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新城仁和医院，护士张淑梅被质疑用错药导致病人死亡被迫离开岗位，4岁女儿被人贩拐，张淑梅精神恍惚两年后被车祸夺去生命。美籍华裔外科专家庄恕为追查30年前母亲张淑梅的事故真相找寻走失的妹妹来到新城仁和医院。当年死者的女儿陆晨曦士师从傅博文成长为胸外科主治医生，却因反感利益为先屡次得罪胸外科主任扬帆被调至急诊。是庄恕屡次把技能过硬的陆晨曦重新带回胸外手术台。朝夕相处中，庄恕的医术让陆晨曦惊叹，对患者的周到考虑也让陆晨曦反思，二人渐生情愫，最终，庄恕找回了妹妹，也在陆晨曦的协助下还原了当年母亲当年事故的真相。
一个抢救成功的车祸伤员，却因突发的严重药物过敏死亡，责任归咎于护士张淑梅取错药物，事件疑点重重。张淑梅则因此被迫离开临床岗位……若干年后，曾对迷雾重重的死亡事件持最大怀疑却保持沉默的住院医生傅博文，已经成为仁合院长。
大咯血入院的农民病人需要及时手术，但病人和家属的医疗关系在自家所在的县医院，被扬帆说的一些可能需要的费用所吓怕，不肯签字，陆晨曦怒斥扬帆为怕欠费不管病人生死。陆晨曦一心为患者考虑，但交流不当，反而被接连投诉。这样的投诉被扬帆利用，要给予陆晨曦处分。
傅博文与庄恕进到会议室的时候，扬帆正好向大家介绍了庄恕并宣布了由庄恕代替陆晨曦出任胸外科主治医师的职务。陆晨曦误会庄恕和扬帆是一丘之貉，开始对庄恕冷嘲热讽，并且提到了此前咯血的病人。庄恕此时冷静地告诉她此前咯血病人的手术他已经完成。陆晨曦这才知道病人还是在仁合做了手术。
陆晨曦内心不舍得离开仁合。庄恕直言陆晨曦和扬帆的矛盾，她有自己的毛病，陆晨曦直言佩服庄恕，如果庄恕真认为扬帆对她的针对，是为帮助下属进步而不是排除异己，她就忍气吞声的留下。庄恕反问她，难道你认为每一个上司爱护下属都是理所当然?努力做事的同时保护自己不是自己的责住?陆晨曦再次语塞。
终末肺病患者的丈夫是心梗患者同时患有胃癌，同时治疗难度很大，正当大夫们讨论治疗方式时，得知他坚决拒绝治疗，留下遗嘱，死后自己的器官捐献给需要的人。他的心肺用于救治他的妻子。这一对历经岁月磨难的夫妻，最终丈夫愿放弃生命希望救妻子，引起舆论上广泛关注。卫生部门十分重视，亲自关心，各方面的目光都放在本市心肺移植最权威的专家傅博文的身上，他接下这台手术似乎义不容辞，但事实上他因为自身抑郁与身体上的原因，已经两年没有主刀需要长时间高难度的手术了。
果然，在这台手术中，傅博文精力不济，如果不是庄恕，这台手术根本无法完成。庄恕在手术室外质问傅博文为何能够因为个人名声原因而不顾患者生死。两人争执，气氛尴尬，庄恕离去。急诊室主任钟西北在天台看到抽烟的扬主任，并试图劝服扬帆让陆晨曦回到胸外科，以免浪费了陆晨曦这么好的资质与技术。但扬帆的态度坚定，坚持不肯松口，钟主任只得作罢。陆晨曦在急诊的收入比胸外低了很多，又无法再在外做手术，父母给交了首付的大房子，月付捉襟见肘，决定出租。谁知，自己好友介绍的“完美房客”居然就是庄恕。
