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郑澈利用郑汝立事件大肆抓捕拷问东人党官员，郑彦信郑彦智等人落马。东人领袖李山海准备辞职退隐来躲避灾祸。柳成龙穿着白衣跪席恳求宣祖为了国家和百姓平息党争。宣祖感受到柳成龙的忠诚，承诺不再扩大打击东人官员。然而西人党却趁势掌握了朝廷实权。不久，宣祖在校场察看了鸟铳和弓箭两种武器的优劣。柳成龙献上了朝鲜自主发明的武器飞击震天雷。另一方面，宗义智回到日本后，向丰臣秀吉转达了朝鲜派遣通信使的条件。因对朝意见的不同，小西行长与加藤清正发生了争执。丰臣秀吉表示只要朝鲜协助日本攻打明朝，就不会侵略朝鲜。此时，丰臣秀吉的侧室夫人淀殿为秀吉生下了儿子鹤松。丰臣秀吉非常高兴。在庆祝儿子诞生的时候，秀吉过去的敌人柴田胜家的余党突然刺杀秀吉，但被加藤清正阻止。而在朝鲜，宗义智把朝鲜叛徒沙火同交给了朝鲜朝廷，希望朝鲜能尽快派遣通信使赴日。而一同来朝的日本间谍却打探到了飞击震天雷这种武器的情报。
沙火同交待了日本细作潜伏朝鲜的情报。柳成龙凭借此情报，派出申砬将军去捉拿间谍。柳成龙和申砬识破了金蝉脱壳之计，终于在济物浦击毙了日本细作，夺回了飞击震天雷的设计图。宣祖因此决定向日本派出通信使。与此同时，日本小田原城的大名北条氏政叛乱，丰臣秀吉调动兵马平叛。秀吉表达了日后利用小西行长侵略朝鲜的想法。因为通信使问题，西人党利用日本细作的事件，发起公论企图将柳成龙赶下台。宣祖被朝臣党争气得病倒，引起了王子临海君的不满。不料宣祖却偷偷派人将西人党的谋士宋翼弼抓获，并斥责了郑澈发动党争的行为。而柳成龙却在此时明白，当初利用郑汝立事件打击东人党的幕后黑手竟是宣祖本人。
柳成龙质问宣祖为何要利用郑汝立事件杀害那么多无辜的官员和儒生，宣祖表达了他想维护王权反对臣权的想法。因为对权力问题看法不同，柳成龙和李山海发生了矛盾。然而，关在牢内的宋翼弼向郑澈献计，企图拥立世子夺取宣祖的王权。尹斗寿认为应该拥立光海君为世子。另一方面，抵达日本的朝鲜通信使黄允吉金诚一被告知无法面见日本国王，只能面见关白丰臣秀吉。而丰臣秀吉也击败了北条氏直，回到京都接见朝鲜通信使。小西行长和宗义智买通译官，企图调和接见使臣的沟通问题。丰臣秀吉在接见时戏弄了通信使，引起了金诚一的极度不满。东人党与西人党决定和解。双方首脑在妓院商讨时，宣祖竟然微服私访至此。
宣祖警告李山海郑澈等人不许再搞党争，这反而坚定了西人党要拥立世子的想法。宋翼弼认为要拥立世子必须得到东人党的协助。而为了平衡两党势力，宣祖任命柳成龙兼职吏曹判书。另一方面，去日本的朝鲜通信使被滞留在大坂。丰臣秀吉准备了一封傲慢的国书交给了朝鲜使臣，遭到了金诚一的激烈反对。小西行长对国书略作修改并歪曲原意糊弄通信使，终将他们送回朝鲜。黄允吉散播了日本可能侵略朝鲜的消息，引起了朝鲜国内的恐慌。西人党想利用这个机会奏请宣祖册封世子，并要东人党共同上书。李山海假意答应郑澈，却背地找宋翼弼识破了他的计谋。之后李山海通过金公谅让金贵人去阻止宣祖建储。朝堂上，郑澈带着柳成龙正式奏请宣祖册封世子。
