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からくりサーカス
一位名为才贺胜的小学5年级学生，在父亲因事故去世后继承了庞大的遗产，生命也因此受到了威胁。就在此时，一位名为加藤鸣海的青年偶然与胜相遇，并决定向他伸出援手。 然而，追杀胜的并非人类，而是具备高超战斗能力的傀儡使们。就在两人陷入绝境的时候，一位操纵着悬丝傀儡的银发少女·白银突然出现，拯救了他们。 就这样，在日本相识的这三人开始被卷入多舛的命运齿轮当中——
由于父亲的事故死亡而继承了庞大遗产的少年·才贺胜。与那样的小胜偶然相遇的青年·加藤鸣海，决定向小胜伸出援手。然而，追杀着小胜的居然是具有强大战斗能力的傀儡师们。两人也在鸣海的不胜招架下而陷入了绝境。当小胜为了求救而发出呼喊声的时候，银发美女·白银出现在了他们面前。
在短暂的休息后，鸣海他们再次被傀儡袭击了。操纵着小丑型的悬丝傀儡·普尔契耐拉的杀手阿紫花英良袭来。白银则操纵悬丝傀儡·丑角迎战，而隐藏起来了的阿紫花的同伴向小胜袭去。
在受到多次袭击后，小胜终于被轻井泽给抢走了。为了救出小胜，鸣海和白银潜入了幕后黑手的小胜的叔叔·才贺善治的宅邸中。与此同时，试图从宅邸逃出的小胜，过程中发现了死去的父亲·才贺贞义所留下的录像带。
为了逃出善治的魔掌，以及改变曾经是爱哭鬼的自己，小胜下定了某个决心。过程中，与曾经顶上自己性命的阿紫花再次相遇的小胜，不但没有逃跑，反而向他提出要不要成为自己的同伴。与此同时，鸣海与白银被善治所雇佣的傀儡使逮到，陷入了走投无路的危机。
好几次从危机中拯救了小胜性命的鸣海，被宅邸的爆炸所卷入，变成了音讯不明的状况。小胜在背负着巨大悲痛感的同时，决定受鸣海的教导那样坚强地活下去，回到了日常的学校生活。另一边，为了保护这样的小胜，白银进入了小胜所就读的小学旁边的高中。
在轻井泽一事后再次恢复了意识的鸣海，发现自己在某个医院里的一个房间里。在那里，鸣海与爱好女色的男子·奇和老太婆露西尔。由于事故的冲击而丧失了记忆的鸣海，与在住院中的孩子们接触的过程中，看到自己身上的伤口正在不可思议地快速愈合着，觉得哪里不太对劲。
鸣海得知了ZONAPHA症的真相、以及散布ZONAPHA症的元凶·午夜马戏团这一存在。为了打倒夺走了孩子们未来的自动傀儡，鸣海决意要成为傀儡破坏者·白银。与此同时，与仲町马戏团一起行动的小胜与白银，遇见了神秘女性·葳璐玛。
新的伙伴·葳璐玛加入后的仲町马戏团，利用收集的演出资金，在伊豆准备迎接公演的开始。就在公演马上就要开始的时候，鸣海、奇、露西尔追着午夜马戏团的踪迹，乘上了开往上海的飞机。然而，他们在机内也遭遇到了自动傀儡，陷入了激烈的交战状态。
在与自动傀儡的战斗中负伤掉进了海里的奇，被仲町马戏团所救。令人惊讶的是，奇居然是白银的悬丝傀儡的师父。以与奇的相遇为契机而得知了白银内心的小胜，为了知晓自己出生的谜团而独自踏上了旅程。与此同时，到达了中国的鸣海与露西尔，在追寻线索的过程中鸣海与自己学习中国拳法的师父·梁相遇了。
