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バジリスク甲賀忍法帖
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺的头领甲贺玄之介与伊贺的头领胧在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺与伊贺的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
时值宽永，天下太平。在“慈尊院村”锻炼的忍者之中，有一对绽放异彩的少年少女。他们就是甲贺八郎、伊贺响―他们是一对虽为兄妹但注定要结为夫妻的年轻栋梁―响似乎接受了这一事实，然而八郎却……
遭遇贼人袭击的德川忠长，被精锐“甲贺五宝连”所救。然而，他们的栋梁八郎却没有出现。八郎打算偷偷地离开村子。因为他害怕自己和响的瞳术交织在一起所导致的“某种现象”再次发生……
成寻众当中的一人孔雀啄突然现身。甲贺五宝连等人纷纷被他那超乎人类想象的绝技所蹂躏。最后只剩下了七斗鲸饮这位年老多智的甲贺忍者，他想出了一条计策死里求生。
就连精锐“伊贺五花撰”的成员们，也一个接一个无比轻易地命丧成寻众之手。他们的头领“成寻”出现在了忠长的身边，并带领忠长走进由“金刚楼阁”创造出的能超越时空的空间。在那里，他们让忠长看到了自己年幼时与家光一同度过的记忆……
成寻众前来袭击村子。为了保护两人的“血脉”，年轻的忍者们一边隐藏八郎和响不被发现一边应战，然而他们却根本无力反抗…。在危急关头赶到的八郎和响，当两个人的感情都达到亢奋状态时，便引发了那一招“樱花”。
时光飞逝，转寝、才蔵、式部、七弦、滑婆、莲、泪、现、以及响成为新五宝连、新五花撰的年轻忍者们为了防备成寻众再次袭来，心怀各自的想法，不懈地努力进行修行。然而，其中却没有八郎的身影。
怀疑成寻众与家光存在联系的滑婆，潜入了江户城中，她在那里遇见了一个出人意料的人物。另一边，八郎见到了因谋反罪而被软禁的忠长。在那里，八郎得知因成寻众而起的事态不仅没有平息，甚至变得更加地危急了。
突然出现的巨大城池“丛云”。泪和现尝试进行秘密侦察，靠近丛云。另一边，拒绝了忠长请求的八郎，被迫与忠长的部卒交战。就在此时，新五宝连的成员赶来驰援。面对因为重逢而欣喜不已的五宝连，八郎他……
丛云的防守力量比预想的更为牢固，泪和现好不容易穿过敌军，逃了出来。两个人在河里清洗受伤的身体，并许下了一个秘密的约定。在获得泪和现豁出性命取回来的情报后，才藏控制自己的眼珠飞向了丛云。在那里，他通过眼珠目睹了一幕让人难以置信的光景。
成寻的目的是复活织田上总介信长，令乱世再临。听说了这件事的滑婆，不禁想起了自己曾经经历的凄惨战火中所发生过的一件事。同时心中满怀悲叹。另一边，前往讨伐丛云的纪州藩准备开始进行炮撃。但就在此时……
在执行由转寝制定的丛云爆破作战前，式部的救命之物“犀防具”出现了问题。就在修理犀防具的时候，成寻的手下发动了强袭，式部和莲被一起关在了洞窟里面。在那里，式部吐露出了自己独自一人走到现在的心路历程。
在执行丛云爆破作战的过程中，七弦的腿被子弹击中。接着七弦藏在废屋里面，接受泪的包扎，但是他的伤并不浅。热度袭来，在昏迷的过程中，七弦做了一个梦。那是一个在久远往昔，和温柔的母亲一起旅行的梦。
现和才藏一起行动。才藏的眼珠和现的幻术，两个人将各自的忍法结合在一起，不断送葬敌人。虽然才藏也亲眼目睹了现的幻术，但是他并不知晓……现究竟是出于什么样的“理由”，才能够展现出这样一种地狱。
才藏等人执行的作战，遭到了孔雀的阻拦。才藏想要寻找机会发动逆转的一招，然而……另一边，在作战过程中，八郎再一次见到了成寻。就在八郎陷入苦战的危机中时，响及时赶到了，但就在此时，丛云的炮弹向着两人飞了过来。
丛云消失了。本应重获安宁才对，但却因为没有证据能保证成寻众已经被消灭，因此众人都隐隐有些难以平静的样子。睁眼醒来的响，得知八郎已经离开、不知去了什么地方后，露出了落寞的笑容。但是，某一天晚上，八郎偷偷地回到了响的居室里。
响被抓走了。丛云终于再次现身，并且变成了一座机动城池。新五花撰达等不及新五宝连集结，打算立刻侵入丛云，于是转寝便交给了她们一样东西。滑婆绞尽脑汁想要令丛云停下，就在此时皮肤坊出现在了她的面前，并提出了合作的请求。
八郎从成寻众的其中一人夜叉至那里，得知了响已经被他们抓走的消息。另一边，泪向现吐露了一个事实。正因为是在这种时候才想要告诉你，泪如此说道。因为现让她意识到了，必须趁现在吐露出她年幼时的经历才行。
在皮肤坊的劝说之下，忠长企图谋反的决心再一次动摇了。看见这样的忠长，成寻便告诉了他一个令其痛恨的事实…。另一边，八郎等人在对付成寻众的其中一人涅哩底王时，陷入了苦战。就在穷途末路之际，他们突然听到了一阵驱动音。
八郎独自一人被邀入了丛云内部。剩下的人开始拼命寻找侵入口，它应该就存在于某个位置。就在这时，才藏中了夜叉的招数，他不得不被迫回忆起了自己那充满绝望的过去，同时将刀刃刺向了自己的肚子。
坚信自己是“胧”的响，认定八郎是“弦之介”，并怀着一腔爱憎袭向了他。另一边，现等人虽然侵入了丛云，但式部因为中了陷井而动弹不得。莲打算设法营救式部，但是……