柳成龙拒绝协助西人党奏请册封世子。宣祖则因为建储问题恼恨郑澈，金贵人则点出了郑澈真正的阴谋。没有东人党协助的西人党集体出动奏请册封世子，仍然被宣祖拒绝。而在日本，丰臣秀吉表示了一定要侵略朝鲜的决心。琉球国王子出使日本，遭到了秀吉的训斥，被威胁向日本朝贡。而小西行长则打算伪造国书欺骗朝鲜以避免战争爆发。另一方面，朝鲜朝廷为了加强军事防备，准备提拔一批将领。柳成龙举荐了李舜臣，却遭到了西人党的反对。郑澈诬蔑李舜臣向柳成龙行贿。尹斗寿前往调查柳成龙的家，在读了李舜臣母亲的信件后，终于证实了李舜臣和柳成龙的清白。为反击西人党，李山海则上疏弹劾郑澈，让宣祖趁机调整了朝廷人事。通信使黄允吉金诚一晋见宣祖，但因意见矛盾在朝堂上争执了起来。
通信使为了日本是否侵略朝鲜一事在朝堂上争执，也没有得出结论。朝廷大臣则询问书状官。书状官讲述了他在日本遇到南蛮人的事情。柳成龙微服南下，视察下三道百姓的情况。下三道百姓因为倭变引起恐慌，纷纷北上逃难，并表达了对国王的不满。同时侨居在釜山倭馆的日本人陆续回国，但有间谍来到了朝鲜。在日本，感慨弟弟秀长之死的丰臣秀吉表达了要学习成吉思汗征服大陆的野心。鹤松突发疾病，刺激了秀吉加快侵略朝鲜的步伐。他强迫全国领主在一年内修筑侵朝基地名护屋城。而在明朝，兵部尚书石星听取了商人朱均旺关于朝鲜和日本联合侵略明朝的情报。但是沉迷于酒色的万历皇帝却对此一笑置之。柳成龙对朝鲜南海岸的防御状况感到担忧，对宣祖如实汇报了倭变带来的民心混乱状况。李山海为安抚民心反对过分担忧倭变。宣祖则宣称只要日本胆敢侵略朝鲜，他就要征服日本。
宣祖表示要讨伐日本，意图稳定民心。朝鲜朝廷一方面整顿军备，另一方面抓捕倭变的造谣传播者。柳成龙根据丁亥倭变的教训提出了新的防御思路，遭到了申砬李镒的反对。而在日本，小西行长伪造国书企图说服朝鲜避免战争。没想到宣祖却把宗义智送来的国书给烧了。丰臣秀吉不怒反喜，认为找到了侵略朝鲜的名分。小西行长见战争无法避免，便推荐德川家康出任前锋。在朝鲜，很多百姓都在逃兵役。柳成龙亲自前往查看，遇到了一些因为逃兵役而杀害士兵的百姓。虽然柳成龙说服了这些百姓，但他们还是被官兵杀死了。宋翼弼一针见血地指出宣祖整顿军备的真实目的是保住他自己的地位。郑澈召集全体西人党再次奏请册封世子，却惹来宣祖震怒。李山海趁机奏请宣祖除掉郑澈。
宣祖派人到郑澈家抄家，并把郑澈软禁了起来。金贵人试探光海君和临海君，发现光海君深不可测的内心。李山海奏请宣祖将郑澈处死。柳成龙得知此事后坚决反对处死西人党首长。李山海和柳成龙因此结怨，东人党也分裂为北人党和南人党。宣祖夜访郑澈，回忆往昔，最终饶了他的性命。然而西人党官员还是从朝廷被清洗了出去。在日本，丰臣秀吉准备亲征朝鲜，前田利家出面阻止了秀吉。秀吉之子鹤松突然去世，秀吉悲痛欲绝，下令召集全国领主尽快侵略朝鲜。朝鲜准备派使臣去庆贺万历皇帝寿辰，大臣们在争论是否该把日本准备侵略大陆的事情主动告知明朝。此时传来了庆尚道发生民乱的消息。
