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五千年前，为祸世间的天邪神在被镇压后，化为九只邪眼，潜伏于大千世界，等待着复活的时机。五千年后，九只邪眼陆续现世。少年牧尘结识洛神族神女洛璃，并在阴差阳错之下与神兽九幽血脉连接。在牧柳之战、黑龙围攻北苍灵院，与白马城一役中二人相互扶持，共同成长。在白马城一役后，更是从白龙手中接过了为龙族复仇，对抗天邪神的重担。之后，二人解救曼陀罗，洛璃晋升圣女，九幽获得不死鸟传承。打败血神族后，二人定情。牧尘联合萧炎、林动陆续摧毁邪眼，并打上天邪神大本营——上古天宫。最终，牧尘与洛璃合力击败天邪神，大千世界回复和平，二人也有情人终成眷属。
牧尘第102次逃学被牧峰捉到，送回北灵院，牧尘试傅灵阵成功。洛神族有难，洛天河隐去洛璃神女身份，将其托付给莫师，不料途中被牧尘傅灵阵困住，丢失铜片—芥子币。
丢失芥子币的洛璃无法找到九幽雀，更无法得到九幽精血升为神女去救族人，甚为焦急，寻找未果，误以为牧尘偷了芥子币， 逼着牧尘交出并四处寻找。正值升学在即，北灵院学生们进去秘境试炼，洛璃为找到芥子币要求跟牧尘共同组队，无奈之下，牧尘答应但提出要求需要柳慕白同行，于是牧尘、洛璃、柳慕白及唐芊儿四人共同进入秘境，四人秘境内险遇吞山蟒，打斗中，柳慕白受伤，牧尘为救大家将吞山蟒引开，危急时刻洛璃挺身杀死吞山蟒，救下牧尘。
牧尘、洛璃等四人发现秘境内灵植均被抽干，无意间发现聚源之目的真相，于是柳慕白随牧尘回牧域告诉牧峰发现的真相，柳慕白建议牧域主与自己父亲联手共同对付黑龙，牧峰下定决心亲自登门向柳擎天说明情况，不料柳擎天将此事偷偷告诉了黑龙，天邪神得到黑龙召唤惊讶北灵院学生的能力，决定对付北灵院。
牧尘洛璃进入幻境一路过关斩将，还发现了北暝金纹鹰得到芥子币，不料芥子币已然失效。二人在最后一刻共同进到最后一层试炼。此时试炼之地的外面，苍穹之目正在睁开，学院的师生均受到了影响，苍穹之目源源不断地抽取灵力，莫师召唤来各域域主共同商议对策。试炼之地的师生们均已晕倒，唯有牧尘无碍。
牧尘身体内的浮屠塔在情急之下喷涌而出将苍穹之目击退，晕倒了过去。洛璃悉心照顾昏迷的牧尘，此时牧尘体内也有了一丝的灵力；随后跟学生们去寻找玉灵果途中遇到血弑的追击，牧尘与洛璃、谭青山走散。柳慕白也借此向芊儿表白了自己的心意。而谭青山被九幽鸟迷惑，将柳慕白、牧尘等人引到玉灵果树之下，不料苍穹之目再次出现。
九幽蛋吸收了大量灵力准备破壳而出，牧尘与洛璃联手也不是九幽的对手。千钧一发之际，牧尘体内大浮屠塔解封。九幽被迫破壳，无奈下进入了牧尘神识。牧尘得知大浮屠塔来自他的母亲清衍静，如今现世必定会引起天邪神的注意，牧锋要求牧尘修炼大浮屠诀，将九幽的灵力炼化为自己所用，而牧尘却答应九幽共享灵力。无面道人决定利用聚源之目在北灵境引发一场大战。
五大院选拔赛，九幽暗中帮助牧尘战胜柳慕白，赢得第一，然而牧尘却闷闷不乐。柳慕白第一次输给同龄人，无法接受这个结果。无面道人几经试探，确认了牧尘是大浮屠塔的继承人，按照计划来到柳域，赢得了柳擎天的信任。牧尘决定将战胜的真相告诉柳慕白，而洛璃决定只身去洛族圣山寻找九幽精血的替代品。
无面道人设计让柳慕白送信给牧锋，约定在龙渊潭会面。牧尘将比赛的真相告诉柳慕白，并向柳慕白道歉，送了他一把封魔扇，二人关系弥合，柳慕白还帮牧尘选定了森罗死印作为攻击灵诀。柳慕白回到柳域之后，即被柳擎天禁足。洛璃为了保护族人，甘愿随血弑回血神族。牧尘得知后追踪而去，几经打听终于知道洛璃下落，扮作一个道士，拦住了血弑一行人的去路。
牧尘骗过血弑，救出洛璃，并让洛璃知道了就算牺牲自己也救不下族人的道理，两人一起返回牧域。柳慕白前去给牧锋报信，唐芊儿去北灵院搬来莫师等一众救兵。众人与牧锋汇合，共同抵御魔刑天的进攻。牧尘回到牧域，得知柳擎天趁机攻城，传送走百姓之后，独自留在城中发动守城大阵，以一己之力守护整个牧都。
