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境外某跨国贩毒集团勾结东山当地不法分子进行大规模的地下冰毒生产，并腐蚀当地政府及政法系统的官员作为他们的保护伞，以达到将大量冰毒销往中国内陆省份及海外以获取高额利润的目的。在此复杂危险的环境下，以李飞为代表的缉毒警不畏牺牲拼死撕开当地毒贩和保护伞织起的那张巨大的地下毒网，并冲破重重迷局，为“雷霆扫毒专项行动”的顺利展开扫清障碍。
东山市公安局禁毒大队李飞、宋杨夜袭塔寨，抓获毒贩林胜文后却被村民围攻，销毁了物证。在审讯过程中，林胜文态度嚣张，却被李飞套出证词。李飞和宋杨在林胜文情妇周琳家中调查时得知林胜文被取保候审。宋杨不慎向蔡军泄露审讯时林胜文的证词。次日，林胜文在家中死亡。宋杨收到ps过的陈珂裸照，抓捕包星时失去联络。禁毒局副局长李维民展开缉毒行动，为了查获数额为一吨的毒品交易，李维民进行了精密的部署。
李飞为了救宋杨，来到北山养鸡场与蔡杰等人发生激战，受伤后晕倒，宋杨也被人用李飞的手枪杀害。香港商人赵嘉良在与毒贩交易时收到手下来电，赵嘉良决定立刻取消交易。陈珂的弟弟陈岩被抓，指认李飞涉毒并设局杀害宋杨。受伤住院的李飞躲过暗杀后，含冤潜逃去找涉案人包星。“警察杀警察”案，社会影响巨大。在林水伯的帮助下，李飞联系上了陈珂，在悲痛中陈珂选择相信李飞，将李飞约她在丰益宾馆见面的事情告知李维民。
李维民主动请求回避此案，说出李飞与自己情同父子，相信李飞不会涉毒。他暗中通知赵嘉良去找李飞，并试图用陈珂找到李飞。李飞去丰益宾馆找陈珂，却在门口被人伏击。李飞抢下出租车逃离丰益宾馆，后被赵嘉良的手下抓获。赵嘉良应李维民的要求放走李飞。李飞夜里来到包星公司，遇见李维民，李维民劝说李飞回警局接受询问。公安部了解到李飞幼年时母亲牺牲、父亲逃港，之后被李维民养大的身世。赵嘉良找到了毒贩刘华明的位置。
刘华明被赵嘉良的手下抓走，严刑拷打。公安部召李维民到北京述职，郝副部长下令以调查五一三案为借口，成立联合调查组铲除东山制毒基地。李维民任组长，左兰任副组长。崔振江向李飞询问关于蔡永强的事。面对联合调查组，马云波说出被李飞救命的往事。李飞表示不查清陈珂弟弟陈岩的案件，他什么也不会说。陈珂、宋杨、李飞三人之间的往事浮出水面。李维民发现陈岩可能被人威胁，决定亲自审问陈岩。
陈岩在李维民的审问下，漏洞百出，承认他被人威胁做了伪证。赵嘉良用刘华明的妻儿作威胁，刘华明将中间人灰仔供出。东山群众受人蛊惑公开游行，抗议李维民担任联合调查组组长，警局上下都密切关注此次群众事件。李维民主动来到示威现场，揪出煽动群众的犯罪分子。李飞得知陈岩洗清冤屈后，向调查组讲述林胜文案子的始末，矛头直指蔡永强。蔡永强被约谈，对于李飞提出的种种疑点，蔡永强都一一地做了清楚的解释。
李飞认为林胜文取保候审有问题，蔡永强则拿出龙坪天平司法鉴定中心的鉴定书。问题少年林小力被林耀东的少年经历所打动，一心要追随林耀东。赵嘉良设局找到灰仔，灰仔供出香港荣昌贸易公司总经理黄达成。刘浩宇和黄达成怀疑赵嘉良是警察的线人，派律师去监狱通过毒枭林浩南了解赵嘉良的过往，林浩南否认赵嘉良是线人。李飞觉得林胜文“自杀”案有疑点，因其兄林胜武在丧葬前不告而别。林耀华给林胜武妻子蔡小玲送来生活费。
