家尽早离开陆家庄。 正在陆展元一家逃亡的路上，李莫愁出现挡住了去路。李莫愁向陆展元诉衷肠，在一旁的武三娘和李莫愁打了起来，但武三娘根本不是李莫愁的对手。最后李莫愁抓住何沅君威胁陆展元，但是陆展元并不愿意和李莫愁离开。
杨过眼见欧阳锋受伤，便将欧阳锋藏了起来。杨过为了保护欧阳锋，将郭靖和黄蓉引走。 郭靖认出杨过就是杨康的儿子，但是杨过立马就跳水逃走了。 当初杨康和郭靖结拜为义兄弟，但是杨康投靠金人和郭靖反目为仇。在郭靖和黄蓉的追杀下，杨康过世，最后穆念慈带着儿子杨过离开。 郭靖担心杨过的安全，便劝说黄蓉将杨过带回桃花岛，黄蓉答应。程英想要逃离飘香院，被黄药师所搭救。程英想要拜黄药师为徒，将来为陆展元何沅君报仇，黄药师答应收程英为徒。
杨过看到欧阳锋也在船上，便赶紧带欧阳锋到房间。杨过询问欧阳锋为何在船上，欧阳锋直言自己一直在寻找杨过，欧阳锋帮杨过排毒。杨过设计陷害郭芙，郭芙被郭靖责骂。黄蓉察觉到杨过身体异样，便有所警惕。 杨过按照约定和欧阳锋夜间会面，黄蓉跟踪杨过。杨过察觉到被黄蓉跟踪，正在黄蓉准备带走杨过时，欧阳锋赶到。黄蓉和郭靖跟欧阳锋大打出手，杨过见机故意放走了欧阳锋。柯镇恶觉得杨过日后肯定会跟杨康一样，杨过听了心里难受。
正在甄志丙见到小龙女之际，李莫愁点了小龙女的穴道，逼迫小龙女将玉女心经交出。小龙女借甄志丙放出玉蜂，李莫愁只得离开。 李莫愁败走，心情郁闷，想要出手杀了陆无双，陆无双献计可以拿到玉女心经。陆无双建议对外宣称古墓有珠宝美人，这样自可吸引人前往古墓。蒙古王子要来终南山向小龙女求亲，掌教安排志敬守山。 杨过和郭靖来到终南山全真教，郭靖受了杨过的刺激，出手毁了全真教门口的石碑，全真教弟子看见，便出手和郭靖打了起来。
丘处机将郭靖领到古墓外，对他讲起王重阳和林朝英的往事。当日王重阳因为抗金失利而不愿意接受林朝英的真情，林朝英只得和他拔剑相向。两人比试刻字，王重阳主动认输，将古墓让给了林朝英，自己则在外建了重阳宫。 丘处机讲起小龙女和李莫愁习得了林朝英的武功，今日蒙古人就是来向小龙女求亲的。 志敬给霍都领路，霍都王子前往古墓，留下志敬一人在树林。 杨过和志敬两人在树林间追逐，碰到了前来的丘处机和郭靖。 丘处机询问蒙古人是够已经找到了古墓，杨过声称看见了。丘处机决定带着郭靖前去古墓保护小龙女，没想到蒙古人一行被玉蜂蛰得逃跑。
小龙女答应照顾杨过，孙婆婆去世。 丘处机为此自责不已，小龙女出手替孙婆婆报仇。小龙女将杨过带回古墓，杨过为孙婆婆的死伤心不已。 小龙女和杨过将孙婆婆下葬后，小龙女让杨过一人独处。杨过在古墓里四处晃荡，看到古墓里的金银财宝爱不释手，不小心掉到了古墓的陷阱里。小龙女惩罚杨过，将他关在笼子里反省。 小龙女前来释放杨过，杨过想要离开古墓，小龙女百般阻拦。在杨过离开古墓后，竟然在古墓外碰到了黑豹。正在杨过命悬一线之际，小龙女赶到救了他。 小龙女受伤，杨过心疼不已。眼见小龙女对自己这般好，杨过立马抱住她，但是却被小龙女推开。小龙女告知杨过进了古墓就要一生一世留在古墓，杨过答应。杨过拜小龙女为师，并决定日后叫小龙女为姑姑。