李山海认为民乱爆发的原因是修筑防备倭变的城池引起百姓过度的劳役。金诚一也上书希望宣祖能停止筑城的劳役。柳成龙极力反对，认为倭变的可能性非常大，并提出要向两班贵族征税。然而宣祖还是停止了百姓筑城的劳役。万历皇帝接见朝鲜使臣，指责朝鲜没有及时把朝日通使之事汇报明朝，并要求朝鲜停止军事训练。丰臣秀吉进行侵略朝鲜的战争部署，任命小西行长统帅先锋军队。而小西却希望借此机会再和朝鲜进行外交接触。宣祖收到了被明朝指责的消息，愤怒之余将事件责任推到了柳成龙头上。柳成龙准备辞职，被李恒福阻止。为筹备军布建造战船，柳成龙拜托兵判洪汝淳，却遭到拒绝。李德馨调查发现了洪汝淳与金公谅贪腐的问题，靠这个把柄从金公谅那里拿到了军饷。宣祖却突然提出要废除水军。
宣祖提出要废除水军，遭到了柳成龙的强烈反对，宣祖一怒之下将此事交予备边司会议讨论。会议上，柳成龙李德馨李元翼等南人一派与兵判洪汝淳申砬等人展开激烈的辩论。北人首脑李山海居然赞同柳成龙的意见，斥责了洪汝淳，并上书宣祖反对废除水军。宣祖单独召见洪汝淳，对李山海对抗王权一事非常不满。在日本，加藤清正与小西行长两军对抗训练，其后小西与加藤还单打独斗比武，最终加藤赢了小西。秀吉在得知朝鲜准备废除水军一事后非常高兴，开始加快战争进程。北政所夫人拜托前田利家，让他劝秀吉收秀次为义子。作为未来的继承人。秀吉明白北政所的野心，决定让秀次担任关白负责内政，而秀吉则自号太阁掌握兵权。在明朝，宁夏蒙古人发动叛乱，万历皇帝满不在乎，让石星自己去调兵平叛。而在朝鲜，申砬考察军队，却发现士兵训练非常不合格，便惩罚了军队长官。宣祖请李山海下棋，警告他不得对抗王权。宣祖下令水军禁止建造龟甲船，遭到了李舜臣的反对。柳成龙因此被召进宫，受到了宣祖的斥责。
宣祖因为李舜臣私自建造龟甲船一事大发雷霆，柳成龙表示建造的经费没有用朝廷的钱。宣祖认为自己只是为了维护王权，并非置百姓于不顾。然而宣祖在读了李舜臣的上疏后决定同意建造龟甲船。在日本名护屋，丰臣秀吉召集各地军队准备出征朝鲜。对马岛因为没派兵，所以宗义智遭到了秀吉的审问。之后宗义智只能无奈让老弱妇孺充作军力。加藤清正处决了一名与妻子团聚的逃兵，引起了他的部将沙也可的不满。琉球国密报日本侵略的消息给明朝，激怒了万历皇帝。石星劝万历帝先平定哱拜之乱再说。宣祖亲耕礼，预祝今年大丰收。整个朝鲜沉浸在和平中，对即将到来的战争毫无准备。而丰臣秀吉已经集齐了全部的军队，发表宣言要征服大陆。宗义智偷偷潜入朝鲜通报战争到来的消息，但仍然没有引起朝鲜的警惕。宣祖和北人党还试图抓捕宗义智。这导致小西行长下定决心征服朝鲜。终于日本大军浩浩荡荡向朝鲜半岛进击。
1592年4月13日，日本大军抵达朝鲜釜山镇。釜山镇的守军开始没有预估到日军到规模，后来才发现他们是日本本土的正规军。釜山镇佥使郑泼领兵守城。日军使用鸟铳，很快攻破了城门，进入釜山镇后大肆屠杀。郑泼力战而亡，庆尚左水使朴泓烧毁粮草后逃跑。小西行长只用了半天时间就占领了釜山镇。战争消息传到朝廷，宣祖深夜召集众大臣商议。李山海坚持认为倭寇规模不大，而柳成龙认为日军必有更多军队攻过来。备边司会议决定派申砬和李镒率兵南下抗敌。然而很多儒生却要准备科举考试，不愿参与战争。金公谅认为倭变问题不大，劝金贵人无需担忧。而光海君此时却提出重用西人官员。小西行长劝东莱府使宋象贤投降，遭到严词拒绝。东莱城很快被攻破，宋象贤战死。丰臣秀吉想去朝鲜，被前田利家阻止。加藤清正不满功劳被小西独占，决定立即带兵前往朝鲜。兵曹判书洪汝淳调兵不力，终被罢免。战争的紧急情况令宣祖心痛不已。
