...
石纪元
从石器时代到现代文明，跨越200万年的科学史！在宝岛上的激烈战动结束，千空一行人平安无事地回到科学王国。使用得到手的石化装置，成功让进入冷冻睡眠状态的司复活，司也成为科学王国的同伴了！接下来，千空一行人为了阻止位于「月球」根据地让人类石化的幕后黑手「WHY人」，而以前往月球为目标！话不多说，为了从全世界收集打造太空船的材料，千空一行人乘着珀耳修斯号奔向大海。制造复活液需要大量的玉米，因此第一个目的地，就是美洲大陆。勇气、结束、科学力量，挑战这一切的大航海计划前方，另千空等人动摇的威胁正等着他们！终于，千空一行人的冒险，将扩大至世界以及外太空！为了拯救人类的未来，千空与同伴们一同尽全力开拓科学之道！在这个石之世界，从零开始打造太空船的大计划开始了！
在宝岛上的激烈战斗结束，千空一行人回到科学王国。利用到手的石化装置复活了司，他也成为科学王国的同伴。接下来，千空一行人以前往石化元凶WHY人发信源的月球为目标，启动「月球表面着陆计划」。为了在世界中收集太空船的素材，搭乘珀耳修司号奔向大海。然而，前往美国的旅途中，千空和龙水对于驶向哪个航线有很大的分歧！究竟该采取哪个航线，居然以抽牌对决来决定！
千空VS龙水以扑克牌对决决定航海路径，千空以漆孤注一掷获胜，最后决定走难度100%最短路径前往美国。辛苦的航行之旅，需要一点娱乐！经龙水的提议，船上诞生了赌场。法兰索瓦则为了宾客提供特调鸡尾酒，「法兰索瓦酒吧」就此开店，让船员们尽情享乐。此时，松风想起过去罪恶元凶石化装置的回忆……
经过了将近40天的辛苦海上船行之旅，倾尽科学航海术和团结之力，珀耳修斯号终于抵达美洲新大陆。千空一行人亲眼见证失去过去辉煌文明的美国现况，重新下定决心，一定要解救全世界的人类。话不多说，千空一行人顺着沙加缅度河，寻找重要的复活液材料玉米；到了夜晚，点起诱蛾灯持续探索时，司感到一股强大的杀气……！
科学王国一行人终于踏上美洲大陆。千空他们正靠着黑暗的诱蛾灯来寻找玉米，此时司在黑夜中感受到强烈的杀气！突然间，不知被何人以机关枪袭击！靠着司的超反应和龙水的机智，好不容易逃过最危险的状态，却也因此确定，在美国有个超高科学力量的人复活了。隔天早上，再次出现的敌方，祭出更令人惊讶的科学武器，威胁着千空一行人！
千空一行人被在新大陆上拥有高度科学力量的复活之人所袭击，为了找出敌人的大本营，幻自愿成为间谍潜入敌人城里。在那里遇见敌人的首领、科学家Dr.赛诺，并受到他的质问。赛诺通过无线电波和千空一行人取得联系，并靠着幻提供的假情报，要求和大树对话。紧张刺激的交涉就此展开！另外，千空一行人为了准备即将与赛诺军队决，正尝试升级珀耳修斯号！
为了对抗赛诺军，千空一行人开始执行珀耳修斯号的「航空母舰大改造计画」。就在快速进行改造船只工程的同时，也组成了一支为了绑架敌方领袖赛诺的特殊部队，司一行人往敌阵方向前进。另一方面，赛诺将暗杀Dr.大树的任务交给总司令官史丹利，而他则让露娜以间谍的身份混入珀耳修斯号。从露娜说漏嘴的情报中得知，千空与赛诺之间的惊人关系！
千空从露娜口中得知，名为赛诺的男人，是他的科学恩师。在千空还是小学生时，就寄了一封mail给世界中各大科学机构，而愿意回信的只有NASA的科学家Dr.赛诺。科学少年千空，因赛诺热爱科学的话语，获得了力量；而赛诺也乐于和年轻科学家交流。然而，就在数年后，赛诺诉说着想藉由科学的武力成为独裁者的愿望……
曾透过科学成为师徒的赛诺与千空，两人同时从石化中苏醒，并在各自所处位置发展科学。复活后，赛诺以制造科学武器为目的，打造城堡、成为引导世界的独裁者。而如今，枪法了得的史丹利听从赛诺的指令，狙击科学王国的领袖！身为间谍的露娜，在船内寻找目标，并传递讯号给史丹利……
赛诺发现科学王国的领袖曾是自己徒弟的千空，但即使如此，赛诺仍命令史丹利狙击千空。珀耳修斯号陷入混乱期间，千空被史丹利射杀！在千钧一发之际，千空透过防御虽受了重伤，但仍保有一口气。大树拜托曾是医学系生的露娜医治千空。此时，观察赛诺城的阿铬一行人，开始计划如何捕捉赛诺。
