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恋爱幕末男友～于时之彼方盛开之恋～
某一天，黑船从天而降—— 围绕着拥有“操纵时间之力”的传说秘宝“时辰仪”在京都展开的“须佐之男事变”，随着面具将军“无限斋”——吉田松阴的死去而落幕。 “我们还有该做的事情”。 高杉晋作在故乡的萩町替昔日恩师吉田松阴扫完墓，便与搭档桂小五郎再次回到了京都。 高杉竭尽全力要遵守恩师教诲，但在他身边的桂却是一反常态地若有所思…… 此时，随着大地发出巨响天空裂开，从「时空裂缝」中出现理应坏掉了的时辰仪。 拥有了“意志”的时辰仪，开始陷入失控状态！！ 然后身为命中注定的宿敌阻挡在他们面前的，是在上次的战斗中，失去副长土方岁三的新选组！！ 而从局长近藤勇口中得知，竟然出现了新的“无限斋”—— 是回复，还是改变？ “一定要让时间回到正确的流向”高杉坚定的决心，与“我一直有件事没法对你说”桂动摇的内心。 受到无法重来的命运（unresettable crisis）摆布，志士们的新故事开始了！！
“我们还有该做的事情。”高杉晋作和桂小五郎替吉田松阴扫完了墓。为了将操纵时间的密宝——时辰仪弄乱的时间流恢复原状，他们回到了京都。此时大地发出巨响天空裂开，从“时空裂缝”中出现了理应已毁坏的时辰仪。拥有了“意志”的时辰仪，开始陷入失控状态！而作为命中注定的宿敌阻挡在他们面前的，是在上次的战斗中失去了副长土方岁三的新选组！！从局长近藤勇口中得知，竟然出现了新的“无限斋”……
“最近在京都接连收到目睹‘鬼火’的情报。”高杉和桂寻找着消失的时辰仪，他们从同样在追踪时辰仪下落的德川庆喜那边，接下找出传言真相的委托。另一方面，重新统治巨城须佐之男、身边带着左右手神秘少年森兰丸的“第二代无限斋”，也让部下新选组去寻找时辰仪和鬼火的关系。为何新选组就算再次易主，也要为第二代无限斋效劳呢……在接二连三的混乱当中，空中再次出现时空裂缝！！一片火红熊熊燃烧的物体，它的真面目是……！？
坂本龙马告诉高杉和桂“在洛外的某个村子里，村民遭到来历不明的东西袭击接连丧命”。为了搜索时辰仪，桂在京都搜集关于离奇事件、超常现象的情报，他为了确认传言正打算前往村子调查，然而不知为何高杉却一反常态，态度消极。在龙马的推荐下，桂带上以藏前去。这组特殊搭档被卷入的不可思议事件，以及新的须佐之男十二将的真面目究竟是……！？
“如果土方先生出现的话，就狠狠揍他一拳吧。”新选组一番队组长冲田总司，回想起在须佐之男事变中消失的土方。新选组为了搜索时辰仪，再次与高杉他们对峙。此时，时辰仪从时空裂缝中现身了。冲田拿到时辰仪的瞬间，整个人头下脚上地被吸进了打开的大裂缝里！醒来的冲田所在的地方，是不存在巨城须佐之男的京都。而那里有另一个池田屋！“强制搜查！！”循着声音来源，他看见了土方的身影……
“我们结束侦察回来了！”德川家的御庭番阿霞和阿雹结束对巨城须佐之男的密探任务，今天也精神饱满地回到了庆喜他们身边。帝远远看着年纪还小、即使满身伤痕脏污却仍拼命完成任务的两人。某天，阿霞和阿雹对在附近游玩的孩子手上的金平糖十分感兴趣。帝为了她们两人，只身一人前往京都大街。她们担心帝于是追了上去。另一方面，在她们身后，晃动着新须佐之男十二将诡异的身影！？
“最近桂的样子怪怪的。”时辰仪的气息消失后，这阵子桂似乎开始独自调查时辰仪。高杉很在意他的行动，于是找龙马商量。高杉坚持要遵从亡师吉田松阴的教诲，和桂一起拿回时辰仪“让时间回到正确的流向”。然而那是否真是“正确”的事情呢。就在被龙马问到哑口无言之际，他们忽然感到有奇怪现象而到了外头。接着发现……他们周遭的时间停止了！！高杉提议趁此机会闯进巨城须佐之男。而他的目的是……
“如果就这样拿到时辰仪，让时间恢复原本的流向……”桂推测龙马是不是拿到了时辰仪，于是向龙马坦白了自己无论如何都希望比高杉早拿到它的原因。龙马即使明白桂的心情，还是彻底岔开了话题，然而他的手中却握着时辰仪。另一方面，晴明告诉高杉“时辰仪是我制作的”，时辰仪是怎样诞生的呢？为了确认真相，晴明用他不可思议的力量回到了过去，在那里的是年幼的帝和晴明……
“他打算用时辰仪做什么！”桂知道了龙马得到时辰仪的事。桂追问以藏目的为何，两人激烈交手。然而不一会儿，时辰仪启动并倒转了时间。以藏对龙马不把时辰仪当回事的态度感到疑惑，在两人发生小冲突之际，他们被时辰仪的光芒吞噬，看见了意想不到的未来。而感应到时辰仪气息的高杉，则逼问着持续做出诡异举动的桂。另一方面，庆喜透过山崎企图与近藤接触。对于未来，庆喜怀有深藏心中的炽热信念……
“他们两人是和我们很有缘的对手呢。”冲田与新选组等人发现了龙马与以藏的潜伏地点，无限斋也出现在那里。另一方面，为了不让时辰仪被抢走，龙马和以藏兵分两路，但却被无限斋和新选组逼入绝境。即使为了照顾倒下的山崎，庆喜也想赶紧救出帝而寻求高杉和桂的帮助，但两人仍未和好。在开始变得错综复杂的关系背后，近藤对得到时辰仪的无限斋所说的话是……
“阿岁……！”近藤看见眼前痛苦的无限斋，用怀念的名字呼唤他。然而出现在那里的森兰丸，却以对主人造反的罪名将其逮捕。另一方面，为了救出帝，高杉等人再次入侵巨城须佐之男。在地牢的更深处……等待着他们的是……捡回一命的以藏和龙马为了夺回时辰仪展开行动。然后，桂终于坦白说出一直藏在内心的想法……
“京都……消失了……？”须佐之男十二将等人消失后，出现在高杉他们眼前的是一片空空如也的荒野。此时，晴明说出了惊人的事实：巨城须佐之男竟然整座城飞到了过去！！高杉与再次现身的无限斋对峙。砍破的面具下是一张熟悉的脸……接着，巨城须佐之男在爆炸声中改变了形态。另一方面，坂本龙马注视着消失的巨城须佐之男遗迹，手中紧握着时辰仪……
“你别想继续向前走！”与巨神须佐之男合而为一的无限斋向巨椋池进攻。为了阻止他创造战乱世界的野心，高杉、桂、庆喜和新选组毅然决然挺身而出。即便受伤、倒下，也绝不改变意志！长久以来被无法重来的命运（unresettable crisis）所摆布的志士们，如今终于迎来尾声！围绕着时辰仪，众人各自的想法将导向的结局是——然后在那命运的未来，在新的时代里……