宣祖因战争的消息气急病倒，但仍然带病上朝，并要求逮捕金诚一。申砬决定召集军队与日军决战，临走前却有不详之兆。小西行长屠杀朝鲜百姓，恼恨无法直接去与朝鲜官员会谈。大邱守军惧怕日军竟然自行逃跑解散。宣祖听从柳成龙建议无奈让金诚一复出召集百姓从军。加藤清正率领第二军登陆朝鲜，向汉阳进军。小西行长攻打尚州，而驻守汉阳的李镒丝毫没有警惕，被日军打了大败。丰臣秀吉对小西的表现很满意，而小西却密信石田三成准备与朝鲜议和。宣祖对战事不利感到心痛，柳成龙和众大臣奏请册封世子稳固国本。宣祖无奈只能同意。然而临海君和金贵人却无意这个战乱时期的世子。李德馨作为使臣被派去与小西行长议和。申砬不听从李镒的劝告，放弃了有埋伏优势的鸟岭。最终申砬的军队与小西行长的军队在弹琴台展开决战。
申砬率军在弹琴台与小西行长大战，然而朝鲜军队的兵力不如日军，武器更不如对手。最终申砬的骑兵部队被小西军的鸟铳军队击败，申砬跳崖身亡。消息传回汉阳，朝廷大为震动。宣祖连夜召集众臣商议。宣祖打算离开都城，遭到了柳成龙李元翼等南人党的反对，而李山海却希望宣祖尽快播迁。宣祖下令备边司准备播迁。大小官员集体跪在宫外恳求宣祖不要播迁。同时，日军入侵和宣祖播迁的消息引起了朝鲜民间剧烈的动荡。小西军伤亡巨大，加藤清正想趁机抢先一步。不料加藤部将沙也可叛变，令加藤军遭受损失。小西军和加藤军在忠州会师，准备进军汉阳。日军捷报传回日本，丰臣秀吉大喜，开始考虑征服朝鲜后如何统治朝鲜。在朝鲜，都城的守军都逃跑了。眼看着都城无法守御，兵判金应南带来了勤王军队进京的消息，而宣祖却仍然坚持播迁。
宣祖坚持要播迁，与柳成龙发生了激烈争吵。为取得臣子们的支持，宣祖立光海君为世子。宣祖甚至假意要让位给世子，逼迫柳成龙同意播迁。小西行长与加藤清正互相争功，都想先一步攻取汉阳抓获宣祖。宣祖召见尹斗寿，再次起用了西人官员。李恒福提议请明朝援军。宣祖带领王室和臣子冒雨离开汉阳，任命柳成龙为留都大将。百姓们不愿意君王离去，阻挠御驾。一些百姓愤怒宣祖抛弃百姓，竟然闯入王宫，纵火焚烧。都城陷入混乱之中。逃亡中的宣祖茶饭不思，尹斗寿劝宣祖振作起来。在日本，丰臣秀吉得知明朝宁夏之乱的消息，非常高兴，认为这能阻止明军援助朝鲜。而前田利家却认为要提防女真族的努尔哈赤。宣祖和众大臣商议逃往开城。朝廷三司弹劾李山海，宣祖打算利用这个机会让李山海背黑锅。小西行长占领汉阳，恼恨宣祖逃跑。宣祖召开朝会，不但罢免了李山海，更罢免了柳成龙。
柳成龙与李山海被赶出了朝廷。这时李德馨传来了汉阳沦陷的消息，宣祖决定再次播迁。宇喜多秀家下令小西行长停止进军。加藤清正气愤小西行长争功，却又无法追击朝鲜朝廷。小西行长给朝鲜百姓分发粮食收获民心。沙也可率军向朝鲜军队投降，令朝鲜人震惊不己。柳成龙坚决反对宣祖再次播迁，与尹斗寿发生激烈冲突。宣祖召见柳成龙，给他看了全罗监司李洸的军队逃跑的消息，表达了坚决播迁的意图。在日本，丰臣秀吉得知了宣祖逃跑的消息，准备继续进军攻打明朝。石田三成希望秀吉再等一年出兵明朝，引起了秀吉的震怒。宁宁刁难淀殿，遭到了秀吉的训斥。在明朝，万历帝表示一定会册封郑贵妃之子朱常洵为太子。石星通报日本侵略朝鲜的消息，万历帝让石星派使臣去朝鲜打探情况。在朝鲜，宣祖没有继续追究李山海的罪责。朝鲜朝廷离开开城前往平壤。柳成龙顺便带上了火炮工李长孙。在全罗左水营，尽管兵力不足，但李舜臣将军依然誓师要击败倭军。