为了潜入赛诺的城内，阿铬一行人打算挖掘秘密地道。科学师阿铬代替被狙击，正在生死之际的千空，自行想出挖掘地道的钻地机。另一方面，大树拜托露娜治疗千空，但露娜身为赛诺方的间谍，却对千空抱持着特别的情感。就在此时，赛诺威吓科学王国的秘密兵器完成了……
科学VS科学，以双方首领为目标的速攻终于开始了！对上拥有强大科学武器的赛诺军团，千空一行人把珀耳修司号升级程航空母舰！伤势刚痊愈的千空，和龙水一起搭乘飞机，向史丹利挑战空中缠斗。激烈的空战不断扩大，赛诺军偷偷开发的巨大秘密科学兵器，逼近了在船上的松风一行人！
天上、地上、水上全面开战，科学王国之间的压制战越演越烈。千空和龙水在空战中不断与敌军空中缠斗；水面上赛诺军团的巨大潜水艇则开始袭击珀耳修斯号！在看似无法挽回的战况下，阿铬等人抓到了赛诺！他们偷偷挖掘隧道，执行潜入赛诺城堡的计划，抓到赛诺后，让赛诺和阿铬一起从隧道逃脱。此时，千空来到曾是他的科学师父赛诺身边……
在与赛诺军团的战斗中，千空一行的科学王国失去了对珀耳修司号的控制。然而，千空的伙伴克罗姆等人成功捕获了赛诺。随后，千空将玉米城托付给妮奇等人，一边躲避斯坦利的猛烈追击，一边前往石化光线的发生地——南美。为了揭开石化光线以及月球之谜，千空决定与昔日的科学导师赛诺携手合作！地球上最强的两位科学家，携各自的智慧，共同逼近那道诡异光芒的真相……！
千空与赛诺这两位科学家合力推理出石化光线的发射源，一行人立即动身前往目标地点，开启了他们在亚马逊展开的冒险与寻宝之旅！然而，为了摆脱使用超高速航母逼近的斯坦利部队，他们必须赶紧就地补充木材作为燃料。在大树彻夜不停地伐木时，夜空中却突然浮现出神秘的文字，还出现了一个人……！
千空一行人一边前往位于南美洲的石化光线发源地，一边全力逃离史丹利的追击；途中让天才地理学家雀儿喜加入，并以最短路径前往目的地！最优先需要的是，拥有横越亚马逊森林能力的「机车」；千空一行人为了争取时间获得必要材料「橡胶」，对史丹利一行人展开诱敌作战……！为了突破VS史丹利的包围网，千空一行人全力挑战以惊人速度制作机车！
千空一行人以研究室车诱敌作战对付史丹利一行人来争取时间，获取制作机车必须材料橡胶，所有成员同心协力，以最快的速度完成6台机车！甚至顺利躲过斯坦福部队的追击，成功在突破包围网战斗中获得胜利！与此同时，千空传讯息给位于玉米城市的妮琪一行人，传达分解石化装置的构造。他们叫醒了能够进行分解工作的技师，终于要揭开石化装置的秘密了！
千空拜托妮琪他们解析石化装置的机关。唤醒王牌钟表技师乔艾尔，确认了石化装置的能源来源。另一方面，为了躲避史丹利他们的最后猛追，千空一行开始制作索道。一行人齐心协力，挑战生死攸关的翻山越岭！接着，千空带领大家穿越严酷的亚马逊密林，等待他们的是令人震惊的景象——
千空一行人穿越南美洲极限路线，终于抵达石化光线发射原点；那里沉睡着大量的石化装置，景色既凶悍又美丽，令琥珀一行人感受到从数千年前撒落的敌意气息。千空得到大量早已用尽能源的石化装置，迅速和赛诺一同作科学分析！另一方面，斯坦利部队逐渐逼近……
妮琪一行人接获千空传达的命令，挑战制作石化装置能源的钻石。众人齐心协力，在没有科学家的情况下，从零至做出了钻石！另一方面，千空一行人为了打造超合金城镇，目标前往拥有丰富稀有金属，被誉为「石之圣域」的巴西都市——阿拉沙！然而，接获赛诺秘密通讯的史丹利部队，为了先抵达那里而做出了行动……！
即将面对和史丹利的最后决战，千空一行人筑起了石化装置要塞，正拼命让最后一丝希望的王牌石化装置重新启动，史丹利部队登陆阿拉沙。西瓜和法兰索瓦欲传递消息给千空时，陷入了危机……！察觉到事态严重的琥珀、司、冰月等三人，为了阻止史丹利部队，挺身加入决死的游击战！
