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大宋提刑官
南宋端平元年，山洪暴发。山间一座荒冢被山水冲塌，坦露出一具佩戴着一枚前皇太子玉佩的无名尸骨，案情震动朝野；被百姓称为“独臂青天”的湖州知府曹墨，被御史王儒璋以五十万专银失踪而问以重罪，而曹墨明知被冤却不作申辩，贪银案另有蹊跷；经宋提刑验骨推断，尸骨身份被渐渐引向十八年前死于意外大火的前太子赵泱。而据皇室记载，赵泱当年遇难之后，明明是由宰相石开元亲自去湖州验明正身，并迎回皇陵下葬。为查明真相，宋提刑押上宋氏一家老少的性命，在皇陵动土开棺，果然验出惊天秘事——济王墓内的白骨，竟是一具怀胎十月的女尸！曹墨突然向王儒璋举报，侵吞五十万专银的正是户部侍郎李佑淳。可就在王御史赶到李府的当天，李佑淳却已割喉自杀；宋提刑到现场检验，确证李佑淳并非自杀，而是死于同僚的谋杀。宋提刑经过慎密的推理，发现了专银案和尸骨案有着必然的联系。为了寻找线索，英姑请命去湖州造访曹墨。不料当天湖州又发生一桩谋杀案：被害的虽然是宋嫂的丈夫，但种种迹象表明，凶手真正要杀的是隔壁的中风告老知府姜汝成。英姑顺藤摸瓜，揭露出本案真正的幕后指使者。而曹墨道出的一番肺腑之言，却令英姑震惊不已。
深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。
御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡我大宋吗”，随后中风倒地。
曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。
宋慈狱中夜访曹墨，宋慈告知曹墨玉佩为皇室之物，此案要上奏皇上，深查远究。户部尚书伍德告诉宋皇：不要因区区五十万缗鸿毛之案，乱了王朝安危的泰山之重。王儒璋深夜狱审曹墨，曹墨宁死不吐五十万缗真情，并要出狱三日，办完灾后之事，而后愿受朝廷罪惩。
一个皇室贵胄的遗体埋在荒山野外，在史册上应有记载，宋慈来到史馆查寻记载，让宋慈惊讶地是史册上的皇子皇孙生时卒年的史册却被人撤去了几页，还导致一位史官丧命。宋慈推断：这是一场蓄意谋杀。
宋皇决定让曹墨带罪去完成湖州灾后之事，曹墨皇街上跪谢圣恩。户部侍郎李佑淳告知伍德圣上放了曹墨，并不意味五十万缗专银案结案了。而是有着更大的案底会揭出。让伍德“小心”。宋慈来到天目山寻访当年的太子太傅阚愚直，宋慈将玉佩展示在阚老先生面前时，二十年没有言语的老先生唤出了一声：“起风了”。
英姑告诉宋慈这玉佩之案很可能是皇室相残之案，请他不要过深追查，而宋慈却坚定地说：此案是关大宋安危，不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，宋某于心何安哪。宋慈来到中风的姜汝成家，下药留钱给姜治病，他要让姜汝成醒来，揭开这皇室谜案。为了阻止宋慈不陷入皇室谜案中，玉贞搬来了婆母，可婆母却支持宋慈深查此案。宋慈在史官裴时安家看到了当年裴老史官抄下的皇子皇孙生卒时表，揭开了现今皇上不是先皇亲生之子的秘密。