李山海嘱托柳成龙一定要发动百姓的力量抗击日本。柳成龙换上白衣跟着宣祖。宇喜多秀家在汉阳召集日军将领开会。小西行长、加藤清正和毛利吉成分别被派去攻略平安道、咸镜道和江原道。朝鲜朝廷收到了沙也可投降的消息。尹斗寿和洪汝淳认为这是日军的诈降。光海君却相信沙也可。柳成龙认为要通过沙也可学习鸟铳技术。李舜臣水军试验火炮，在几场海战中都击败了日军。日军震惊，在得知朝鲜军尚存大量兵力的前提下，决定先发制人攻打平壤。朝鲜朝廷集结了大量军队在临津江防御线，准备在平壤与日军决一死战。李山海告诫女婿李德馨一定要好好辅佐君上保卫国家。都元帅金命元被任命防守临津江。副元帅申恪擅自出击日军被金命元弹劾。宣祖下令处决申恪。然而申恪却击败了日军。宣祖赶紧下令收回处决令。可为时已晚，申恪被斩。韩应寅被任命为新的副元帅，与金命元甚为不合。李舜臣击败日本水军的消息传到日本，丰臣秀吉要求石田三成立刻去朝鲜对付李舜臣。宣祖给百姓分发粮食，发誓要在临津江之战击败日军。柳成龙却认为临津江之战不容乐观。
柳成龙认为临津江朝鲜防守军队的指挥权会有问题。宣祖则把军队全权交给了韩应寅。加藤清正企图擅自调兵攻打临津江。宇喜多秀家无法阻止，便让小西和加藤一起攻击朝鲜军。韩应寅执意要急攻日军，处死了反对他的李珏。柳成龙听说了义兵的消息，感到欣慰。义兵首领郭再祐率军突袭日军粮草部队，获得胜利。归顺朝鲜的沙也可也跟随郭再祐。郭再祐号召更多的朝鲜百姓加入义军。在日本，丰臣秀吉了解了日军在朝鲜的战况。小西行长献上了朝鲜八道完全地图。秀吉要石田三成去朝鲜统军建城。在临津江，加藤清正与韩应寅两军对峙，大战一触即发。郑澈被召回朝廷，李洸的勤王军也抵达了汉阳。小西行长要加藤清正先退兵，加藤竟然同意，实质是要引诱朝鲜军出击。韩应寅果然中计，率兵出击，结果遭致大败。朝廷大臣却忙于推卸责任。宣祖准备要离开平壤继续北逃。柳成龙却给朝廷带来了玉浦海战胜利的消息。原来不久前李舜臣指挥全罗道水军在玉浦击败了日军藤堂高虎的水军。
宣祖嘉奖李舜臣胜战的功劳。石田三成到达釜山，部署对平壤城的攻击和对汉阳的防御。宇喜多秀家派胁坂安治在龙仁迎击全罗道的勤王军。勤王军将领李洸不听权栗的建议，结果在龙仁被日军击败。宣祖召开备边司会议商讨对策。柳成龙李恒福认为要请求明朝派援军，遭到了尹斗寿郑澈的强烈反对。柳成龙会见明朝使臣林世禄。林世禄认为日本和朝鲜同谋侵略明朝。柳成龙亲自带林世禄前往前线，探查日军实情。郭再祐率义兵再次击败日军，宇喜多大怒。宣祖同意向明朝求援。李德馨会见玄苏进行和谈，却没有谈拢。宣祖决定离开平壤继续播迁。平壤百姓暴动，围攻准备播迁的王室和朝廷。柳成龙出面劝退了这些百姓。宣祖派李德馨到明朝求援。尹斗寿则留下坚守平壤。李舜臣部署下一步的海战，并拜托百姓帮他收集朝鲜各地的情报。丰臣秀吉强令小西行长继续进军，而此时朝鲜军队偷袭了小西的军营。小西在追击朝鲜军的过程中发现了突袭平壤的捷径。林世禄告诉柳成龙，明朝辽东副总兵祖承训很快便带援军过来。然而平壤城却已经被日军攻破了。