林宗辉曾不顾林胜武的求情，将林胜文从族谱除名。李飞想起宋杨遇害和他受伤住院后的遭遇，怀疑蔡永强与此事有关，而蔡永强出席过蔡杰的婚礼。李维民告知陈珂，陈岩是冤枉的，但拒绝陈珂见李飞。李维民让陈珂寻找包星前女友杨柳。法国毒枭朱鸿运告诉赵嘉良，广东方面要送货到法国，赵嘉良让李维民帮忙调查运输货轮。蔡永强告知调查组，李飞办事冲动，人际关系不好。李飞指出，因为蔡三毛的命案，蔡永强与当时新上任的马云波交恶。
面对蔡三毛命案的争议，蔡永强又一次以无懈可击的理由向调查组做了解释。 李飞带病继续配合调查组的询问。陈珂找到包星前女友杨柳，想让杨柳帮忙找到包星。李维民去医院看望李飞，李飞醒后让李维民保护好陈珂。李维民把相关货轮号告诉赵嘉良，赵嘉良指出刘浩宇是法国市场的供应商。林水伯在大街上捡到受伤的伍仔。杨柳向毒贩湘仔打听包星，湘仔约杨柳独自见面。湘仔在饭馆说出饭馆老板山哥与“陈大队”有交情，惹来杀身之祸。
开会途中陈光荣接到山哥的电话，他让山哥斩草除根。林水伯因为照顾受伤的伍仔，被亲妹妹赶了出去，想起自己因为吸毒被赶出塔寨的往事。陈珂冒充杨柳去找包星，饭店老板山哥尾随而至。包星身受重伤，和陈珂逃上杨柳接应的车，谁知杨柳在半路扔下陈珂，包星再一次下落不明。蔡永强约陈光荣喝酒，发现陈光荣心神不宁。陈光荣接到山哥电话，包星跑了。香港警方提供新线索，赵嘉良开始在法国布局。李飞说出对林耀东和塔寨村的怀疑。
山哥抢先一步找到包星。混乱中杨柳、山哥被杀，包星被随后赶来的警方逮捕。陈光荣销毁手机卡，向林耀华报告。审讯中包星叙述蔡杰设局意图杀死宋杨、李飞的始末。此后李飞终于说出最关键的细节，林胜文自称有警方“保护伞”收下三百万贿赂的视频。李飞坚信宋杨、林胜文都因此被塔寨和蔡永强灭口。李飞说宋杨曾将林胜文的口供告诉过蔡军。蔡军辩解说李飞是故意陷害。朱鸿运为了占领法国毒品市场，向法国警方举报青龙物流。
法国警方进一步调查后，破获特大贩毒集团并缴获青龙物流1.5吨冰毒。李维民和赵嘉良受到王志雄的赞扬。会议上，李维民说出他对塔寨的怀疑，并派赵嘉良打入塔寨。伍仔毒瘾发作，让林水伯想起自己死去的儿子，伍仔说出仔仔死亡的真相。李维民说服女警马雯保护李飞。追杀包星的杀手被证实为丰益宾馆案的枪手。上级决定按照李飞的推断深入调查，目标对准塔寨林耀东及其宗族成员。损失巨量毒品、拿不到钱，塔寨各房头的矛盾开始激化。
面对塔寨各房头的质疑，林耀东只能尽力安抚。警方对塔寨抽丝剥茧地调查。何瑞龙在法国死亡。林耀东找刘浩宇要钱，想商量下一单生意，可刘浩宇拒绝顶风作案。陈光荣向林耀华报告了警方动态，二人认为林胜文的手机在林胜武手中。林灿得知林胜武的下落，但中了圈套，没有找到人。公安部认为在五一三案中马云波办案不利，但李维民汇报，马云波的爱人于慧曾替马云波挡毒贩的枪，弹丸至今仍未全部取出。李维民决定进行扫毒行动。
掌握手机视频证据的林胜武，成为警方和塔寨追捕的目标。蔡小玲恳请林宗辉救林胜武，被其拒绝。表面无情的林宗辉却无法释怀当初是自己叫林胜武、林胜文回塔寨，最终导致林胜文被吊死、林胜武逃亡。李维民宣布李飞被解除羁押，联合调查组转为联合督导组。李飞回到公 安局便与蔡永强发生冲突。李维民质问马云波这三年只做表面功夫的错误思路，马云波辩解说这是为了东山普通干警着想。李维民对此失望至极。