宋皇认出那块玉佩是当年太子随身之物，并告诉宋慈当年太子已死于一场火灾中，可这块玉佩又怎么出现在一个荒山野外的尸骨上呢？那现在皇陵中的太子又是何人呢？宋皇深夜私进提刑司辨认太子尸骨，为了证实哪具是当年的太子尸骨，宋慈跪求开皇陵验尸。
根据大宋法律，惊动皇陵诛灭九族。宋母带全家数口受缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺结果。宋慈手捧尸骨告诉宋皇陵内不是济王尸骨而是一具怀胎十月的女尸，宋皇及众人惊呆了。宋家数口躲过了这场灭族之灾。
皇陵验尸使太子谜案大白天下。史官裴时安告宋慈此案可以终结了，可宋慈却从丢失的史册上血手印发现了新的线索和疑点，他认为太子失踪与史料被窃有着相密之联。于是，宋慈再进宫奏见圣上。
宋慈奏请圣上尸骨不能入殓下葬，济王如何致死，又怎么会埋在荒山野外，仍是未解之谜。宋皇告诉宋慈他已下旨为济王举行四十九天的皇家祭礼，他命宋慈在四十九天内查清济王死因，不然后果自负。
曹墨回到湖州办理灾后事宜。王儒璋私访湖州看到百姓赞敬曹墨之功德，他深感曹墨这样一位清官不可能贪吞专银，他决定去面见曹墨再查真由。王儒璋的门生邹少卿夜潜曹墨府，告知曹墨御史大人在湖州查专银案，请他小心行事。王儒璋晨访曹府，可曹墨却昨夜飞马进京了。
曹墨欲见圣上，却被御林军推出宫去。他来到提刑司面见宋慈，向宋慈讲述了：要想真正揭开济王生死之谜，只有让姜汝成开口说话。英姑将尸骨头颅偷出提刑司，请摸古先生鉴摸其骨，推测人像，结果使她心惊魂呆。此时，宋慈也用尸体的脚骨塑出一个与济王朝靴无法相配的“人脚”。
宋慈奏报圣上：尸骨不是济王，而是一位船夫，使宋皇大怒。他命宋慈在中秋月圆之日查清济王生死真相。济王生死之谜震惊了朝廷上下，就在此时，三朝老臣杜汝圭向刑部尚书讲出了当年奸臣废太子立现今圣上为帝的真情。
宋慈奏请圣上：三天内下旨于他去查济王生死案，可三天已快期近，圣上仍未下旨，宋慈焦急不安。英姑劝宋慈不要再查了，免得再引九族之祸。宋慈也准备三天期到没有圣旨，就辞职归故。伍德劝宋皇尽快下旨让宋慈查济王案，以便安稳众臣之心，并告圣上，宋慈有天大本事也无从查明真相，因为知情人已如同死人，这个人就是姜汝成。
宋皇下旨让宋慈在一个半月内查清济王生死案，如不能按期破案，将重罪惩办宋慈。王儒璋向圣上举荐曹墨为百姓楷模，重用其人。宋皇决定暗访湖州。
宋皇湖州密见曹墨，曹墨向圣上讲出了五十万缗专银被贪真情，为了朝廷之安他愿自己承担其罪，曹墨的忠臣之举深感宋皇，宋皇向曹墨点示了户部侍郎李佑淳被人参奏私心之重，并嘱咐专银之事，曹墨心领圣意，拜谢圣上走进御史府。
曹墨向王儒璋揭发了李佑淳吞贪五十万缗专银之事，王儒璋下令抓捕李佑淳，当官兵推开李府大门时，李佑淳已躺在血泊之中。王儒璋请宋慈现场验查李佑淳死因，宋慈却给一个不明不白的查验结果，使王儒璋大生疑惑。
吏、户、刑三部尚书都来到了李佑淳案发现场，并声称李是自杀，并将李佑淳行礼于他们的行为讲给了御史王儒璋。王儒璋在李府书房发现了用血写的“奏”字，他来到提刑司怒训宋慈为何不给李佑淳的死因下准确结论，并将血“奏”字交给宋慈。
王儒璋夜查李府案发现场，突然见李佑淳又转活“人间”，使他魂飞天外，原来这个“活李佑淳”是宋慈所扮。宋慈为王儒璋现场演示了李佑淳的案发经过，结论是他杀李佑淳，而现场是经过慎密的“设置”。
