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《武林外传》动画版是根据2006年大型同名情景喜剧《武林外传》改编而成，由綦柏钧执导，闫妮、姚晨等配音主演。2010年5月1日在中央电视台视第八频道播出。讲述了一个叫郭芙蓉的黄毛丫头初入江湖，欠下钱财，被困在能人辈出的同福客栈的故事。
疑似一个夜黑风高的杀人夜，传说中的“雌雄双煞”从天而降，打乱了同福客栈的安稳日子。家世显赫的郭芙蓉，为摆脱一代巨侠父亲的阴影，决然离家，开始了自己的江湖路。七侠镇上，她自以为是地行侠仗义，和丫环小青一起，搭救了许多本不该被搭救的苦命人，从而落得“雌雄双煞”的恶名，而她的江湖第一站——也基本上是终点站，即同福客栈，因为她不明就里地毁坏了店里的设施，从此开始了艰苦卓绝的杂役生涯。
同福客栈繁重的杂活，使郭芙蓉知难而退，以需要时间搞清工作思路为借口，逃避干活。在她“调研”期间，频繁使唤李大嘴为其做夜宵，阻挠吕秀才算账，妨碍白展堂招待客人。三个伙计忍无可忍，齐向佟湘玉告状。最后，在佟湘玉循循善诱下，郭芙蓉终于明白做事不能光说不练，要有实际行动，并且要从一点一滴做起。
被扣押在店里的郭芙蓉为了逃避劳动，开始伪装成病人，发烧、咳嗽和瘫痪装了一个遍。起初效果不错，赖床、吃瓜子，被人伺候。但客栈众人对其百般照顾却总是用力过度，导致郭芙蓉两天下来真的落了一身的病。而且真相败露之后，作为一个撒谎骗人并造成恶劣影响者，不得不接受“店规伺候”。
郭芙蓉对白展堂的点穴手很是不忿，百般挑衅，想与之交战，却被邢捕头和燕小六打乱了阵脚。为了泄私愤，郭芙蓉以帮助莫小贝撰写入学考试文章为名，大骂孔圣人，企图陷害莫小贝，没想到莫小贝反而因此成功入学。郭芙蓉不气馁，利用美人计，差点成功地让白展堂过上了打打杀杀有今天没明日的江湖生活，但最终她渐渐明白了练武的真谛。
佟湘玉望贝成凤，将莫小贝上学堂当做了圆自己的儿时梦想。因此，事事操心、处处较劲。郭芙蓉、吕秀才、白展堂、李大嘴更是被其强迫担当起莫小贝的玉女丫鬟、金童书童、悟空保镖和八戒轿夫。直到佟湘玉认识到自己的行为伤害并妨碍了莫小贝的健康成长，才放心让莫小贝自己上学。
莫小贝大闹学堂。朱先生来到同福客栈却并非告状，反以吕知府的败家孙儿（即吕秀才）为例，赞扬莫小贝前途不可限量。莫小贝气焰高涨，建立“八大派”胡作非为，搞得朱先生叫苦不迭。正当客栈众人商讨解决方法之时，莫小贝却因与班上成绩好的邱小东较劲，决定解散“八大派”，苦背三字经，走上了勤学苦读的正确道路。
李大嘴的瞎眼老娘旧疾复发，为安母心，李大嘴情急之下，便称自己考中武状元。孰知李母一听，旧疾痊愈，非要跟他回来瞧瞧。在李大嘴的哀求下，客栈众人同意帮着演戏。怎料这场戏越演越真。眼见李母没有离开的意思，客栈众人不得不扮起皇上、大臣，威胁如若李母不走，“武状元”就要上战场打一场必死之战。就在李母决定以儿殉国之际，郭芙蓉递上的一碗难吃的“御粥”露出了马脚。
白展堂深夜苦读偶像著作——《断指轩辕赌术大全》，练就超凡赌技，不费吹灰之力依次赢走莫小贝的糖葫芦、郭芙蓉的苦力和李大嘴的地瓜干等。李母闻讯赶来，先是依法办事，将涉赌的白展堂和李大嘴送到衙门受了皮肉之苦，而后见白展堂依旧不服，便亲自上阵与其赌博。一夜麻将、几把骰子过后，白展堂非但输了个倾家荡产，还差点赔上能吃饭能拿刀的右手，自此深刻体会到赌博的可怖之处。这时，客栈众人才知道原来李母就是传说中的赌神级人物——断指轩辕。
一心想考六扇门的慕容嫣来到同福客栈，机缘巧合地识破了白展堂的真实身份，抓住了这个可以令她进六扇门的唯一筹码——传说中的盗圣白玉汤。白展堂不得已向慕容嫣讲述了自己早些年与现今天下第一女捕头展红绫的一段纠葛。原来，慕容嫣的超级偶像展红绫正是因为千里追踪盗圣，获得了白展堂赠予的《辑盗指南》才进入六扇门的。同样，白展堂将展红绫当年留下的判官笔交给了慕容嫣，作为她此番进京考六扇门的信物。
得知白展堂就是盗圣白玉汤后，吕秀才和李大嘴不相信贼能真的金盆洗手，而郭芙蓉则成为白展堂最忠实的Fans。郭芙蓉以听闻的盗圣事迹为例，怂恿白展堂再次重出江湖、劫富济贫。白展堂略施身手，盗取了钱掌柜铺中的一枚玉板指。邢捕头查办此案，使得整个七侠镇人心惶惶，很多无辜的人都受到牵连。通过事实，白展堂令郭芙蓉明白了所谓的“盗亦有道”都是“胡说八道”，也重新获得了吕秀才和李大嘴的信任。
