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この世の果てで恋を唄う少女YU-NO
主人公·有马拓也幼年丧母，身为历史学者的父亲也在两个月前因事故去世。 在各个方面都失去了活力的高中最后的暑假。某天，他收到了装有镶嵌着用途不明的圆镜和玻璃珠的奇妙物体的小包裹。一起送来的信中有着令人想到父亲还活着的内容……？！ “今晚10点，带着这个东西到剑之岬（三角山）来。” 他按照指示前往那个地点，却发现神秘的女性倒在那里。而且，那里还有学园长和神秘转学生的身影。 一瞬间，随着大地的轰鸣，他被光所包围……。 前往并列世界的旅程，由此开始了。
主人公·有马拓也在两个月前失去了自己的父亲，在生活的各个方面丧失了活力。就在这样的某天，他从应该死去了的父亲那里收到了神秘装置和一封信。“收集宝玉，然后今晚10点到剑之岬来。”按照指示来到了剑之岬（三角山）的拓也却……
在剑之岬所发生的事情，拓也来到了除了他以外谁都不知晓的世界。拓也也逐渐开始理解平行世界和反射器装置。就在这时，继母·亚由美，有盯上她手中秘密的人袭击了她。拓也使用反射器装置，打算救出亚由美……
帮助了遭到袭击的拓也和亚由美的，竟然是丰富。总算是得救了的拓也和亚由美。与此同时，因为在剑之岬所发生的神秘事故，吉欧科技公司也遭到了激烈的工程反对运动。工程负责人的亚由美被慢慢地逼上了绝路……
拓也非常担心被逼上绝路的亚由美。出现在这样的拓也面前的是自称为记者的名为朝仓香织的人物，并向他提出了能够拯救亚由美的交易。而拓也在学校接到了吉欧科技公司的人所打来的确认亚由美的所在处的电话。心生不安的拓也赶回了家中，在那里他看到的是……
拓也为了拯救亚由美而无数次使用反射器装置穿越着平行世界。然而他却丝毫不能阻止悲剧的发生。看似走投无路的拓也，突然想起了与香织之间的交易。然后拓也来到了香织的所在处……
拓也总算是停止了亚由美身上悲剧的螺旋，为了找到亚由美是清白的证据，和香织一起侵入了吉欧科技公司。拓也在吉欧科技公司的中枢区域所看见的是……
证明了亚由美的清白，并成功解救了她的拓也，由于混沌矫正的作用下而再次前往了新的平行世界。拓也与澪、结城一起来到了有着作祟骚动传言的地点·龙藏寺的住宅中。而后龙藏寺提出了要与拓也两个人谈话……
在父亲·岛津市长的安排下澪要突然转学到国际学校去了。留在这座城镇的所剩无几的时间里，澪为了解开三角山的谜团而卯足了干劲，还因此受了伤。在保健室被拓也包扎了伤口的澪，打算向他阐明一切事情……
本应该只对拓也说过的秘密被公布于世，非常伤心的澪打算利用剩余的时间到三角山进行搜索，决定要离家出走。拓也和美月、结城一起开始寻找澪，而这时结城却突然说出了真相……
寻找澪而潜入了三角山洞穴的拓也，利用反射器装置规避了无数次的危机，终于来到了澪的身边。而出现在寻找着出口的拓也面前的是……
在三角山地下寻找着出口的拓也和澪。到达的场所存在着令人意想不到的某种东西……以及在那里出现的美月的意图是……
拓也由于混沌矫正的作用下再次去往了新的平行世界。拓也为了能仔细地调查龙藏寺而去寻找绘里子的帮忙，但这时的绘里子看起来和平时不一样……而后出现在潜入龙藏寺家与协助者见面的两人面前的是……
拓也和绘里子暂时离开了龙藏寺的宅邸，但两人在龙藏寺的阴谋下遭到了拘束。虽然拓也使用反射装置总算避免了危机，但是也付出了很大的代价……而后得以揭晓的龙藏寺的真面目到底是……
拓也由于混沌矫正的作用下去往了新的平行世界。在这个世界上为了解开神秘少女·神奈的秘密，拓也尝试着和她搞好关系。总是跟在神奈背后的神秘男子的身影，以及拓也在神奈的房间里看到的是……
虽然神奈渴望孤独，并一直都是一个人，但是拓也、澪、结城认为同班同学之间就应该友好相处，他们决定去岛津家的私人海滩玩。虽然四人充分享受了夏天，但是反射装置和神奈的挂饰却被偷了……
纠缠着神奈的神秘男子·北条，向拓也提出了某个交易。而后拓也从绘里子那里听说了关于神奈转学的意外事实。在这样的情况下，拓也和拜访有马家的神奈交谈，拓也听了神奈的真心话……
拓也下决心要保护神奈。在这样的情况下，在龙藏寺和北条的阴谋下，神奈面临性命危机。为了拯救神奈，拓也决心前往异世界……
拓也到达了异世界德拉·格兰特。在那里，遇到了不会说话的少女塞蕾丝。在传出求救声而赶往的一个房子里，两人遇到了女剑士・艾丽娅……
艾丽娅死后，两人一起生活的拓也和塞蕾丝，两个人不知不觉生了个孩子，塞蕾丝将孩子命名为优诺。加上宠物的昆昆，三个人过着幸福的生活，突然间帝都的士兵却出现在边边境……
塞蕾丝死后，拓也和优诺为了向神帝报仇，决心穿越沙漠前往帝都。在克服危机，两人在逐渐接近帝都，却被突然出现的帝都士兵所拘束。然后，拓也被带到了被称为砂石场的“集中营”……