杨过想要继续精进武功，小龙女便将他带进之前王重阳练功的石室。小龙女提到玉女心经需要两人合全真教之力才能练成，杨过将之前在赵志敬处习得的全真剑法口诀传给小龙女。后来两人齐心合力，一起习得了全真剑法。 但是练习玉女心经需要两人赤身相对，杨过便将小龙女拉到后山练功。 赵志敬陷害甄志丙，将他推到正在练功紧要关头的小龙女身边。小龙女元气大伤，杨过要杀了甄志丙。小龙女放过了甄志丙，杨过赶紧将小龙女抱回古墓疗伤。 小龙女轻生，想要杀了杨过。杨过为了救小龙女，急忙去古墓外找草药。傻姑为了瞒着李莫愁成亲，便假装自杀。李莫愁识破了傻姑的伎俩，带着傻姑一起回赤霞庄。
杨过和小龙女离开了古墓，在古墓外面过上了二人世界。杨过和小龙女两人练成了玉女心经，杨过想要带小龙女下山，但是小龙女想要回到古墓继续修炼武功。 杨过练成了王重阳的九阴真经，还意外发现了林朝英给王重阳的刺绣和王重阳写给她的亲笔信。王重阳为了心中的抗金热血，当初不得不拒绝林朝英的爱意。 后来王重阳为了为了见到林朝英，便借比武之名为借口。最后王重阳向林朝英道歉，但是林朝英已经不在人世了。 杨过和小龙女两人一同修炼武功。杨过将小龙女带到山下，从来没有出过古墓的小龙女对外面的一切都感到陌生。杨过给小龙女挑衣服和饰品，但是小龙女并不喜欢。
甄志丙回到全真教，赵志敬抓住他去j院的把柄，押住了甄志丙。甄志丙被带回终南山关了起来，甄志丙想起和小龙女今天要下棋的约定，便想要赶紧逃出去见小龙女，他的徒弟再三阻拦，他还是跑了出去。 杨过和小龙女在山上亲亲我我，这一切被甄志丙看在眼里，甄志丙便知难而退。正好碰到前来捉拿甄志丙的赵志敬，赵志敬斥责甄志丙畏罪潜逃，要杀了他，此时欧阳锋突然出现击退了赵志敬。有人来告丘处机已经仙游，一心想着掌教位置的赵志敬立马赶回全真教。
杨过和陆无双来到了江南，住在客栈里，俩人假装是夫妻。全真教道士来追杀陆无双，杨过和陆无双整了他们一顿。李莫愁追来要《五毒密传》，杨过和陆无双设法躲过了李莫愁的追杀。 为了继续躲避李莫愁的追杀，杨过和陆无双躲到了耶律府。耶律楚材收留了两人，杨过发现有人刺杀耶律楚材，原来此人是完颜萍。完颜萍为了报杀父之仇，耶律齐赶紧替父亲阻止了完颜萍。 完颜萍已经多次刺杀耶律楚材，但是最后都未得手。耶律齐提到日后完颜萍可以找自己报仇，完颜萍答应之后离开。 杨过料到完颜萍会自杀，便立马前去劝慰，并告知了完颜萍可以一招制胜耶律齐。
杨过在华山之巅偶遇洪七公，洪七公请他吃蜈蚣，杨过不敢吃。杨过终于鼓起勇气吃了蜈蚣，杨过询问洪七公来华山的原因，洪七公直言是在等一个女人。 洪七公准备打坐，杨过在一旁深感洪七公内力的深厚，此时有一个女人来到华山，她接近洪七公，此人便是意浓。她声称要找洪七公报仇，杨过在一旁担心洪七公安全，便将洪七公救走。意浓跟随杨过，威胁杨过将洪七公交给她。 杨过询问意浓究竟和洪七公有什么恩怨。意浓讲起和洪七公相识的过程，两人在小镇上萍水相逢，相识相爱。洪七公救了该女子，但是因为误会，最后两人分别。洪七公后来找到该女子并将她带入丐帮，并力排众议将她留在了丐帮。洪七公后来意识到意浓别有打算，意浓直言要离开丐帮，洪七公无奈送她离开。