牧尘与九幽协力守城，但牧尘终因灵力耗尽晕倒，洛璃也被无面道人抓走。唐山同意了柳慕白与唐芊儿的婚事，唐芊儿却认为柳慕白是非不分，对他态度冷淡，柳慕白不忍背弃父亲，左右为难。牧域一连失去几座城池，牧尘醒来后提出阻击后勤的作战方案，令柳域损耗惨重。牧尘孤身潜入柳域，亲眼看到无面道人使用低语之力将普通人魔化。
牧尘伪装士兵到牧域打探消息被唐山发现，二人商议对策。柳慕白被无面下了蛊毒，柳擎天为救儿子想要杀死无面，却被发现和威胁，只能听从无面道人。牧尘发现洛璃，却无奈于灵力屏障，未能救出洛璃，无面在水井里下了低语之力，导致柳域士兵全部被魔化。牧尘再次营救洛璃，不料无面早已派人埋伏，慕白赶到临时“叛变”拿匕首捅向牧尘。
柳擎天邪化想要杀死慕白和牧尘，牧尘为救慕白拔剑相向杀死柳擎天，柳慕白悲痛欲绝。牧锋为毁灭龙渊潭启动了大千化魔阵，决定以身祀阵的牧锋却被死了心的柳慕白抢了先，柳擎天不惜元神具毁保住了儿子，而牧尘为了打败无面道人启动八荒阵，不惜与无面道人同归于尽，好在最后一刻练成了浮屠塔第三层，但牧尘被无面道人下了黑瞑血咒，导致双目失明。
牧尘眼睛失明，洛璃为帮牧尘孤身去找尸仙老妪询问治疗之法，得知北苍灵院雷域有治疗眼睛的药草，不料遇到血灵子，多亏李玄通及时赶到救下洛璃。牧锋鼓励牧尘练习心阵，经过不懈努力牧尘不光练成了心阵还点亮了大浮屠塔第四层。牧尘得知洛璃回来十分开心并决定一同前去北苍灵院。血灵子为了追到未婚妻洛璃也决定前去北苍灵院。
双目失明的牧尘和洛璃、谭青山一起前去柳域看望柳慕白未果，来到北苍灵院后却发现柳慕白正在以自虐式的方式跟同学进行比试，疯狂的晋升着自己的灵力值。李玄通回洛神族报信，告诉洛神族族长洛天河血灵子的阴谋，洛天河安排李玄通进入北苍灵院好生保护洛璃。
洛璃为进入雷域得到仙草玉结给牧尘治疗眼睛，不惜每日与人练功增强灵力值，众人皆帮她瞒着牧尘，牧尘为学习灵阵常与老师鹤邀探讨，但洛璃怀疑鹤邀的不良用心，苦劝牧尘无果，于是让李玄通暗中保护他。此时的血灵子也化身学生唐成博悄悄潜入了北苍灵院。
柳慕白得知了父亲接受低语之力的真相，击杀了血神族士兵重新振作。血灵子偷偷在北苍灵院的守护法阵阵眼处放入了延时毁灭结界的装置，想在结界消失时带走洛璃。血灵子知道牧尘与洛璃的感情后，十分生气，想将洛璃带走却被发现，只是破坏了阵眼而逃。牧尘因得知洛璃为自己的眼睛去比武得灵力值，于是去找鹤邀为自己治疗眼睛。
牧尘回宿舍途中遇到灵溪院长，灵溪认出他的身份万分欣喜。血灵子密告天邪神，决定攻打北苍灵院。柳慕白决定跟随沈苍生守卫北苍灵阵。鹤邀假意帮牧尘治疗眼睛实则是想炼化九幽，牧尘在治疗过程中被洛璃救下，却不解风情地责怪洛璃对老师不礼貌，洛璃更加迫切地想治疗牧尘的眼睛，抵押了洛神剑进入了雷域。
牧尘眼睛复原，但体内却出现了一股暴戾之气使他性情大变，打伤九幽，幸好被灵溪院长用灵力压制。牧尘意识到自己造成的后果，一心练习通灵决，帮助九幽飞出浮屠塔不再受其所困。洛璃在雷域迷路被北溟龙鲲带走，牧尘得知洛璃进入雷域后一心想要找到洛璃，便让谭青山想尽办法在叶笋儿那儿偷取雷域玉佩，进入雷域。
牧尘在雷域中再次失明，但还是扛着落雷为九幽拿到雷冥珠，助九幽变成人形飞升为九幽冥雀，而此时牧尘体内的浮屠塔也更上一层楼，另一边偷取玉佩的谭青山也正被笋儿师姐责罚。鹤邀设计陷害柳慕白，威胁慕白帮其到烛天房内偷取空间石。牧尘九幽在遇到李玄通后也在北溟龙鲲小屋找到了洛璃。
牧尘几人想尽办法得到了北溟龙鲲的认可，也顺利找到了玉结草。烛天识破鹤邀阴谋后被鹤邀残忍毒害，柳慕白为减轻烛天伤痛将其一击毙命。沈苍生受伤归来告知院长黑龙至尊随时可能攻打北苍灵院，号召众师生备战也受命彻查烛天一事，鹤邀又设计诬陷柳慕白，一口咬定他就是学院内奸也是杀害烛天的凶手。
