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メイドインアビス
在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人……
为了寻找黄金乡，决死队“甘嘉”一行人靠着队伍成员维洛埃尔克所拥有的“星之罗盘”开始在未开辟的航线上旅行。有一天，暴风雨袭击了甘嘉队的船群。在其他船只陆续被波涛吞没的过程中，维洛埃尔克发现自己所持的“星之罗盘”竟直直的指向地下。队员们立即向队长瓦兹坎报告了这件事，随后在风暴的另一侧，一座巨岛缓缓出现。在历尽艰辛后到达的那个岛上，甘嘉队发现了一个深不见底的巨大坑道。
结束了与“黎明卿”波多尔多的殊死搏斗，莉可、雷古和娜娜奇踏上了“绝界行”。这是一次再也无法回头的旅程，他们最终抵达了深渊第六层。莉可兴致勃勃地观察着从未见过的建筑与生物。她再次给孤儿院的伙伴们写信，并派出传讯船，却在眼前被巨大的原生生物拦截了。就在此时，于继续探窟的莉可一行人身后，一个可疑的影子正悄然逼近。
莉可、雷古与娜娜奇在寻找被不明身份者夺走的普鲁修卡（白笛）时，来到了一个居住着拥有理性的“生骸”们的奇异村庄。正当三人不知所措时，居民之一的玛其卡恰主动向他们搭话，表示可以“领路”。尽管心存戒备，但看到玛其卡恰似乎知晓白笛的下落，三人便跟了上去。随后，他们发现村中的工房里，一名生骸正在对白笛进行切削加工。雷古慌忙想要阻止，莉可却感觉到普鲁修卡似乎并不排斥这种行为。
被称为“生骸公主”的法普塔与神秘的人偶卡布伦出现在雷格面前。法普塔似乎认识雷古，但雷古的记忆模糊不清，无法明确地回想起往事。另一边，娜娜奇为了照顾闹肚子的莉可，来到村里的市场寻找水和水果。玛其卡恰告诉她，在村子里进行交易需要提供“价值”，这让娜娜奇陷入了沉思：对自己而言，“价值”究竟为何？在此过程中，她想起了“米蒂”……
娜娜奇从玛其卡恰口中得知“米蒂正在‘三贤’之一的瓦兹强处”。当她赶到瓦兹强的房间时，本应已经永别了的米蒂竟然出现在眼前……面对陷入混乱的娜娜奇，瓦兹强质问道：“你是为了渴求什么才来到这里的？”另一边，雷古在与法普塔告别后试图回到村子，却不慎迷路。他遭到了原生生物“龙裟彩”的执拗攻击，就在苦战之际，卡布伦出手相救。
莉可试图救回为了“价值”而卖掉自身的娜娜奇。贝拉夫向她索要代价：“是要双眼、双脚，还是半边内脏？”莉可虽深陷苦恼但仍下定决心，就在这千钧一发之际，玛其卡恰闯入并制止道：“无论失去哪样你都完蛋了。”加上娜娜奇也表示“别管我”，不愿离开米蒂身边，玛其卡恰只好强行将莉可带离现场。就在此时，原生生物“大霞”突然向村庄发起了袭击。
自称是敢死队“岗加”幸存者的维克，开始向莉可一行人讲述“生骸村”那段令人忌惮的起源。昔日，由瓦兹强率领的岗加队抵达了“不归之都”。发现黄金乡的喜悦转瞬即逝，他们很快意识到，由于上升负荷带来的异形诅咒，他们已无法返回地面。尽管队员们下定决心“作为黄金乡的第一批居民生活下去”，但在确保食物和水源方面却陷入了困境。
岗加队的成员们接连感染了“拟态水”，纷纷倒下。维克最终也发病了，但在吃下瓦兹强递给她的“香喷喷的东西”后奇迹般地康复了。同样康复的还有贝拉夫，但他却因吃下了那“香喷喷的东西”而陷入深重的悔恨，精神近乎崩溃。瓦兹强神色镇定地带着动摇不已的维克来到伊鲁缪伊身边。在那里，维克亲眼目睹的一幕是……
为了从贝拉夫手中夺回娜娜奇，雷古向法普塔提出“想要你身体的一部分”。法普塔以要求雷古履行“某个约定”为条件，毫不犹豫地撕下自己的一块肢体递给了他。面对忧心忡忡的雷古，拥有“不灭”之躯的法普塔表现得若无其事，然而散发的血腥味却让周围的野兽们陷入了疯狂。雷格急忙带着这部分肢体赶回“生骸村”，但对于是否真的该去履行与法普塔的那个“约定”，他始终无法给出答案……
由于雷古使用了“火葬炮”，法普塔得以进入“生骸村”，她怀揣着复仇的誓言杀入其中。在村庄遭到破坏的过程中，沉睡的娜娜奇苏醒了。贝拉夫将自身的价值与记忆托付给娜娜奇后将其释放，但也告知她：一旦越过境界线，“米蒂就会消失”。是选择再次与米蒂永别、回到莉可与雷格身边，还是留下来永远与米蒂在一起？娜娜奇被迫面临终极抉择。
尽管法普塔的笑容与哭泣等记忆碎片不断浮现，但雷古依然无法清晰地回想起过去。在无法阻止法普塔暴走的情况下，雷古遭到攻击并失去了意识。结束与雷古的战斗后，法普塔又将怒火转向莉可并向其袭来，关键时刻，卡布伦挺身而出挡住了攻击。大受打击的法普塔怒气未消，正准备再次袭击莉可，而就在此时，出现在那里的竟然是……
莉可、雷古与娜娜奇在玛其卡恰等人的陪同下，于不断崩溃的“生骸村”中紧急撤离。途中，他们与倒地不起、无法动弹的瓦兹强对峙。瓦兹强向莉可发问：“能来到这里，你觉得开心吗？”随后，他开始讲述自己究竟想要达成什么样的夙愿。另一边，接触到全新记忆与价值的法普塔，为了履行自己的使命，再次向袭击村庄的原生生物们发起了挑战。
