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アリバイ崩し承ります
美谷时乃继承了祖父的钟表店，也继承了祖父破解不在场证明的解谜能力。被降职来到乡下的刑警察时美幸，因为名字太像女生而意外成了钟表店的房客。在发现了时乃的能力后，他便开始以每次5000圆的代价，请时乃破解不在场证明。「我已成功回溯时间，不在场证明已经破解」随着话语落下，不在场证明在时乃面前一一迎刃而解！
在远离市中心的那野县的某条商店街上，年轻的店主美谷时乃独自经营着祖父留下的钟表店。时乃一边修理钟表，一边准备开始以一次5000日元的报酬，解决与时间有关的案件的不在场证明。就在这样的情况下，某一天，时乃遇到了因时运不济被贬到县警搜查一课的管理官察时美幸。不过，就在二人面前，一个男人被汽车撞倒了。那个男人对赶到他身边的时乃与察时说自己在公寓里杀了人，然后就昏迷了。男人是有名的推理小说家奥山新一郎。根据奥山的话，察时找到了公寓，与刑警渡海雄马、系长牧村匠、检视官樋口秀人会合。正如奥山所言，他们在公寓里找到了中岛香澄的尸体。但是，随着调查的推进，警方发现在时乃他们央前遭遇事故的奥山不可能杀人，他有完美的不在现场证明。察时虽然努力却解决不了这件疑案，只好委托时乃破解不在场证明。
一位被菜刀刺中胸部而死的女性的遗体被人发现了。那野县警搜查一课管理官察时美幸、刑警渡海雄马来到现场。被杀的女性是医科大学教授滨泽杏子。遗体的第一发现人是杏子的弟弟滨泽安岚说犯人一定是杏子的前夫菊谷五郎。但是，菊谷有铁一样的不在场证明：案发时他正与朋友吃饭。这时，钟表店的店让美谷时乃为搜查一课的众人送来情人节的马卡龙。她对于案件的详情颇有兴趣，悄悄在一边偷听搜查会议。她对于所谓“不在现场证明成立”的说法不以为然。另一方面，警方发现安岚背着巨额债务，而且是杏子的人寿保险的受益人。搜查本部怀疑安岚是为了保险而杀人，但是察时深信菊谷才是凶手。就在他孤军奋战，陷入破解不在场证明的苦战时，时乃意气风发地提出要帮助他。而得知察时住在时乃家后，雄马嫉妒得不行，更加怀疑察时是否真是凭自己的能力破解了不在场证明。
在人们发现钢琴教师河谷敏子被杀的第二天，按摩店的店长芝田和之来到搜查一课。芝田称，案件发生的那天早上，敏子曾到他的店接受按摩，而且敏子与当女招待的妹妹河谷纯子发生争执。那野县警搜查一课的管理官察时美幸与刑警渡海雄马到纯子家进行调查。饱受梦游症困扰的纯子坦白说她发现睡衣袖子上有血迹，也许正是她自己梦游症发作时杀死了姐姐。雄马倒吸一口凉气，因为这可以说是纯子自首了。另一方面，察时被纯子的美貌所征服，无论如何也要证明纯子不在案发现场。像往常一样，他委托时乃去寻找纯子的不在场证明。这是擅长“粉碎不在场证明”的时乃第一次挑战“寻找不在场证明”。
美谷钟表店的店主时乃接到正在旅行中的那野县警搜查一课的管理官察时美幸打来的紧急电话。一问才知，察时所住的民宿发生了杀人案，情况紧急，察时恳求时乃帮助破解不在场证明。因为这趟破解不在场证明的工作需要出差，着急的时乃鼓动前来约她兜风的刑警渡海雄马带她前往民宿，与察时会合。据察时介绍，公寓里的钟表台上发现了住客之一的遗体，当地的刑警稻叶智久把包括察时在内的四个住客以及老板夫妇这六个人都列为怀疑对象。然而，只有一个人在被害者遇害的时刻没有不在场证明，他就是梦想以后当警察的中学生原口龙平。如果任由龙平被当成犯人，就会破坏龙平的梦想。察时不愿看到那样的事发生，为了破解真凶的不在场证明，他悄悄叫来时乃。
某座独门独院的建筑里发现了身份不明的白骨。那里三个月前有人被杀害，至今没有找到，案子也成了悬案。那野县警搜查一课系长牧村匠负责该案。牧村马上和管理官察时美幸、刑警波海雄马一起前往现场。根据检视官樋口秀人调查，从挖开的洞中找到的是一具已经死了数十年的遗骨和绣着“和田”的洋服。然后，警方的调查目标锁定白骨死者的儿子、天才大学生和田英介，动机是为亡父复仇。但是，和田在三个月那桩案子发生的当天有着虽然薄弱却绝对推翻不了的不在场证明。另一方面，一心想立功后重返警察厅的察时，这次也委托粉碎不在场证明的名人时乃来破解和田的不在场证明。
某个邮筒中发现了手枪。那把枪有发射过的痕迹，还附着血痕。过了几天，又发现了被害者。管理官察时美幸、刑警渡海雄马负责此案。在搜查会议上，强硬派刑警真壁刚士出现了。真壁是有组织犯罪对策课令人害怕的“女帝”村木警部的部下，也是雄马的青梅竹马。警方怀疑此案与暴力团伙成员之间斗争激化有关，但是嫌疑人却有完美的不在场证据。钟表的店主、粉碎不在场证明的名人美谷时乃这次也是察时那里接到了破解不在场证明的委托。
河边发现了被烧死的尸体。那野县警搜查一课管理官察时美幸等赶到现场调查。而刑警雄马的父亲、众议院议员渡海一成也在秘书藤枝的陪伴下来到现场。因为遗体旁边散落的是一成的其他秘书的名片，所以察时把他叫到这里。一成说昨天，在警方推断死者死亡的时间段，他始终在出席招待后援会的派对，因此有无懈可击的不在场证明。另一方面，一成在谈话过程中嘟囔的一句话让察时感到不解。这天的傍晚，藤枝独自来到搜查一课，告诉察看时，杀死秘书的人也许是一成。这次，察时也是请钟表店的店主美谷时乃破解不在场证明。然而，因为一成是祖父时生的棋友，所以，时乃的心情很复杂。在追查案件真相的过程中，时乃自身也面临着危险。
