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石纪元
在好不容易成为石神村的村长后，千空终于有了足够的人手来发展科学，而科学王国与司帝国之间的开战时刻也一天一天的逼近，幻从莉莉安的唱片想到了一个能无血开城的计划，一场人类科学之力对决人类原始之力的冲突即将展开……
石神村即将对司帝国发动冬天作战，为了帮村民占上风，千空开发便利的产品：太空食物。
琥珀没抓到焰，千空于是尝试更为闪亮的方法。焰发现阿铬一行人的目的地，脱身前去拦截他们。
大树和杠总算透过手机与科学王国联络，但有人正在监视他们。阿铬一行人争论如何从羽京手下逃走。
妮琪说明司的左右手之一可能会是千空实行策略的最大阻碍。另一方面，阿铬向敌人投降。
村民制造出以蒸汽为动力的交通工具，出发去救阿铬。大伙计划营救任务前，西瓜先一步前去侦察。
司预料千空一行人会发动攻击，派出曾是警察的阳加强周遭防御。另一方面，阿铬设法搜集逃跑所需的材料。
幻继续模仿莉莉安，神奇的现象成功吸引更多司的人马加入千空一方。然而即使是如此逼真的模仿，也没能骗过羽京。
奇迹洞窟外，千空军对司的阵营发动奇袭，在敌人重整旗鼓之前，他们只有20秒的时间。
司与冰月加入混战，开始逆转战局。千空在洞穴中努力制作化学武器，但他还需要一项材料。
多亏了复活液，司得以与妹妹重逢。千空一方正准备收拾装备回到营地，阿铬却发现某样物品不见了。
战争终于结束，千空与伙伴们下定决心要建立全新的科学王国。千空努力设法挽救司的性命。