马云波说曾想要发展林宗辉的儿子林三宝作为线人，然而蔡永强并不积极，随后林三宝车祸死亡，肇事司机刘志也在一年后死于肺癌。马云波认为蔡永强不能信任，他想对塔寨村和林耀东进行调查。陈珂约李飞到之前和宋杨常去的小酒馆，陈珂对宋杨的死非常内疚。林灿找到台球厅,但林胜武伺机跑掉。蔡军去参加宋杨的追悼会，却遭遇李^飞毫不客气的指责，当晚他找到李飞，道歉之余又替自己辩解。李维民不同意李飞复职，让他听从组织安排。
陈光荣以工作为由向马云波套话。在之后的会议上，市长陈文泽果然反对搜查塔寨村。一直监视东山扫毒行动的林耀东却主动找到陈文泽，邀请督导组视察塔寨宣传禁毒。李飞被安排去广州接受心理辅导，医生的结论却激怒了陪同的马雯。赵嘉良向李维民询问李飞的近况，原来赵嘉良就是李飞的父亲李建中，为了给妻子报仇才远走他乡。李飞趁乱溜回东山，去马云波家责问马云波为何扫毒行动绕过塔寨。马雯向李维民表示不想再保护李飞。
李维民第一次告诉李飞，他的父亲李建中的故事。赵嘉良根据香港警方提供的信息，查到香港荣昌贸易有限公司财务总监张敏慧，同时翻出张敏慧表妹罗佳怡自杀身亡的旧案，该案与李飞救下马云波并负伤，是同一天。伍仔救下想要自杀的林水伯。李飞在与马雯的接触中，发现马雯与宋杨很相似，二人终于讲和。赵嘉良从香港警方得到罗佳怡自杀案的卷宗，发现凶手陈大雄。李飞请马雯乔装混入甜蜜蜜歌舞厅打探林胜文。马雯被李飞说服，决心共同去查找证据。
李飞和马雯找见过凶手的陈珂了解案情，陈珂要求一起去找湘仔。陈光荣得到李飞在找湘仔的消息，立刻赶往中山。李飞三人在夜店找到湘仔，湘仔供出“陈大队”。陈光荣在暗巷伏击，杀死了湘仔，但手部中枪。陈珂看到湘仔死在面前，受到惊吓。李飞和马雯向李维民汇报情况。蔡永强接受调查，诉说他做事过分小心是因为感觉队伍不纯洁。当街受侮的林水伯来找李飞，请求李飞调查儿子仔仔被人害死的事。
蔡永强在调查中不肯说出自己怀疑谁，对任何提问都含糊其词。对任何同事都只有正面评价。但提到自己手下的队员时，他忍不住落下心疼的眼泪。左兰和李维民陷入更大的困惑。林水伯拜托李飞寻找伍仔的下落。李飞将林水伯安排到陈珂家的水果店打工。李维民同意协助李飞查案，却不允许他接近塔寨。李飞为了调查伍仔下落，低声下气求马雯帮忙。二人终于开始了亲密无间的合作。陈珂父母不同意林水伯在店里打工，但陈珂坚持。
香港警方重新调查，发现张敏慧的表妹罗佳怡死前被注射了东莨菪碱。赵嘉良回想起自己的妻子，即李飞的母亲尸体中也含有东莨菪碱。赵嘉良找到香港荣昌贸易有限公司财务总监张敏慧，用证据告知张敏慧，罗佳怡是被她的未婚夫何瑞龙雇人杀害的，而何瑞龙早与台湾毒贩宋倩结婚。李飞与马雯找到伍仔的表姐家。赵嘉良指使朱鸿运在法国绑架宋倩。
张敏慧将浩宇集团境外毒品运送、贩毒资金走向告知赵嘉良，说出毒品的生产基地就在东山，而罗佳怡是被刘浩宇灭口。李飞和马雯找到伍仔，问出林水伯儿子仔仔的死亡真相。此时李维民派来的刑警找到李飞、马雯。李维民决定抓捕大虾、麻子，由蔡永强负责行动，李飞表示不能理解。蔡永强和陈光荣喝酒时接到出警通知，陈光荣赶紧联系林灿，让麻子逃跑。
