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世代研究医术的神木族少年木星尘，救下误闯领地的医药世家之女叶云裳，为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世，却遇上罕见瘟疫，木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族，经历各类诱惑与爱情的考验，最终成为一代医尊，最后他放弃王位，和爱人叶云裳云游人间，济世众生。
民国时期，美少女叶云裳是医药世家小姐，她父亲又开医馆又经商，家底很是厚实。叶云裳到迷雾森林采药，她想要采山崖边上的蓝莲花，不料却失足跌落山崖，但跌落后毫发无损。木星尘是神木族族长的儿子，虽然年纪轻轻但医术已经炉火纯青。叶云裳看着他们祭祀，感到十分好奇，于是拿出相机拍照。叶云裳误食圣果，功力大增，摆脱了追兵后，无意中进入木星尘的房间。
木星尘被叶云裳压醒，叶云裳解释道她刚才梦见了飞机，木星尘十分疑惑飞机是什么，叶云裳借此想让木星尘带她出去。木星尘告知石虎神树病了，他打算跟叶云裳去外界寻找治疗之法，并让石虎假扮他。木星尘帮叶云裳找了一件衣服，并让她泡温泉洗澡，之后二人离开了神木族的领地。叶云裳想和木星尘就此别过，但木星尘却要跟她学习医术，叶云裳无奈之下，只好带他回家。
叶云裳身重七色胡蜂毒，木星尘想要单独医治叶云裳，却被乔震天阻止。楚天瑶与上官文轩两人情投意合，但义父却不希望他们在一起。木星尘溜进叶云裳房间，为她医治，乔震天正巧撞见，以为木星尘要非礼叶云裳，正要上前制止，却被叶志远打晕。叶云裳从弟弟口中得知，木星尘亲了她，叶云裳心中窃喜。叶家想开制药厂，但审批手续却迟迟没有下来，叶志远只好求助乔震天。
木星尘意识到叶云裳喜欢自己，暗自决定离她远一点。木星尘感冒，叶云裳给他拿来了药，木星尘却嚼了起来，叶云裳不禁偷笑。叶云裳带木星尘来郊外研究植物，却发现那里的树得了枯树病。木星尘碰见一个女孩被车撞伤，于是帮她医好腿伤，并答应为她治疗眼睛。乔震天派祝小三去杀木星辰，木星辰被逼坠崖。木星尘从悬崖下爬了上来，回到医馆后，他劝叶老爷换个地方建药厂。
叶老爷正在建设药厂的工人，突然得了怪病，叶老爷让叶云裳前去诊治，木星尘随叶云裳一起前去。药厂的工人中了胡蜂的毒，乔震天认为此事是木星尘所为，将木星尘关进了牢房。齐探长将木星尘私自放了出来，让木星尘带他去找胡蜂，二人找到了胡蜂的巢穴。乔震天得知消息，立刻带人前去抓捕，不料遭到了毒蜂的攻击。木星尘的师傅想要带他回神木族，木星辰借口逃跑。
木星尘将解灵草制成药丸，给病人服用，效果立竿见影。木星尘的师傅找到了木星辰，在木星辰的劝说下，她决定暂时留下来。乔震天被胡蜂蜇伤，叶云裳和木星尘前去诊治，却发现乔震天因喝了藤原斋的药已经好转。藤原斋求助乔厅长，他想要政府批文，乔厅长让乔震天去找上官文轩帮忙。木星尘的师傅恰巧捡到水晶宫地图，按照地图她找到水晶宫，却发现了一个女人的尸体。
木星尘的师傅发现那女尸竟然是她的情敌小蝶，十分惊讶。叶云裳故意偷看木星辰的东西，却被木星尘用打嗝花戏弄了一番。叶云裳听说有栩栩如生的尸体，让木星尘带她过去查看，上官市长发觉有人闯入水晶洞，急忙前去，这时木星尘的师傅突然出现，两人打斗起来。木星尘想检查特效药的药性，连喝了三瓶，喝完就兴奋起来，叶云裳发现所谓的特效药就是吗啡。
叶云裳为了揭穿特效药的真面目，让人把记者找来，亲自试药。乔震天前去质问日本人，藤原斋却用滥用职权罪威胁他，乔震天只好作罢。木星尘染上了毒瘾，楚天瑶和叶云裳让人把他绑上，帮他戒掉毒瘾。木星尘告知上官卿希望他能以市长的身份，阻止特效药继续销售，上官卿答应了木星尘的要求。上官卿提出让木星尘与楚天瑶结婚，上官文轩突然冲进来，请求父亲收回成命。
叶云裳用事实向大家证明，自家的解毒丸可以治好蜂毒。木星尘建议乔震天将吃特效药的人抓起来强制戒毒，乔震天觉得木星尘说的有道理。木星尘帮祝小三的妹妹医治眼睛，祝小三见妹妹的眼睛治好了，万分感激。乔震天以强制戒毒为由，将木星尘抓进了牢房，并暗中指使犯人去整治他。楚天瑶告知叶云裳自己爱上了木星尘，希望叶云裳能成全她，叶云裳却不置可否。
