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失联
Several months after the events of Season 2, Emily Byrne is reaching the end of her FBI suspension while working hard to be the best possible mother to Flynn. But when an international criminal case hits too close to home and threatens the family, everything changes.
Emily在联邦调查局停职的最后几天里一直在服刑，同时挣扎着接受她在过去两季中的行为所带来的后果。由于过度警惕和对他人的不信任，Emily认为威胁无处不在，并对每个人都进行仔细观察。
在致命事件发生后，Emily必须与时间赛跑，在Nick的神秘线人Kai的帮助下，找到并拯救Nick。在追踪他的位置后，Emily意识到有一个更复杂的阴谋在酝酿之中，她不得不努力应对Nick被杀的可能性。
迷失方向并被下药进入麻痹状态的Nick在一个黑暗和封闭的地方醒来。同时，在没有尸体作为证据的情况下，Emily拒绝接受Nick已经死亡的事实，并做了一个交易来救回他，结果发现Dawkins设下了一个陷阱，所有人都处于危险之中。
Emily要求联邦调查局追捕Nick，但遭到了抵制，这导致她启动了一个危险的计划，使她与能够带领她找到Nick的人面对面。与此同时，在欧洲的某个地方，Nick被下了药，受到了心理折磨，暴露了他作为联邦调查局特工、丈夫和父亲的罪恶感和不安全感。
Emily顺从Dawkins的要求，以便被带去见Nick，并在途中策划了一个巧妙的诡计。同时，当Nick的内疚和偏执威胁到他时，他终于平息了困扰他的个人心魔。
Nick继续被折磨，但他找到了一个机会试图逃离绑架他的人。Cal和Emily出发去营救Nick，并在途中变得更加亲密。当他们到达神秘地点时，他们发现了与Nick在波士顿时的案件有关的证据，但却没有Nick的踪迹。
Emily做了最后一次尝试，用偷来的文件换取Nick，并要求证明他还活着，她不知道Nick已经在一场惊心动魄的追逐战中从抓捕他的人手中逃脱了。Nick与联邦调查局取得了联系，而Emily做出了一个大胆的决定去面对Cal的过去。
Emily和Nick制定了一个潜入难民营的计划，Cal冒充Meridian的警卫，希望能找到Armstrong并将其绳之以法。同时，Crown和Gunnarsen缩小了对Meridian内鬼的调查范围，一位不速之客来到了农场。
Nick努力解救难民，Cal最终与Armstrong对峙。当Gunnarsen和Crown去逮捕副局长Webb时，他们发现了致命的东西。与此同时，Emily试图查清Elliot的行动，并不惜一切代价保护她的家人。
Emily和Nick终于与Flynn在波士顿团聚，但Elliot的生物武器的威胁仍然很大。Emily采取了激烈的措施，做出了危险的选择，以确保她家人的安全。
