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故事发生在公元930年，正值中国历史上的五代十国时期，在长江流域的太乙山里有一座始建于武则天时代的太乙书院，是当世最知名的两座书院之一，被读书人视为求学圣地。 “则天宝藏”在太乙山中的传言，使得各地当权者与野心家都盯上了太乙书院。在各方瞩目中，太乙书院迎了新学年，一批新生入学，其中隐姓埋名的孔府嫡裔张谊（本名孔仁玉）、南唐太子李璟玉、墨家传人端木正、清河崔氏族长之女崔伽罗、高丽流亡公主王恩珠、张谊胞妹张樱（本名张樱），六人都是为“则天宝藏”而来。经过刚入学的几次突发事件，六人成为伙伴，一边各自探寻“则天宝藏”下落，一边共同解决各种危机与事件。每个人都有沉痛的往事，在彼此的相处与陪伴中，在友情与爱情的温暖下，大家走出伤痛，渐渐成长起来。
为救治被病痛折磨的妹妹张樱，店小二张谊欲混入太乙书院寻医治百病的秘方。张谊应聘成高丽公主王恩珠的脚夫一同前往太乙书院，谁知书院主事武陵先生拒绝学生带陪读，他只得偷南唐太子李璟玉的荐书混入书院。门阀之女崔伽罗因拒绝婚事被父亲安排到书院修身养性，墨家传人端木正带着一腔热血到书院学习。书院发生黄金失窃案，张谊深陷牢狱之灾。王恩珠不相信张谊是盗贼，她联手李璟玉等人一起解救张谊。
王恩珠等人赶至法场将被执行死刑的张谊救下，继而张谊根据众人描述还原黄金失窃案整个过程，他们最终将假扮成刘沫的罪犯绳之以法。为表破黄金失窃案的谢意，学院孟山长特批张家兄妹入读太乙书院。书院学生郑祖耀爬山丧命，一系列奇怪的事令张谊等人推断出郑耀祖的死不是自杀。李璟玉的一首词《摊破浣溪沙》引发张谊的好奇心，继而推断出从郑耀祖处买词的人是凶手。
张谊和李璟玉等人夜访古玩店寻找郑耀祖遇害线索，此刻店主暴露本性要灭口众人。在逃离途中，端木正被蒙面人用暗器所伤。张谊和李璟玉设计抓蒙面人，问话时蒙面人服毒自尽。青眼兽越狱后目标是太乙书院，整个书院处于惶惶不安中。青眼兽拉拢张谊为己所用，但张谊不为所动，原来两人曾是同门师兄弟关系。在张谊的运筹帷幄之下，青眼兽落网书院恢复平静。
书院组织学子去府学参观稀世珍宝晋氏璧，李璟玉却发现晋氏璧是个赝品。晋氏璧本是崔伽罗母亲的遗物，也是她和李璟玉的定情信物，此时却成了她同父异母妹妹的嫁妆。学官带着晋氏璧逃走，张谊等人设局巧妙夺宝，随后晋氏璧物归原主重回崔伽罗的手中。周府的家丁被毒杀，张樱验尸时不小心中毒。张樱没有解药有生命危险，端木正和李璟玉为救朋友说出属于他们的秘密。最终几人将晋氏璧追回，但得知此事与谋杀李璟玉的幕后黑手有关。
校尉确定凶手是独眼狼，十年前独眼狼因为售卖假的王羲之字帖，动武谋杀当年的校尉大人。如今周大人委托柳老爷拍卖王羲之的字帖真迹，随后柳老爷被独眼狼绑架。独眼狼在拍卖现场诱使柳老爷说出真相，原来十年前柳老爷为夺取独眼狼的王羲之真迹，谋杀校尉嫁祸给独眼狼。十年前的冤案澄清，张樱也解毒转危为安。学院的女学生孙清清跳楼自杀，幸亏被张谊及时救下，夫子发现她被人玷污并未婚先孕。