叶云裳带着美娇来找齐探长，齐飞带她去见木星尘，不料一个蒙面人突然纵火。叶云裳和木星尘被困在火里，叶云裳感觉他们在劫难逃，于是询问木星尘的心意，木星尘深情表白。木星尘为了救人只好施展青囊术，众人得救，可木星尘却体力不支。乔震天发现枪手瞄准叶云裳，帮叶云裳挡下了子弹。木星尘昏迷不醒，木楠为木星尘疗伤，并警告木星尘不能暴露他的身份。
叶老爷看到女儿和木星尘的感情升温，于是就问他们下一步如何打算，木星尘告诉叶老爷，婚姻大事，他不敢私自做主，叶云裳赌气离开。乔震天为叶云裳挡子弹受伤，木星尘和叶云裳决定去看看他，木星尘把着火的真相告知乔震天，乔震天决定和木星尘合作。上官文轩凭着记忆找到了水晶洞，他发现了那个女尸，并用相机拍了下来。齐飞在木星尘和叶云裳的医治下，治好了结巴。
乔震天告知木星尘自己收到藤原斋的请帖，估计是一个鸿门宴，木星尘让他按时赴约。叶家医馆的伙计阿贵被日本人买通，在医馆的药中做手脚。为了预防毒蜂再次伤人，木星尘研发了一种躯蜂药，并且买驱蜂药还送解毒丸，但几个人吃了解毒丸以后，却意外死亡了。叶云裳发现，那两种药是医馆的阿贵偷偷放进去的，还没等她问出幕后指使，凶手便发射毒针将阿贵杀死。
木星尘决定自己继续对藤原斋进行调查，并告知乔震天，自己不会和他抢功。乔厅长告诉儿子，影流社20年前就活跃在云海市，他们干了很多丧心病狂的事，后来上官卿、乔正坤，叶秋实联手消灭了他们。乔震天按时赴约，藤原斋要和他再次合作、一起发财，乔震天让藤原斋如实交代影流社的事，这时宋紫青将藤原斋杀死。木星尘得知神木族有难，决定立刻回去支援。
上官卿带着叶秋实和乔正坤冲进了神木族领地，空禅带人挡住了他们的去路。空禅破例给了上官卿一枚圣果，上官卿抢到圣果后就逃走了，叶秋实发现情况不妙，赶忙命人撤退。木星尘被关了起来，他劝上官文轩，不要被复仇冲昏了头脑，并告诉叶云裳他们缘分已尽。石虎将他们俩送出迷雾森林，并把木星尘要他转交的项链给了叶云裳。上官卿拿着圣果回来，却无法复活小蝶。
乔正坤不满的质问上官卿，他为何要将圣果一个人拿走，上官卿坚称自己没有拿到圣果。上官文轩好像变了一个人，宋紫青找到他，说想开一家报社，收购几家制药厂，让他帮忙开个批文。宋紫青将市面上的药材垄断，叶云裳来到市政厅质问上官文轩，告知宋紫青已经投靠了日本人，上官文轩却不以为然，叶云裳转身离开。叶云裳向父亲要了10万大洋，去和奇兰德商行打贸易战。
叶云裳去找上官文轩希望她能通过批文，上官文轩却恬不知耻提出一个条件，要叶云裳帮他追到楚天瑶，叶云裳转身离开。叶云裳来找父亲帮，叶秋实给上官卿打了电话，上官卿却打着官腔。上官卿收到了一封匿名信，木楠岳怀疑这封匿名信是叶家的人写的，于是让楚天瑶给叶云裳下毒，不料却被发现了。上官卿发现上官文轩和日本人勾结，于是大发雷霆，罚他到院子里跪着思过。
上官文轩带楚天瑶来到水晶洞，将水晶棺材打开，并告诉她，那个女人就是他的母亲。上官卿找到楚天瑶，告诉她水晶洞的事到此为止，让她守口如瓶，并让她把叶家所有人的笔迹都收集来。叶云裳得知叶远志喜欢楚天瑶，就鼓励他去追，叶远志给楚天瑶写了一首情诗，就这样，楚天瑶顺利拿到了他的笔迹。丁香告诉叶云裳，批文已经下来了，叶云裳猜测这是楚天瑶的功劳。
叶秋实发现他老婆的言语闪烁，在他的追问下，她才告知让叶远志写威胁信的事。叶秋实希望上官卿能够放过他的儿子，上官卿矢口否认他抓了叶远志，但叶秋实提到了匿名信，他才让管家去把叶远志放了。在上官家的一个仓库里，叶远志被打得连连求饶，这时，叶云裳等人冲进来，把叶远志救了。木星尘发现上官文轩的心脉已经死了，于是想留下来为上官文轩看病，族长答应了。
木星尘把楚天遥推开，让她早点回去，这时楚天遥看到叶云裳，于是故意把木星尘抱得更紧。木星尘告诉楚天遥，他这次回来主要是为了上官云轩，楚天遥就把水晶洞的事说了，木星尘因此怀疑上官云轩受了刺激。木星尘和叶云裳为了帮上官文轩解开心结，来到上官文轩母亲的房间寻找线索。上官文轩的病情加重，木星尘发现，他种的毒叫附灵草，这种毒只有下毒的人才可以解。
上官文轩病情发作，痛苦难当，木星尘帮他医治。木星尘告诉叶云裳，他父亲之所以让留下，是因为他答应父亲，要回去娶月影当族长，但这只是权宜之计。乔震天到了叶家，非要和木星尘拼酒，结果却把自己喝得烂醉。达山袭击乔正坤，上官卿突然出现，向他甩出飞刀，达山受伤，扔了一颗烟雾弹，侥幸逃走。楚天遥无意中说出，是宋紫青给上官文轩下的毒，木星尘对她产生怀疑。
