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京都寺町三条のホームズ
刚刚搬到京都半年的高二女生真城葵，为了鉴定因为某件事情而去世的祖父留下的古董。 真城葵前往寺町三条商店街的古董店「藏」寻求帮助，而在这家古董店中葵遇到了古董店主的孙子，在店内帮忙鉴定工作的大学生见习鉴定师家头清贵，虽然看上去是个柔弱美男子，但家头清贵有着「福尔摩斯」的代名，对于自己看到的事物情报异常敏锐，处理能力异常的快。 而清贵当场识破葵是瞒着家人将祖父遗留下来的古董带出了家，无论如何都需要大笔金钱，被清贵建议在就在这家古董店里打工如何，以此为开端葵与清贵共同因为古董和京都结缘遇到各种各样的事件。
在京都寺町三条街上，有一家名叫“藏”的古董店。在这家外形仿佛怀旧咖啡馆的古董店内，迎来了一位带着爷爷的遗物——画轴的，名叫真城葵的少女。这家店的店长名叫家头清贵，他拥有无与伦比的洞察力和恐怖的推理能力，被称为“寺町的福尔摩斯”。清贵问小葵道：“……小贵。如果你愿意的话，不如在这儿工作吧？”
收到了奇怪的文书——在五月份会举行葵祭，而葵祭的主角，担任斋王代一角的宫下纱织，收到了两封奇怪的文书。于是纱织和妹妹香织以及母亲一起，拜访了古董店“藏”。她们拜托清贵帮忙解决问题。于是清贵和小葵一起前往调查这一事件。而小葵被爱作弄人的清贵呼来喝去地使唤。几经周折之后，清贵终于发现了意料之外的犯人。“……成为斋王代一角，难道你不高兴吗？”
焚烧炉的火焰炙热地燃烧着。三副画轴在火中熊熊燃烧化成了灰，伴随着火星向上飘扬开去。7月初旬。受到父亲和武史的拜托，清贵和小葵走访了梶原家的山庄。武史的作家好友，梶原直孝曾留给三个儿子一副画轴。而这幅画轴不知被何人所烧毁。这幅画里隐藏着的是一个让人惊愕的事实真相。“……也许你会想，要是不知道这件事该多好呢。”
7月中旬。离祗园祭的日子越来越近了，古董店“藏”里来了一位名叫和泉的客人，她是清贵以前的恋人。和泉拜托清贵鉴定一下自己亲手制作的一个茶碗。而这只茶碗中寄托着只有清贵才懂得的情思。小葵还住在埼玉时的好友，乘着修学旅行的时候来到了京都。一同前来的还有过去的恋人和好友。以及躁动不安的心情。“不愧是……福尔摩斯先生呢。”
秋天。清贵受副住持之托前往南禅寺。秋人因节目采访的需要，也打算前往南禅寺。于是这二人组就前往了这所据说有妖怪出没的寺庙。——这龙我就笑纳了。清贵看着信上的内容接受了委托人的商谈。能够制作精妙仿制品的赝作师，和能够识别赝品的鉴定师。这两人的因缘在此处交汇。“不管你做出什么样的赝品，我也能一眼识破。”
秋天。为了庆祝家头诚司的寿辰，举办了生日宴会。小葵盛装出席宴会。宴会上还邀请了各界的名人。而其中就有对诚司抱有仇恨的人。一只青瓷壶被人盯上了。这是诚司非常宝贵的工艺品之一。然而，其真正的目标却是作为鉴定师的骄傲本身——“不会，我不觉得可怕啊。”
10月下旬。柳原重敏的八十岁寿辰宴会如期举办，清贵、小葵和秋人，代替诚司受邀前往参加生日宴会。宴会上举办了真伪鉴定的游戏，到底是真品还是赝品，需要将其看个透彻，而参加游戏的不是清贵，而是小葵。凭借着在古董店“藏”里锻炼起来的知识，以及自己良好的眼力，小葵挑战这个游戏。“葵小姐，你很棒！”
圣诞节，受到上田的委托，清贵和利休担当起了“帅哥咖啡馆”的店员。即将准备开店的店内，出现了一位熟悉的女子。她就是清贵的前女友和泉，只见她无力地瘫坐在椅子上。——如果能让清贵帮忙揭发就好了……不在场证明。于是清贵向和泉的未婚夫设下的不在场证明陷井，发起了挑战。“圣诞节……吗。”
诚司在除夕这一天举办了游戏大赛。小葵和清贵以及秋人一起，受邀前往了家头家。在那儿举办的是寻宝游戏。如果能够揭开清贵写的暗号，就能获得很棒的礼物。正当众人绞尽脑汁苦苦思索谜题的时候，突然闯入了一个人，轻而易举地解开了所有的谜题。“……你是什么人？”
新年伊始，古董店“藏”里大家都穿着和服上班。各式各样的和服把古董店装点得色彩斑斓。清贵和穿着和服的小葵一起，前往参拜矢田的地藏菩萨。并约好之后一起去喝咖啡。在咖啡店品味了美味的焦糖巧克力之后，久违的约会使两人的关系发生了微妙的变化。“Flash，是什么意思啊？”
情人节当天。清贵和小葵受人气悬疑小说作家“相笠Kurisu”举办的朗读会之邀，前往吉田山庄·真古馆。同时受邀的还有作家的好友和主编、摄影师以及私家侦探。——某一天，我被杀害了。大家都被Kusuri的妹妹香奈所说的一句话惊得目瞪口呆。“真是意想不到的情人节呢。”
三月，自小葵在古董店“藏”打工已经快有1年的时间了。利休的爷爷，斋藤右近把三个儿子叫到了身边。——如果对于自己的眼力没有自信的话，就让鉴定师同行吧。于是清贵作为利休的父亲左京的鉴定师一同前往。而小葵为了证明自己是一名合格的鉴定师，决定接受右近的考验。“那么，就让我们开始吧。”