李璟玉谣传孙清清已经提供破案线索，当晚幕后真凶想要杀孙清清灭口，却被埋伏已久的张谊等人当场擒获。幕后真凶落网招供，他的目的是摧毁孙清清的婚事。校尉收到恐吓信，随后他的儿子患上怪病。原来五年前城里发生瘟疫，校尉为了封锁疫区屠杀病人，病人的亲属为了复仇遂毒害校尉的儿子。李璟玉男扮女装溜进太守府，查出瘟疫患者的名单，真凶的身份终于浮出水面。
凶手谋杀校尉受阻，凶手身绑毒药誓要与校尉同归于尽，端木正出手解除危机，凶手赵敬之咬舌自尽。崔伽罗算卦得到大凶之兆，张谊不肯听劝带着大家去了红绡歌舞坊。歌舞坊的一间雅间每晚会少赚五两银子，张谊发现问题和暖炉有关，伙计因此被辞退。匪徒打劫歌舞坊，张谊的客房却被搜出很多银两。张谊被捕在牢房遇到伙计，他偶然得知歌舞坊有密道。张谊越狱查出劫匪凭空消失的办法，崔伽罗和张樱却遇到危险。
歌舞坊的红姨制造劫案是为绑架崔伽罗，目的是协助主公操控崔家夺取天下，幸好李璟玉等人设伏救出崔伽罗，并得知红姨也是一个要破坏南唐和中原关系的幕后黑手的走卒，却不知幕后黑手是谁。江北爆发蝗灾，书院要求学子为赈灾献计献策。张谊利用众位夫子的墨宝，举办拍卖会筹款赈灾，最终用善款为灾民买粮施粥。学院通过考试选拔十个国子生名额，王恩珠目不识丁却考了第一名，学子们认为书院作弊聚众打架。王恩珠状告主考官舞弊，然而唯一的证据考卷已被烧毁。
王恩珠败诉被罚杖责，文素先生拿出铁券为她免除责罚。主考官为医治母亲家境清贫，他向母亲承诺没有舞弊。管家曾辅助主考官阅卷，张谊揭穿有人调换考卷趁机舞弊。维修城墙的银两亏空三千两，孙管库购房买地刚好花费三千两，校尉刑讯逼孙管库招供。孙妻上吊自杀留下一个冤字，孙妻的姐姐击鼓鸣冤自曝三千两是她的嫁妆。张谊一行受命调查，却发现孙妻是被人谋杀，且死前怀有身孕……
证据显示孙管库才是贪污案真凶，张谊一行开始调查孙妻遇害案，发现嫌疑最大的人是孙妻的姐姐。崔伽罗假扮孙妻的冤魂，诱逼孙妻的姐姐承认和妹夫出轨，孙妻之死的真相终于水落石出。张谊坦白破案的关键，正是孙妻姐姐用的胭脂。前朝七皇子逛青楼，却被人残忍杀害，康城公主施压要求校尉尽快查出杀害弟弟的真凶。张谊一行认为凶手肯定和七皇子有仇，他们查出七皇子烧毁客栈害死过很多人。
青楼的厨子自首承认杀害七皇子，他亲眼看到七皇子的手下烧毁客栈，他为帮乔家夫妇复仇杀人，乔家夫妇对他恩重如山。张谊放出斩杀厨子的消息，引诱厨子说出为儿子小刀顶罪入狱的真相，康城公主强行带走杀害弟弟的凶手小刀。原来厨子十六年前受托带着康城公主的儿子出宫逃亡，小刀竟是康城公主的儿子，之后康城公主不再追究此事。几名乞丐突然七窍流血而亡，同时张樱的有毒药材浮戎花失窃，张谊查出是谢婉儿盗走浮戎花。
端木正等人用谢婉儿的名义，约出嫌疑人杨师兄和韩师兄。端木正趁机暗查韩师兄的宿舍，根据线索找到浮戎花。韩师兄绑架张樱勒索毒花，他坦白制毒的野心。端木正赎人却被打晕，他苏醒后却和张樱身陷火海。张樱二人逃走后又被追杀，危急时刻张谊等人赶来救援。武备库安放重要武备，岂料武备仍旧失窃。有人匿名举报端木正和武备失窃有关，案发现场又发现端木正的学院腰牌……
