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エレメントハンター
元素消失！未来委托给了我们！ 2029年，在地中海沿岸发生了大规模的陆地下陷现象。直径达3千米的氧元素突然从地壳中消失了。从那以后，地球上各种元素陆陆续续都消失了。 元素的消失，导致森林田地、建筑物和古代遗迹，甚至连生命也消逝了。 人类深怀痛感。“万物因元素存在”。 从那一天过了60年，人口比起最盛期已经减少到了十分之一。 拼命调查研究的结果判明了消失的元素的去向。原来元素流入了次元之壁另一端的另一个地球“负地球”中。 赌上地球的存亡，建立了名为“元素猎人”的组织。成员全部是13岁以下的孩子。能够联系上内加亚斯的，仅限于脑组织比大人柔软的小孩……
元素消失后60年。人类减少到了最盛期的十分之一。某天，中学一年级的莲、琪亚拉和霍米注意到突然出现的幽灵城堡并侵入。于是出现了人造人尤诺，不由分说地把他们送到了出现QEX（怪物）的负地球。按照尤诺的指示，好不容易从QEX那里回收了地球起源的元素（正元素）的三人，被神秘的“阿姨（卡博士）”邀请成为元素猎人。
卡博士邀请他们成为元素猎人，但莲他们无法点头。博士用问答形式讲解了现在地球的状况。这时QE警报响了！在负地球，莲他们第一次与殖民地团队接触。然后被卷入爆炸，体验了死亡的恐怖。莲因悔恨想成为元素猎人复仇，但琪亚拉和霍米无论如何都害怕。
无法下定决心成为元素猎人的琪亚拉和霍米。莲等得不耐烦，想一个人去负地球。在负地球，殖民地团队正与QEX苦战。这时，まほろば镇发生了银的元素消失。亲眼看到回忆的照片消失的琪亚拉和霍米……
太平洋发生了大规模的氧元素消失。在街头电视前，莲和琪亚拉下定了拯救地球的决心。这时尤诺来叫他们。在负地球，进行光合作用的神奇袋鼠变成了QEX。殖民地团队也来了，大喝“外行回去”。莲和琪亚拉悔恨得发抖。这时霍米来了……
莲他们前往的是负地球的北极点。三人冻得发抖，但穿着助推服的殖民地团队却泰然自若。那里出现了为寻求水素而袭击生物的QEX。莲他们制定QEX分解作战并试图执行，但被殖民地团队指出不穿助推服的话会没命……
艾莉送来的助推服。其性能超乎想象。另一方面，艾莉碰壁了。她意识到成为元素猎人并非自己的意愿，而是回应父母期待的结果。负地球出现了像不动的宝石一样的QEX。莲在QEX面前愚蠢地拍着屁股挑衅。看到这一幕的艾莉采取了惊人的行动。
梦到养父说“你也能做到”而呻吟的霍米。为自己体弱帮不上忙而觉得丢脸。在负地球，出现了变成对方恐惧形态的泥QEX。在霍米面前变成了养父的样子！呆立不动的霍米。想办法让她打起精神来的莲、琪亚拉和尤诺。这时，QE警报再次响起！霍米说不去。
金的元素消失发生了。世界陷入大恐慌。政府为了从负地球取回金而出动元素猎人。正在调查中的殖民地团队，遭到黄金甲虫QEX的袭击。面对快速的动作陷入苦战的殖民地团队。这时莲他们出现了，喜欢虫子的莲提出甲虫的矿物是“寿司醋”，用那个气味引诱它……
逐渐习惯活动的地球团队。但莲因为忙于元素回收，作业没交，成绩也一落千丈。被狠狠训斥时，QE警报响了。出现的是盲鳗型QEX。作战执行最适合在退潮时，但下次退潮是半夜……想偷偷溜出去的莲被父亲发现了！
宅男汤姆不顾任务在采集矿物。这时像粉色河流一样的QEX逼近。白蚁体内混入了氦。莲他们制定了用水素回收氦的作战，但关键的水素还没有。这时汤姆出现了……
再次出现的花织绘里卷让他们陷入苦战。但琪亚拉和挚友娜塔莎有约。目标是职业滑冰选手的娜塔莎为了寻找没有元素消失的城镇而反复搬家，周日又要转学了。最后的告别时间临近时，QE警报响了！
即将14岁的艾莉，元素猎人的毕业迫在眉睫。因QE警报出动两队。那里有管海胆QEX“千本海胆”！它准确预测对象动作并发射电击。莲和艾莉一起逃进熔岩洞窟，不小心说出了卡博士的事。开始调查卡博士的艾莉。那个信息是最重要机密。
继续调查卡博士信息的艾莉。对此警惕的政府首脑部。这时QE警报响起。过去曾造成死亡事故的麻烦植物QEX觉醒了。一无所知前往负地球的莲他们。莲一个人先发现了植物QEX，喊着“轻松搞定”就冲了上去。艾莉赶到阻止，但莲不停攻击，转眼间就被抓住了。艾莉在千钧一发之际救了他，但这次轮到艾莉了！
艾莉为了救莲而被卷入爆炸。在不安中等待情报的莲。这时临时新闻播出，宣布“艾莉殉职”。莲因自己害死了艾莉的创伤而深深消沉，变得无法战斗。对殉职这一信息抱有疑问的卡博士采取了果断的行动。
受到无法战斗的打击的莲。这时尤诺突然说要去回收从殖民地来的逃脱胶囊。乘坐逃脱胶囊的是艾莉！狂喜的莲。但逃脱胶囊的降落伞无法顺利启动，着水失败。胶囊中的艾莉一动不动。
成为新队长的汉娜，向政府强调了自己在“计划”中的重要性，让政府承认她继续演艺活动，并把罗德尼和汤姆当随从使唤。另一方面，在负地球汉娜发挥了超人的能力。而且，莲他们辛苦进行化学反应的元素被她轻易地抢走了！性格也超乎常人！
QEX出动地点耸立着像高层建筑一样的奇岩。从岩石上的洞中出来的正体不明的软体动物，把霍米和莲、汉娜和汤姆抓走了。要被当作幼虫的饵食。剩下的罗德尼和琪亚拉合作前往救助！那里有至今从未见过的QEX！
艾莉访问了出生故乡，但城镇因元素消失而消失了。决心协助地球团队的艾莉，带着感谢的心情为大家做饭。然而，那顿饭却……。卡博士向艾莉说明了自己关于元素消失原因的假说。艾莉对那个规模的宏大感到惊愕。
与无机生命体、石玫瑰QEX对峙。追踪移动繁殖的QEX到地底的殖民地团队。另一方面，地球团队按照艾莉的指示被要求在地面待机。结果，再次回到地面的QEX被地球团队攻击并成功回收。但在地下，殖民地团队发现了负地球本不该有的东西……
一度回收的石玫瑰QEX再次出现。似乎是因为组织中残留了一片碎片而再生了。莲他们轻松完成了回收。但这时出现了像大食蚁兽一样的生物，抓走了琪亚拉。琪亚拉被带到巢穴，差点成为孩子们的饵食。狼狈逃出的琪亚拉途中掉进河里被冲走。前往救援的莲和霍米，但霍米心脏病发作了。尤诺对想先回去的霍米说出了冲击的一句话：“不是三个人一起的话就回不去。”惊讶的莲和霍米。另一方面，琪亚拉被罗德尼救了。在那里两人发现了与反应堆边缘一模一样的金属片。