急诊收到几个因互殴受伤的伤员，伤员中的一个血压急降出现休克体征，陆晨曦迅速诊断为最为凶险的主动脉夹层破裂，急需手术，难度极大，死亡率高。傅博文又坦言庄恕是最好人选，并且力保已经不在胸外科的陆晨曦给庄恕做助手。庄、陆合作，手术成功。两个人之间剑拔弩张的关系也改善了不少。
傅博文不愿做假，却无法在大众面前讲出实话，一步步被逼用谎言掩盖谎言，傅博文被扬帆逼到这个地步，晚上来到扬帆家向他求情，希望扬帆能够放过他，让他安安稳稳的退休。却又被扬帆的软刀子回绝，傅博文十分绝望。庄恕在入住陆晨曦家时，与陈绍聪闲聊得知了陆晨曦的身世。陆晨曦正是此前他母亲的那起医疗事故中死者家属的孩子。庄恕在震惊陆晨曦与自己渊源的同时，又回想起了之前妹妹走失，而母亲又因为这件事情而雪上加霜最终选择了自杀的痛苦记忆。
陆晨曦曾经几乎结婚的前男友薛峦，送对自己有深恩的班主任朱老师来仁合，朱老师女儿痴恋薛峦，自以为是地在陆晨曦面前显示与薛的亲密，被陆晨曦呛哭。此前那对恋人的女方家人来到医院要教训男孩，混乱中原本已经绝望的男孩拿玻璃碎片要自杀，楚珺不顾一切地抢下玻璃，伤了自己的手，而男孩家长却要告楚珺侵犯病人隐私，让楚珺对孩子的名誉损失负责。扬帆为息事宁人打算把楚珺送回原医院，结束在仁合的进修，陆晨曦却为楚珺出头，闯到院办和家属协商的会议室，指出楚珺是救人而非害人，强行科普气胸的知识。
庄恕在病房查房时看到了当时记者对傅博文的采访，傅博文为了掩盖他本身的问题，而把所有荣誉都揽到自己身上的做法使得原本就有心结的庄恕更加鄙视他。方志伟告诉陆晨曦肺移植手术其实是庄恕所做，陆晨曦不能相信傅博文会做假，想去问庄恕究竟，却撞见楚珺正跟庄恕倾诉自己少年往事，误以为庄恕也因为楚珺的美貌而给她特别的照顾，十分反感，出言讥讽，庄恕气陆晨曦任性莽撞，两人不欢而散。
陆晨曦自己打破自己的约法三章中不得在家里开火的规定，开始自做早点，陈绍聪玩笑陆晨曦是蜜运了，庄恕紧张，解释自己跟陆晨曦是为了病例而讨论，当得知陈绍聪说的蜜运是跟前男友，又十分失落。急诊上演“大奶打小三”戏码，陆晨曦为保护当了“小三”的患者被扔了一头鸡蛋，尴尬的是发现这位“大奶”竟是当年陆晨曦的偶像——手术技术出类拔萃的师姐郑燕华。师姐当年跟医院发生矛盾，一怒之下辞职。婚后为了给生病的孩子求医，历经最艰难的岁月，孩子如今病愈，丈夫几年前却因怕孩子病难治好，为了有个健康的儿子而出轨。陆晨曦直言小三无耻，但是再无耻的也是病人。医生要保护病人，照顾病人，师姐看着当年小师妹成了优秀的大夫，替她高兴地同时想到自己的境遇又非常失落。薛峦的老师病情危重，陆晨曦努力寻求救治方法，并不掩饰对于老师女儿软弱慌张的反感，庄恕默默帮助陆晨曦，但经常批评她为人处事上的鲁莽，两人的感情在磕磕绊绊中成长。扬帆对傅博文步步紧逼，傅博文无法直视自己在属下面前做了假又用谎言掩饰的事实，内心几近崩溃。