盗贼挖地道从武备库盗走武备，张谊等人一路追查，发现粮店、糕点铺子、府学都有疑点。有人假冒府学学生运送兵器出城，端木正和李璟玉拦截夺回一批兵器。糕点铺子被火焚毁，却留下残破的武备。校尉谎称结案又运来一批武备，当晚盗贼再次盗窃，却被张谊带人当场抓获。南唐二皇子造访书院，他偷走兄长李璟玉的荷包。江南江北两国谈判，二皇子却在宴会上中毒。
李璟玉认为北朝的梁尚书不是凶手，二皇子的生死影响着南朝和北朝的和平。二皇子病情加重，恩珠和李璟玉进山帮他采摘解毒的蘑菇。校尉从鸽子身上截获密报，随后李璟玉遭人暗杀。真凶再次试图毒害二皇子，张谊揭穿他此举的阴险目的。李璟玉突然失踪，他的床上满是鲜血，李璟玉留下的线索直指青云客栈。李璟玉在客栈装神弄鬼，张谊爆料土村村长的儿媳妇小小诈尸的奇闻。
村民爆料小小的棺材里出现一个人偶，原来小小就是被丈夫刘毅家暴致死。张谊等人调查人偶的来历，苗女揭穿棺材里的人偶是用来下蛊的替身偶。祭品莫名失踪，张谊当着刘毅的面揭穿小小假死。苗女下药想要谋杀张谊等人，危急时刻刘毅带人前来找小小。小小假装跳崖骗过刘毅，武备失窃的案件也终于告破。李璟玉定制衣服送给恩珠，他和成衣店老板四娘举止亲密，这可惹怒了恩珠。
四娘掌握山匪和朝廷要员往来的罪证，校尉希望张谊等人护送她去顺民府。张谊一行还没有出城就遇到山匪行刺，随后端木正独自保护四娘，张谊几人驾驶马车引开山匪。张谊疑心四娘是南唐派到江北扰乱朝纲的内奸，他和李璟玉反目。山匪追着四娘的马车到了顺民府，岂料官员勾结山匪伏击四娘。张谊竟和李璟玉假装闹翻，设法将四娘送入城交给钦差。李琮接替校医工作，他和崔伽罗的关系不一般。
李琮一直拿着崔伽罗的手帕，他也一直没有成亲。学子陈明润的脸上起了痘疮，张谊推测李琮是幕后黑手，又认定李琮的目的是寻找则天宝藏。其他患病的学子逐渐康复，只有陈明润在见到张谊后急症身亡。张谊背上杀人罪名被押往官府，崔伽罗却拿出手帕，揭穿李琮杀死陈明润的阴谋。城里首富魏老爷的长孙被山匪绑架，山匪勒索巨额赎金，张谊为还魏老爷的恩情决定亲自救人。
山匪收了赎金后没有释放人质，反而进了城。山匪送来断指又勒索黄金千两，魏老爷打算卖地筹钱，张谊怀疑绑匪就是买地的乡绅。郭家和徐家买地行为可疑，李璟玉开始调查两家产业。断指的小乞丐抢走恩珠的糕点，张谊为小乞丐疗伤却发现绑架线索，小乞丐带着张谊等人找到绑匪。张谊设法卧底找到人质，他们经过一番厮杀抓捕绑匪，校尉查出绑架案的幕后黑手是契丹女子。
契丹人离奇从校尉府失踪，原来契丹人花钱收买看守逃走。举报契丹人的线人逼杀，张谊认为凶手不是契丹人。张谊怀疑凶手在追杀契丹人，他放出契丹人藏在魏府的谣言，官兵则在魏府埋伏，岂料凶手绑架恩珠要挟官府交出契丹人。张谊利用钱币找到契丹人，这才得知契丹人竟是契丹的东丹王。李璟玉等人设法救回恩珠，杀手是契丹太后的死士，杀手声称须弥府窝藏东丹王将会受到被契丹大军血洗。
契丹大军突袭须弥府，府城只剩一千守军。学子帮助校尉制定战术，张谊谋划意图将契丹大军诱入埋伏圈。端木正负责在高地上用投石器进攻，恩珠则在大路上设置火药陷阱，他们却互相拿错武器。张谊潜入敌营放火，引诱敌军进入圈套，端木正的投石机却在此时损毁。契丹大军攻城，学子和守将拼死厮杀夺取战争胜利。恩珠和吴世成打猎时起争执，随后吴世成被一箭射杀，恩珠被指责是凶手。
