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昙花梦
1945年，游学归来的刑侦专家程慈航，在码头遭遇险情，多方势力为争夺一只铁箱大开杀戒。这只铁箱里，存放着日军细菌武器的绝密档案。警察厅厅长莫采石将铁箱存放在了档案馆密室内，却在夜里档案被盗，案情从此扑朔迷离。程慈航获悉此案事关日军细菌武器，向“叔叔”莫采石请战，总署刑侦警察局局长霍然随即特聘程慈航为布衣侦探。程慈航上任后，很快找到蛛丝马迹，顺藤摸瓜接连捕获重大线索，然而他却处处受阻，总有人抢先一步将相关人员杀人灭口，幕后黑手究竟是谁？这个丢失的档案又究竟在哪里？程慈航究竟如何破解迷局，一切尽在答案尽在《昙花梦》里。
1945年日军投降投降仪式在南京举行。程慈航身负血海深仇回到故土，他知道几年前杀害心上人小玉的凶手中田等人必定在南京城内。火车站，各路人马暗流涌动，程慈航看到了拎着神秘箱子的小野，不顾一切地追了上去。
霍然力荐莫采石的侄子程慈航来破案，莫采石再三推辞，反让严达庆来侦破此案。霍然责怪严达庆强出头。欧阳倩从刘阿常处接过了车夫杀人案，并带程慈航去了现场。
莫采石希望程慈航不要插手五九档案的事情，但程慈航想通过此案找到中田，为小玉报仇雪恨。为了迫使程慈航出山，霍然故意放消息给记者，通过舆论给莫采石施压。
日本特工夜袭莫家，试图寻找程慈航藏在身边的部分生物武器的资料。莫太太被打伤。莫采石家的防守力量加强。欧阳倩在莫家值班时看到程慈航为婶婶熬药，忍不住帮起忙来。
严达庆和霍然急于结案，程慈航不同意。严达庆故意挑衅程慈航，反被教训了一顿。程慈航再次勘察现场，得出结论。凶手一共有两个人，李大壮的同伙就住在附近。
因为刘勇好抽大烟，程慈航打算从可以抽大烟的处所开始查起。欧阳倩带了一张刘勇的画像，让李丽兰帮忙找刘勇。李丽兰查到了刘勇经常去的一家茶馆。
许老二和断指看到报上的新闻，得知青铜馆丢了两个铁匣子，决定回南京城寻找另一只铁匣子。当初是孟老板介绍了老朱给他们认识，将青铜馆有五九档案的情报卖给了许老二。
欧阳倩和程慈航同游公园，程慈航送给欧阳倩一支玫瑰，被中田的密探捕捉到。中田心生一计，逮捕了欧阳倩，让程慈航拿五九档案来交换。
燕子飞想对李丽兰上下其手，反被李丽兰五花大绑，脸上划上“淫贼”二字。在哈金斯的引导下，程慈航开始留意锦线的踪迹。欧阳倩担心李丽兰一再闯祸，会被程慈航抓住把柄。
霍蜜儿到警察厅缠着程慈航，看到了欧阳倩。霍蜜儿看出欧阳倩和程慈航之间关系匪浅，但她毫不退缩。晚上，程慈航和欧阳倩参加舞会，霍蜜儿又来搅和。
程慈航正打算把醉醺醺的霍蜜儿送回家，遇到了闻讯赶来的霍然。看到东倒西歪的女儿，霍然怒不可遏。程慈航乔装打扮，救了被江湖人士追杀的刘振亮。
程慈航从刘阿常那里得知留下昙花花瓣是锦线的一贯做派。莫采石夫人大寿，马副官到酒窖找酒。他来到地窖，将一个神秘的箱子再三掩藏好。
莫采石承认是自己安排欧阳倩“照看”程慈航，他提醒程慈航千万注意安全。马副官发现刘阿常的不安，用老刘在汪伪时期的案底、以及有高层的授意，威胁这个“三朝耗子”乖乖听话，继续报告程慈航的一举一动。程慈航向欧阳倩道歉，两人和解。
程慈航到宿舍找欧阳倩，欧阳倩避而不见。李丽兰和哈金斯交换完情报后，发现自己被燕子飞盯上，拉着哈金斯作护花使者。燕子飞想对李丽兰下手，被刘振亮拉住。
断指到警厅找莫采石，说自己手中握有五九档案。马副官在厅长办公室拦截了断指。不明真相的断指误信了马副官，将自己所知道的事情悉数告知。
宫本告诉中田，断指已在南京出现，希望宫本多提供线索。程慈航画出了断指的肖像，希望找到这个举报者。程慈航查问马副官举报者的情况，马副官含糊其辞感觉此人是骗子。
说话的功夫，外交部费次长家又失窃了。莫采石勒令程慈航负责，火速破案。程慈航带人勘察现场，发现欧阳倩有破坏现场、掩盖证据的行为。
杨妈的描述将线索指向细菌战的孤儿。程慈航决定从找这条线索入手。霍蜜儿去警察局找严达庆算账，欧阳倩阻止。从对话中，欧阳倩得知程慈航已经对失窃案胸有成竹。
程慈航请老刘配合，演出一场好戏，从海关缉私队手上带走了李丽兰。严达庆赶到现场，已经晚了一步。严达庆和程慈航争夺疑犯审讯权未果。
程慈航感觉有异样，来到李丽兰房间，发现霍蜜儿船上了牢服，放了李丽兰，替她坐牢。程慈航赶紧追出来。李丽兰躲在欧阳倩这里，欧阳倩本想趁众人不注意悄悄放走李丽兰，正巧被程慈航撞见。为了不暴露自己的身份，欧阳倩情急之下反手抓住了李丽兰。