杨羽在医院过道看到了陈绍聪的前女友，见到她鬼鬼祟祟的走到了性病门诊所以心生疑虑，处心积虑的希望陈绍聪去做一个性病体检。结果让陈绍聪发现端倪，因而得知自己的前女友得了性病。庄恕与钟主任相约在天台讨论如何找出真相的一系列问题，钟主任一直没有放弃对庄恕的开导，希望他能够放下那段心结。但庄恕心思已经完全扑在了这个上面，拒绝了钟主任，铁了心一定要查出当年的真相。陆晨曦惊闻傅博文提前辞职是被迫，得知心肺移植手术是中途庄恕代替，回忆庄恕从来到仁合的种种，怀疑庄恕完全是针对傅博文而来，激动地去追问庄恕。庄恕本想解释，但陆晨曦对傅博文完全的信任回护刺激了他的心结，不再解释自己想帮助她回手术室的良苦用心，刻薄地讥讽陆晨曦做人愚蠢。两人关系恶化。庄恕和陆晨曦的关系降到冰点，但两人在生活上的对立并不影响到在治病救人上的合作。陆晨曦从理智上明白庄恕不会撒谎，但从情感上更没法接收恩师是个沽名钓誉的人。
陈绍聪在妇科得知前女友是因为现男朋友染上了性病，回到急诊要去找渣男拼命。最终在杨羽拼命的劝说下冷静了下来。急诊被陆晨曦师姐追打的小三被诊断患有胸腺假瘤，是曾经做硅胶胸引起的，但她在讲述病史上吞吞吐吐，庄恕觉得有问题但并不能过分涉及患者隐私。庄恕察觉楚珺对自己的感情，继续在业务上指点她，却明确表达了她并非自己喜欢的女孩。上下班的时候陈绍聪为了感谢杨羽今天帮他冷静，特意下班等她送她回家，在路上两人聊了很多，陈绍聪感觉自己被她吸引了。到了杨羽家后他厚着脸皮上楼借用卫生间，结果发现杨羽的家里很神秘，杨羽也是对他的到访有些防备。薛峦请陆晨曦吃饭安慰她，陆晨曦却反思自己的工作，虽然在治病救人上问心无愧，但为人处事上确实一塌糊涂，自己曾经不屑于“蝇营狗苟”，但在现实中，这样的不肯妥协，却为自己想做的事情设下重重障碍，连累爱护自己的人，帮不到想帮的人。薛峦劝陆晨曦辞职，改行或者出国考执照。陆晨曦有些动摇。
陆晨曦为了给薛峦的老师治病，决定放下骄傲，求庄恕帮她申请回胸外手术的特例并且和她一起配合，她想要像庄恕多次劝说的那样，为了自己更看重的，忍受一些自己难容忍的，头一次肯低头求人，然而庄恕却误解这是为了前男友，心情不佳，对她讥讽。陆晨曦也是一点就燃，就当两人要开始又一轮的唇枪舌剑时，陈绍聪出来点破庄恕今晚的反常是因为晚上看到了陆晨曦和薛峦吃饭，吃醋了。两个人之间的气氛瞬间从火药味十足变成了诡异的暧昧。
急诊幼儿园食物中毒，其中有一个原本就有先天性紫癜的孩子，病情较重。陆晨曦重点看诊，然而当那个孩子看到了陆晨曦师姐婚姻中的小三柳灵时，居然认为柳灵是自己的“妈妈”。因为孩子一直吵着要见妈妈，不配合检查。陆晨曦只好去到柳灵的病房问询。正好这时柳灵现在的老公祁大伟也在病房里。一开始就心虚的柳灵看到陆晨曦一进来就知道她想问什么，于是开始向祁大伟告状污蔑陆晨曦，希望能够混淆视听。庄恕在这时及时出现，制止了这次纠纷，并且态度强硬地支持陆晨曦。