原来意浓并没有死，掉下悬崖之后欧阳峰救了她。洪七公在悬崖之上寻找意浓，欧阳锋得知有人寻仇意浓，便去崖上看到底是谁。洪七公和欧阳峰大打出手，杨过在一旁观战。 杨过劝架，前去相认欧阳峰。后来洪七公离开,杨过困住欧阳峰。洪七公担心意浓的安危，杨过烤东西给两人吃。杨过在欧阳峰面前讲洪七公好话，欧阳峰气愤至极，两人几乎动手，好在杨过极力相劝。 杨过一觉醒来，两人又打了起来。杨过请求洪七公放过欧阳峰，但是转眼之间两人又打了起来。两人功力不相上下，不分胜负。
欧阳峰在阿雪去世后就伤心欲绝离开了白驼庄，独自一人浪迹天涯。欧阳峰告诉杨过一定要守住自己的心爱之人之后就去世了，杨过埋葬了先后去世的三人。 杨过眼见三人相继去世，心里感慨不已。杨过下了华山，看见集市上热闹不已，有人告知原来是郭靖和黄蓉在此召开英雄大会。杨过知道后便决定前去观看，他先将自己打扮成乞丐混入丐帮。 黄蓉和郭靖出现，杨过与她们相认。黄蓉将杨过带到全真教面前。赵志敬在黄蓉郭靖面前控诉杨过，杨过直言是赵志敬对不起自己在先。
武三通不敌达尔巴，蒙古人三局两胜，要求由金轮法王担当武林盟主。此时杨过和小龙女突然出现，建议重新开始比武。 杨过从黄蓉手中接过打狗棒和霍都比试，霍都胸有成竹，殊不知杨过从洪七公手中习得打狗棒法。霍都不是杨过的对手，中了杨过的暗器。达尔巴出手，但也不是杨过的对手。 此时金轮法王出手要和小龙女比试，郭靖和黄蓉担心小龙女的安危。没想到小龙女武力高强，战胜了金轮法王。最后金轮法王认输，离开了英雄大会。
杨过和小龙女联手使用玉女剑法打败了金轮法王，杨过想要和小龙女一同离开，但是黄蓉劝两人先在客栈休息。 黄蓉和小龙女单独谈话，并询问她以后的打算，小龙女直言打算以后一直住在古墓。黄蓉挑拨两人的关系，但是看到杨过和小龙女两人相敬如宾，心生尊敬。小龙女问杨过是否真心愿意和自己一同回到古墓，杨过的回答模棱两可。 小龙女担心杨过并不能够和自己长相厮守，便独自离开了客栈。杨过早上醒来发现小龙女已经离开，急着要找到她。
李莫愁出现，逼迫陆无双交出五毒密传。杨过将五毒密传交给李莫愁，但是她执意要带走陆无双。杨过解释三人要共同进退，正在李莫愁准备杀了这三人时，没想到黄药师出现。黄药师决定要替天行道，但是李莫愁狡辩他们是以多欺少。最后黄药师放走了李莫愁。 程英询问黄药师出山的原因，他提及自己原是准备和金轮法王决战的，但是途中遇到李莫愁。黄药师诊断杨过伤势严重，便立马替他疗伤。 杨过醒来，谢过黄药师。黄药师询问杨过和小龙女的私情，杨过直言自己并不在乎世人的眼光。黄药师和杨过一见如故，畅聊人生。
梅超风和全真教打斗，此时黄老邪和欧阳锋赶到。欧阳锋称黄药师和全真教打斗之时，准备从背后偷袭他，谁知道梅超风替黄药师挡了一掌，她身受重伤去世。黄药师为此后悔不已，悲痛欲绝。 杨过和傻姑玩耍，把傻姑吓得不轻，好在杨过设法逗她开心。杨过趁和傻姑玩游戏套出了关于杨康的过往，知道了他爹是被人一掌打死后，杨过对此人恨之入骨。此时李莫愁来信宣战黄药师弟子，奚落黄药师以多敌少，可惜黄药师得力弟子都不在身边。
杨过从傻姑口中得知原来黄蓉和郭靖是自己的杀父仇人，气愤不已之后出走。程英立马前去寻找，杨过回想起自己和黄蓉夫妇的过往更加悲愤交加。 程英找到杨过，并劝他不要意气用事，免得日后后悔莫及。杨过觉得程英对自己真好，感动不已，一把抱住了程英。但是杨过为了报仇，终选择离开程英和陆无双。 集市上有人在表演变戏法，周伯通看中了她的戏法，想要她教授予自己。但是此女子直言只能够传授给自己的相公。
