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亚特兰大事件后，核心圈便对变种人们的抵触更加强烈。以往谈好的和平共存，无论在底层变种人、军队之间，还是高层会议中，也不复存在。现在地狱火俱乐部的负责人瑞瓦，在之前的亚特兰大事件发生后，在会议中与核心圈的成员们决裂。她坚持招募北极星洛娜、安迪等人，却遭到高层们的拒绝。
三年前，约翰被人发现了变种人身份后，便失去了海军陆战队的军人身份，只能靠着在黑市打拳为生。拳赛一场接一场，约翰在赛事的间隙歇息时，一位优雅的女士找上了他。这是一位律师，也是一位变种人，叫伊凡洁琳。自此之后，约翰便受到伊凡洁琳的帮助，加入了变种人地下组织。
马可斯回想起自己父亲临终前的事，让他觉得既抱憾又悲哀。他的父亲患了癌症，临终前，都不愿接受马可斯的资助，因为他不愿用马可斯帮黑帮贩毒赚回来的脏钱。但马可斯却为自己的生涯感到自豪，因为他今时今日，都是因为父亲对他的抛弃所做成的。他的父亲嘴里把上帝、仁爱放在嘴边，但心底里却嫌弃着自己的变种人儿子。
马可斯去过核心圈后，发觉洛娜和安迪已经对瑞瓦归心了，而且瑞瓦最近的资金、技术动向，让地下组织的大伙儿很在意。他们不想坐以待毙，决定先发制人，先想办法找个突破口，阻止瑞瓦一行人的活动。
12年前，杰西刚加入哨兵特勤处，和一个前辈在巡逻。当时的他，一副毕恭毕敬的样子，跟着前辈在街上寻找目标。前辈远远地看见了一个模样有点怪的男孩，便二话不说断定了他就是变种人。最终，这个男孩什么事都没做，就被带走了。杰西回想起自己的工作、生活，仿佛处处都被变种人影响着。自己的女儿被殃及牺牲了，哪怕这并不是变种人一方的错，而是人类和变种人之间互相不理解，互相矛盾造成的混乱，杰西也把错怪到变种人的头上。
洛娜正在和女儿享受天伦之乐，却被一阵敲门声打扰。安迪找洛娜，一起去训练，说埃斯梅三姐妹在催了。洛娜对此十分不爽，她发现最近的训练十分频繁，让她都没有办法和女儿好好待上一阵子。在安迪的劝说下，洛娜还是妥协了，和他一起去了训练场。然而，洛娜的怒火都在训练中发泄着，随后她质问埃斯梅姐妹，最近训练为何这么频繁，瑞瓦最近为何不见踪影，到底她们在盘算着什么。
曾经，瑞瓦也是一位希望和人类和平共处的变种人，直到她失去了好友兼挚爱本妮。当年，本妮作为反对人类的变种人，经常在集会时说出一些激进的言语，时不时和瑞瓦引起争执。一天，两人在路上争执时，巧遇一些普通人的激进份子。在面对他们的恶言相向，甚至动粗时，瑞瓦依旧想制止本妮对他们施展异能。没想到，瑞瓦想要留手，这些激进的普通人却没这个打算。最终，本妮在瑞瓦面前被枪杀，从此，也改变了瑞瓦对这个世界的态度。
异能失控的里德，在妻女的陪同下，找到他父亲奥托旧时的搭档——玛德琳·加贝尔教授求助。玛德琳一眼便认出了里德，她立即把被困于前台的里德带回自己办公室，了解完详情后，便开始斟酌对策。
丽贝卡原以为能离开瑞瓦所在核心圈，走不一样的道路，可惜瑞瓦的爪牙和遍布各处，情报甚广，丽贝卡没逃够一天，便被抓了回去。瑞瓦把她关在特制的一个黑色密室中，但丽贝卡在里头伸手不见五指，不知道自己身在何处，只得不段奔跑叫喊，异能也无法施展开来。安迪在外头看着，心里甚是心痛，可惜瑞瓦冷冰冰地拒绝了安迪的求情，其他人也别无他法。
约翰在抵抗肃清者的突袭中，为了掩护马可他们，独自留下来殿后，从而成为了特纳和一众肃清者们的俘虏。 数年前，那会儿洛娜和马可刚在一起，约翰和两人也因为志同道合而走到一块儿，一起共商建立地下基地的大计。那会儿，他们就彼此约定好，大家要同甘共苦，一方有难，定必出手支援。
瑞瓦从变种人监狱中，放走了一大批的变种人，其中，不乏一些暴力残忍的恐怖分子。里德和马可等人担心这些坏心眼的变种人被流放出来后，会带来十分严重的后果，果然，他们的担心被应验了。
洛娜和马可斯跟踪瑞瓦，发现她和肃清者组织的首领之一、著名新闻记者本尼迪·瑞恩竟然在深夜见面，两人还似乎交易了什么不得了的文件。洛娜和马可斯十分震惊。核心圈和肃清者都是属于十分极端的组织，跟处于中立位置、支持反战的地下基地同伴们不一样。但这两个极端组织的首领，竟然有着肮脏的交易，洛娜突然觉得自己有点愚蠢，一直被瑞瓦的花言巧语蒙骗了。
莫洛克人在之前的抵抗中，被肃清者打得伤亡惨重。克拉丽丝眼见同伴就快失血过多而死，而他们的地底组织也没有人懂医术，于是向尔格提议让她联系基地的人，把凯特琳带到这里，为同伴治疗。但尔格以前被普通人类欺骗多次，再也不愿相信人类，于是驳回了克拉丽丝的请求。然而，在同伴们的再三请求下，尔格假若再坚持下去，他们便会失去一个同伴，尔格无可奈何，同意了克拉丽丝的做法。
如今在人类组织中呼风唤雨的瑞恩，在四年前还是一个地方网络电台的小主持。他的投资多次失利，声名也每况愈下。就在这时，瑞瓦来到他身边，与瑞恩谈合作。瑞恩本想着不愿跟变种人合作，但他是个生意人，面对名利双收的诱惑，瑞恩只意思意思地考虑了一下，便答应了瑞瓦。
凯特琳和劳拉的行踪被发现后，便在路上亡命奔跑着。母女俩躲进了一栋废弃大楼里暂时避开警方的线眼。劳拉想了很多，终于忍不住开口问母亲，她是不是计算好了莫洛克人会被肃清者追捕的时间，才让她们母女俩从另一边逃脱。面对劳拉的侧面，凯特琳没有正面回答。她知道自己很自私，但她的自私也是为了能护女儿周全，对于劳拉的不理解，她也认了。
安迪和洛娜一起，敲开了马可斯他们暂住的家门。洛娜和马可斯冰释前嫌，安迪也和家人团聚。现在正是合家欢聚的时刻，可惜社会形势没有时间让他们好好依偎寒暄。瑞瓦的野心越来越大，当务之急，是要铲除核心圈的势力，不让瑞瓦和瑞恩再胡作非为。