梁所述说的过去的真相。曾经，有个都志于掌握炼金术的青年兄弟，他们的名字为金与银。他们都遇见了自己一见钟情的名为法兰西奴的女性。在三人之间的心意互相都没有传递到的同时，奇病·ZONAPHA症在法兰西奴所在的村庄爆发了。在得知真相的鸣海面前，被称为四大元老的自动傀儡之一·庞泰洛出现了。
一行人在中国发生了许多事情后，终于找到了午夜马戏团。地点在撒哈拉沙漠。为了消灭午夜马戏团，全世界的白银都聚集在了一起。鸣海在那里遇见了身体的一部分得以机械化的白银O们的首领·无脸，以及以沙漠地带为活动中心的法蒂玛。
在午夜马戏团的帐篷中，鸣海等人打倒了旋转木马·奥尔森、杂耍兄弟。接下来出现的是，其中一个通向法兰西奴傀儡所在房间的两扇门。鸣海等人打算兵分两路进行突破，然而每扇门后面都有新的敌人等待着他们。
随着他们在帐篷前进，鸣海等人终于见到了法兰西奴傀儡的身影。然而，要到达那里却要打倒四大元老。就在可萝碧准备袭击满身疮痍的鸣海的时候，以破坏法兰西奴傀儡这一点为目的而聚集在一起的诸多白银，团结一心保护起了鸣海。
在激战中同伴们一个个死去。鸣海自己也徘徊在生死之间。为了救活鸣海，罗肯菲尔特在对他进行着生死攸关的手术。与此同时，被与法兰西奴傀儡长得一模一样的安杰莉娜傀儡封住了行动的阿尔莱奇和庞泰洛也终于能够行动。就在形势越来越恶化的时候，继承了同伴们身体零件和想法的鸣海终于苏醒。
为了搞清楚自己出生的谜团，小胜一个人离开了仲町马戏团。他所前往的是，母亲曾经居住的公寓。想起了因母亲死后而被才贺家收养的小胜，却怎么也想不起父亲·贞义的相貌。而后在移动过程中想起了与祖父·正二的对话，决定前往自己开始决心改变的地方·机关宅邸。
在机关宅邸，小胜被袭来的黑贺村的傀儡师抓走。醒过来后，在他面前的是理应早已死去的祖父·正二。然而，祖父·正二却称自己为他的父亲·贞义，并对他抱以敌意。小胜被强制喝下了含有生命之水的正二的血液，再次体验了正二的记忆。时为天保。地点是长崎。当时的正二是镇上的医生。
小胜正在感受着正二的记忆。正二毫不犹豫地喝干了生命之水，决意要与安杰莉娜一起活下去。为了让自己能帮上白银的忙，正二努力研究悬丝傀儡。而安杰莉娜也与正二共结连理。某天，为了将正二制造的悬丝傀儡分享给全世界的白银，在露西尔的命令下从法国前来的名为汀·麦斯特的男子出现在正二面前。
正二与安杰莉娜的孩子·爱蕾诺出生。以爱蕾诺为契机，奇与法兰西奴傀儡的态度也在逐渐地发生变化，大家都感到非常的幸福。然而，这一切也都是短暂的，随着不详的机械声，黑贺村遭到了自动傀儡的袭击。
从记忆旅途回到现实的小胜，为了证明自己不是贞义，钻黑贺村众人的空子而从跑出了宅邸。就在这时，在到处寻找着小胜的白银也来到了黑贺村。然而，在逃脱奇的追杀过程中，小胜再次进入了正二的记忆。记忆中的爱蕾诺，没能完成安杰莉娜的心愿也喝下了生命之水。
将自己大脑的信息全部传输到小胜身上，然后再与爱蕾诺共结连理。这就是贞义的目的。得知了正二所有记忆的小胜，为未能实现自己愿望的许许多多的人流下了眼泪。即使如此，正二和奇还是认为小胜就是贞义。而奇也终于向小胜拔刀相向。就在这时，令人意想不到的是，黑贺村的一个人站了出来。他说起了连正二都未曾知晓的真相。