陈绍聪被杨羽拒绝后不沮丧反而更有干劲了，开始拼命的研究新课题，去烦钟主任让他认可自己的课题研究。钟主任对突然改变的陈绍聪感觉莫名其妙。但在一旁静静观看的杨羽却知道，陈绍聪这么做是在告诉自己，他有能力也有信心带给她幸福，给她安全感。柳灵深夜来看女儿小西，她对奶奶坦言自己的愧疚。随后她自行离开，心情激动下柳灵摔倒了，动了胎气。必须立刻剖腹产，庄恕赶来协助。
陆晨曦找到柳灵劝说手术，柳灵却担心孩子不健全会被祁大伟抛弃，祁大伟正是因为第一个孩子白血病而与郑燕华离婚的。柳灵对生活充满绝望。陆晨曦在想尽一切办法顺服柳灵同意给孩子进行手术，做数据图表整理，同时庄恕也在努力让科室同意为这个孩子手术，他告诉扬帆，是自己让陆晨曦去和患者家属说明手术利害的，这个病例由他自己负责。陆晨曦在扬子轩的帮助下完成图表，并找来了之前的成功病例方方，和柳灵讲明了手术成功的可能性，并找来了之前有类似病例的患儿由家长带着来见柳灵。正因为有一个成功的案例在柳灵面前，最终打动了柳灵签下同意书。
陆晨曦和庄恕为新生儿手术，柳灵在医生赵丽的陪同下做产后检查，却越想越为自己和孩子的将来无限担忧，她偷偷看了眼自己的亲生女儿赵雨西和前夫，想起自己要面临的生活非常绝望，最终抵不过内心的压力，借口上厕所之际，割腕自杀。孩子的手术成功了，医护人员却发现了柳灵的尸体。她留下一份遗书，说自己在当初得知婴儿畸形时就想死，在陆晨曦的劝说下她明白不能剥夺孩子活下去的希望，但自己已经没有生的希望了。陆晨曦意识到，自己逼死了柳灵。扬帆准备召开紧急会议对陆晨曦停职，庄恕前来求情把责任揽在自己身上。陆晨曦则两耳不闻院中舆论，专心照顾术后婴儿，但内心陷入深深自责。庄恕找到陆晨曦，并安慰她，表示和陆晨曦一起对孩子的病情负责到底。
两人回到家里休息，庄恕一面给陆晨曦做饭，一面用很多年以前自己一个病人的案例告诉陆晨曦，遗憾也是医生职业的一部分，任何人都无法摆脱，让陆晨曦释然。郑燕华把柳灵自杀的事告知祁大伟，祁大伟终于意识到柳灵的顾虑是害怕被抛弃，也愿意对孩子的一生负责。会议室内，卫生局和仁合医院的领导们讨论着这件事的处理结果。赵局长坚持要追究陆晨曦和庄恕的责任，但医院的同事们了解内情，坚决认为陆晨曦救人没有错。争执不下之时德高望重的老院长修敏齐也来到现场。庄恕想自己承担柳灵事件的后果，这样对晨曦和仁合都有好处。扬帆也在会议上传达了这个解决办法，但是傅博文认为这件事情不是医生的错。他希望召开记者会，将真实的事件原因如实相告。领导最终同意了傅博文的建议，并且给了陆晨曦停职一个月等处罚。傅博文提出在停职之前必须让陆晨曦先给小林森做手术。
傅博文在会议上讲述了小林森的情况，向调查组阐述了只有陆晨曦才能给他做手术的原因。最终在修敏齐的支持下，调查组同意了傅博文的建议，让陆晨曦在停职之前给小林森做手术。傅博文在记者会上慷慨陈词，控诉舆论扭曲事实，也向媒体坦言了自己的胸痛后患上抑郁症，无法操刀，之前所做的访谈更证明了他的怯懦虚伪。他以自己为案例向记者讲述了术后的痛苦会给病人造成多大的伤害，讲述了医院培养出陆晨曦这样一位医生出来多么难得，而这样一位医生对病人的价值又有多么大。