武艺超群的杨蕙兰一心想找个如意郎君，遂带着雇来的假老爹，来到七侠镇比武招亲。 李大嘴自从在同福客栈见到她，就像那春风吹进了心里，于是恳求白展堂助其一臂之力，不料却被女扮男装的郭芙蓉捷足先登。被打败的杨蕙兰，一心一意要嫁给郭芙蓉，直到知道她也是个女人，才恼羞成怒地离开。李大嘴泪流满面痴望着杨蕙兰离去的方向。
杨蕙兰离开后，砍了许多山贼嫁祸给郭芙蓉。黑道三大家族分别派出绝顶高手美丽不打折、金银二老和上官云顿来同福客栈取郭芙蓉性命。凭借着白展堂的葵花点穴手和杀手间内讧的自相残杀以及李大嘴因为胡萝卜与巨蝎成为好朋友，客栈众人最终战胜了恶势力。通过此番事件，李大嘴也明白了“鲁莽”和“有种”的区别。
为了讨回郭芙蓉比武招亲时借的报名费二钱银子，吕秀才搭上了自己的一颗门牙、钱袋以及亲娘的遗物——碧玉簪，也未能如愿。但他锲而不舍，继续变相讨银。郭芙蓉为求清净，将碧玉簪卖给佟湘玉，卖得二钱银子还给吕秀才。吕秀才见碧玉簪落入佟湘玉手中，更是“哭天抢地”。郭芙蓉无法忍受，又以五两银子将碧玉簪从佟湘玉手中买回还给吕秀才。吕秀才欢天喜地，郭芙蓉却因为这五两银子还得在同福客栈多干两年零一个月。
郭芙蓉练习“鄙视”，却被吕秀才误以为羊癫疯发作。吕秀才奋勇“救治”郭芙蓉，反被郭芙蓉误认为偷袭。于是，一场RoundFight开始了。吕秀才在PK战中获胜。郭芙蓉不甘示弱，设计了种种陷阱，将吕秀才害得遍体鳞伤。吕秀才绝地反击，郭芙蓉早有预计，捧出臭不可闻的“开山腐”。最后，在佟湘玉的劝诫下，二人将误会澄清，冰释前嫌。
两年前，佟湘玉凤冠霞帔来到七侠镇，等候新郎莫小宝的出现，却阴差阳错将欲行偷窃的盗圣白展堂认做新郎。期间，盗神姬无命、七侠镇第三十六任缁衣捕头李秀莲、七侠镇捕快邢育森、尚儒客栈掌柜吕轻侯、衡山派掌门之妹莫小贝、菜鸟女侠郭芙蓉相继登场。白展堂得知莫小宝坠崖身亡，欲收手，但姬无命却不愿就此罢休。
准备杀人越货的姬无命被白展堂拦下。白展堂苦劝无果，只得大义灭亲，以葵花点穴手将其点住。佟湘玉的一颗烽火霹雳弹令捕快邢育森活捉了姬无命，使其升为七侠镇第三十七任缁衣捕头。而原捕头李秀莲则找到了真正的追求，归隐厨房；菜鸟女侠郭芙蓉从狗洞逃回了家乡；佟湘玉、莫小贝、白展堂留了下来，尚儒客栈自此更名为同福客栈。
为了给自卑于武功低劣的邢捕头以信心，白展堂化身“黑衣人”抢劫小米的要饭碗，佯装被酒醉的邢捕头以“醉拳”打跑。不过，适得其反，此后，邢捕头每日酒不离手。终于，抢劫小米要饭碗的“黑衣人”再次现身，并制服了邢捕头，从而使他明白，武功高低并非决定一个人是否成为好捕头的要素，而真正的要素是一颗为人民服务的心。
后天便是吕秀才先祖的祭日，按照祖训，需要开仓放粮，周济穷人。吕秀才迫于一贫如洗的困境，只好想出了一条恶臭熏天的妙计，但未能实施。佟湘玉得知后，特意请小米来店内用晚宴。未等小米吃完，吕秀才已经饿晕。小米百般挑剔，被强灌下所有饭菜，又撑又齁地倒地。佟湘玉责怪李大嘴。李大嘴强辩，被白展堂“店规伺候”。之前被佟湘玉派去怡红楼“取经”的郭芙蓉，将对门砸了一通，扬长回到店中。佟湘玉见此情形，也晕了过去。郭芙蓉、白展堂言语不和，交起手来，两败俱伤倒地。
郭芙蓉把对门的怡红楼砸得七零八落，作为补偿，同福客栈要负责照顾怡红楼从扬州请来的表演嘉宾——扈十娘。一身娇气的扈十娘到来后，把店里搞得人心惶惶。佟湘玉终于忍无可忍，命郭芙蓉和李大嘴用“菜刀和迷魂药”对付她，吓得她以百宝箱招引白展堂一起“私奔”，不料，却误以为和船夫讲价钱的白展堂正在出卖她，因而努沉百宝箱。最终，扈十娘出色的演技帮助佟湘玉教育了莫小贝，赢得佟湘玉赠予她回扬州的盘缠。
怡红楼的老板赛貂蝉让客栈众人练习歌舞，以代替离开的扈十娘登台表演。为陷害佟湘玉，赛貂蝉妄图设计偷到她的账本。不料，佟湘玉先发制人，命白展堂先行盗取了赛貂蝉的账本，发现有大量的偷税现象，并命她补缴了税款。佟湘玉正在得意之际，邢捕头告知她，因赛貂蝉积极纳税，娄知县已经把“本季度最佳商户”的名誉给了赛貂蝉。
