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メジャーセカンド
棒球大联盟2nd故事讲述了茂野大吾是个有着现役职业棒球选手的父亲的小学生。他因为向往曾经在棒球大联盟活跃的父亲·吾郎，而开始了在少年棒球队“三船海豚队”的棒球训练。但是，因为背负着茂野二世这个称号的压力，无法发挥出原来的水平，以至于1年还不到就放弃了打棒球，过起了缺乏朝气的生活。在迎来小学6年级的春季里，一个从美国海归的转学生出现在了大吾的面前。转学生的名字是佐藤光。光的父亲居然是吾郎的盟友——大联盟的佐藤寿也……
主人公茂野大吾的父亲曾是活跃于大联盟的职业棒球选手，他本人是初中二年级学生。他与青梅竹马、从少年棒球时代起就是队友的佐仓睦子一同就读于私立风林中。大吾和睦子虽然隶属于棒球部，但部员只有六名，包括睦子在内有四人是女生。在迎来新生的四月，队长大吾为弥补人手不足，积极招揽新生。与此同时，入学典礼上体育推荐入学的一年级新生们也已到齐……。
部员只有六人的风林中棒球部，迎来了出身于强队少年棒球队南阳狮队的仁科等五名新生，高年级的大吾等人绷紧精神走向晨练的球场。然而，仁科等一年级生却反抗称，在南阳时代恩师、即将就任风林中棒球部新监督的国友监督到任之前，他们没有参加练习的打算。就在这时，顾问山口老师来到大吾等人面前，说「有话要说」……！？
新监督的任命被取消，四名一年级男生转去了青少棒联盟，风林中棒球部的新战力最终只剩三名男生：被独自留下的仁科，以及出身名门横滨少棒的安妮塔与千里。就这样勉强凑齐九人后，却得知两周后就有正式比赛。捕手安妮塔因马上要实战而气势汹汹，向大吾发起质问，认为投手阵容只有仁科和睦子两人未免令人不安。
风林中棒球部迎来县大会首战的早晨，大吾的父亲吾郎与曾经的队友、大联盟时期的好友，也是小学时代教导大吾棒球基础的盟友佐藤寿也通电话。两人互报近况，寿也却挂念着风林中的首战。吾郎回想着以意想不到的形式在一年级就当上队长的大吾这半年的奋斗，坚定地说「大吾的话，一定能行」。
新生·风林中棒球部的首战对手是五木中学。五木中的王牌横内看到上场来的风林中成员只有九人、其中六人是女生，大为吃惊。横内难掩「为何对阵一群女生，自己这个王牌还要先发」的不满，与第一棒打者千里展开对决。另一边，风林中先发的睦子因是首次正式比赛登板，绷紧神经走向投手丘，然而……。
地区预选赛第一轮，风林中在首局顺利先取三分，但随着五木中先发投手横内使出封印的变化球——滑球，打线逐渐被压制。风林中先发的睦子也谨慎地投出变化球，勉强躲过五木打线。做好了低比分拉锯战心理准备的大吾，担忧着风林守备的破绽，就在这时，一垒手三年级生丹波竟然接丢了毫无威胁的地滚球。
风林中下一战的对手，确定为拥有大吾等人小学时代队友卜部与安迪的清和中学。亲眼目睹清和中在第一战创下十一次盗垒并取得大胜的机动力的睦子与安妮塔，痛感采取盗垒对策的必要性。于是，刚结束首战的棒球部成员再次被召集到学校，针对投手睦子如何压制对方跑者展开了特训。
为封住以盗垒、触击等威胁性机动力著称的清和中，以投手睦子为中心，大吾等人精心准备了对跑者的牵制，迎战第二轮比赛。大吾预测「清和中的攻势不会从开局就莽撞展开」，然而清和中的第一棒打者森口突然上垒，立刻开始动摇风林的投捕搭档。为慌乱的睦子加油打气的捕手安妮塔，也在不知不觉间失去了平常心……。
地区预选赛第二轮。捕手安妮塔因过度警惕清和中的机动力而视野变得狭窄，被右外野手仁科一针见血地指出几处失误，一时语塞。安妮塔在小学时代所属的名门横滨少棒，也曾围绕捕手位置留有苦涩的回忆。她不禁怀疑自己是否是个不合格的捕手，竟在比赛中意志消沉，向大吾提出更换捕手的请求。
凭借安妮塔的一击，风林中追平比分，但到了后半段的第六局上半，遭到清和中长打，被反超。更糟糕的是，在这次冲本垒的攻防中，捕手安妮塔手腕受伤，左外野手大吾被迫戴上捕手面罩。在无人出局一、三垒有人、面临进一步失分的危机时，站上打席的是清和中的四棒安迪。面对这位以强打著称的昔日队友，大吾与睦子的投捕搭档所选出的作战究竟是！？
地区预选赛第二轮终于进入最后一局！第七局上半，清和中追加得分、进一步扩大领先，但紧急登板的仁科连续三振，风林中勉强度过危机。第七局下半，风林中最后的进攻由三棒泽（弥生）开始的上位打线发起。然而，四棒安妮塔刚刚伤了右手腕……。卜部与安迪这对清和投捕搭档，正对着安妮塔的弱点——内角球展开猛烈进攻。
凭借大吾戏剧性的再见安打，风林中击败拥有旧友卜部与安迪的劲敌清和中，晋级地区大会半决赛。风林成员们带着激战后的疲惫去侦察其他学校的比赛，但太凤和弥生却匆匆离开了球场……。从横滨少棒时代起就是太凤与弥生后辈的安妮塔，虽然在意着崇拜的两位前辈淡然的举动，还是快步赶去治疗自己的伤势——。
前一天开始下的雨还没完全停，风林中迎来地区大会半决赛，对阵柳川中学。连续作战中，负伤的安妮塔降到第六棒，风林中以四棒大吾、五棒仁科重新排定打序迎战，先发投手仍由睦子担任。本以为千里必会被提拔为先发的睦子露出困惑之色，但切实感受到她从首战以来成长的大吾，用力地鼓励着她。
凭借关鸟豪快的满垒本垒打赢下半决赛的风林中，为迎接连续作战的下午决赛而匆忙开始准备。另一边，睦子等人负责侦察半决赛中英邦学院与大尾中学的对战，大吾则陪着决赛先发的仁科练投。然而，英邦与大尾的比赛意外陷入胶着，被紧急叫到观众席的大吾，看到大尾中的阵容后受到了冲击。
以九名部员一路杀上来的风林中，与聚齐了名门横滨青少棒选手的大尾中的地区大会决赛终于开打！看到同为左撇子的眉村道垒守游击、出光守二垒的布阵，大吾察觉到由先发世古、捕手鱼住等青少棒出身者固守中轴防线的意图。而风林中第一棒千里击出的球，立刻飞向游击手道垒，然而……。
对阵拥有眉村道垒等强力阵容的大尾中的决赛。风林中先发的仁科从开场就奋力投球，却因体力不支与守备失误，在第三局下半丢掉五分。放弃让仁科续投，从第四局起紧急接管风林投手丘的是中外野手千里。她虽然在横滨少棒时代有过投球经验，但这却是她初中生涯首次实战登板。在父亲藤井也激动地从看台上注视之下，按自己节奏投球的千里会展现怎样的投球呢……！？
被打得一支安打都没出来的风林中，在第五局上半猛攻大尾中第二任投手出光，凭借千里的适时安打追回两分。但大尾中换上眉村道垒中继，以太凤的游击地滚球封杀企图逃脱。从第四局登板、展现出意外（？）好投的千里，却在进入第二局的第五局下半，早早因体力不足而失去握力。在连续登板限制下睦子也无法上场的情况下，站上投手丘的究竟是谁……？
接替千里紧急登板的弥生压制住大尾打线，但风林中的反击也被封死，地区大会决赛在大尾中领先三分的局面下进入最后一局。绝境中的第七局上半，风林中虽有两出局，却迎来一、三垒的最后机会！第一棒千里顽强地选出四坏球保送，以两出局满垒给大尾中的道垒施加压力。然后，打序轮到了前一打席被封杀成游击地滚球的二号太凤。
接替千里紧急登板的弥生压制住大尾打线，但风林中的反击也被封死，地区大会决赛在大尾中领先三分的局面下进入最后一局。绝境中的第七局上半，风林中虽有两出局，却迎来一、三垒的最后机会！第一棒千里顽强地选出四坏球保送，以两出局满垒给大尾中的道垒施加压力。然后，打序轮到了前一打席被封杀成游击地滚球的二号太凤。
季节进入秋天。结束夏季大会的风林中棒球部，因最高年级的丹波引退，被迫打造新队伍。话虽如此，留下的部员只有八人。因此，周末的练习赛他们拜托已引退的丹波来当帮手，勉强维持着九人的活动。为解除部员不足，大吾等人考虑从在校生中招募棒球部新部员。就在此时，一年级的千里表示自己有招揽新成员的目标……！？
